22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_7282 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_7282  hypothetical protein  100 
 
 
867 aa  1702    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.827215  normal  0.313024 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28540  hypothetical protein  35.23 
 
 
739 aa  149  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00808875  normal  0.0849001 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1833  periplasmic copper-binding  29.67 
 
 
595 aa  57.8  0.0000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.107364 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1970  periplasmic copper-binding  27.22 
 
 
1931 aa  56.6  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.21259 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6675  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.1 
 
 
497 aa  56.6  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.500799  normal  0.284088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1600  alginate-c5-mannuronan-epimerase AlgG  23.45 
 
 
539 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.911541  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18500  alginate-c5-mannuronan-epimerase AlgG  23.79 
 
 
543 aa  55.1  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0371446  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1026  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.13 
 
 
511 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.931695  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  26.6 
 
 
352 aa  48.1  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10920  Mannuronan C-5-Epimerase  23.36 
 
 
526 aa  47.4  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1686  periplasmic copper-binding  24.19 
 
 
1056 aa  47.8  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.482609  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0955  carbohydrate binding and sugar hydrolysis  22.18 
 
 
523 aa  46.2  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.21055  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1283  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23 
 
 
557 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.465255  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0363  parallel beta-helix repeat-containing protein  27.84 
 
 
934 aa  46.2  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000494695  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3450  hypothetical protein  22.62 
 
 
5453 aa  45.8  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.119049 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1803  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.08 
 
 
594 aa  45.4  0.004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0567689  unclonable  0.00000000968755 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4442  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23 
 
 
519 aa  45.4  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.094084  normal  0.778652 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2204  periplasmic copper-binding  33.33 
 
 
838 aa  45.1  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.434712 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2256  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  26.67 
 
 
496 aa  45.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.532736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0884  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23 
 
 
519 aa  45.1  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0456  Parallel beta-helix repeat protein  28.07 
 
 
2615 aa  45.1  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4566  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23 
 
 
519 aa  44.3  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>