More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2459 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2459  RimK domain-containing protein ATP-grasp  100 
 
 
320 aa  656    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.26965  normal  0.276307 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1298  RimK domain protein ATP-grasp  29.1 
 
 
324 aa  116  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.391221  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30 
 
 
324 aa  91.7  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0158  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.97 
 
 
295 aa  83.6  0.000000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.314526  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30.64 
 
 
296 aa  82  0.00000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  29.6 
 
 
292 aa  81.3  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1704  lysine biosynthesis enzyme LysX  28 
 
 
282 aa  78.6  0.0000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.3971  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0151  alpha-L-glutamate ligase  36.21 
 
 
293 aa  79  0.0000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.751724  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  33.33 
 
 
292 aa  79  0.0000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.63 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1298  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.28 
 
 
271 aa  77  0.0000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.18194  normal  0.20368 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  28.41 
 
 
292 aa  76.6  0.0000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.3 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2364  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.67 
 
 
267 aa  75.9  0.0000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3597  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.5 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.109467 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.23 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  28.63 
 
 
309 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1991  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  28.5 
 
 
281 aa  72.8  0.000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.317152  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2074  alpha-L-glutamate ligase  30.81 
 
 
292 aa  72  0.00000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  30.98 
 
 
301 aa  72  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.63 
 
 
282 aa  71.2  0.00000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.19 
 
 
283 aa  70.9  0.00000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2074  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.66 
 
 
451 aa  70.9  0.00000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.139696  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3121  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.52 
 
 
447 aa  69.7  0.00000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  30.6 
 
 
292 aa  69.7  0.00000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  27.95 
 
 
290 aa  69.3  0.00000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2195  alpha-L-glutamate ligase  27.75 
 
 
336 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0177868  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  27.75 
 
 
336 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  27.75 
 
 
338 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1297  alpha-L-glutamate ligase  29.17 
 
 
266 aa  69.3  0.00000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.276689 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  27.31 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  27.31 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  27.31 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.19 
 
 
301 aa  68.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.31 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2254  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.36 
 
 
314 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0136  alpha-L-glutamate ligase  30.48 
 
 
265 aa  68.6  0.0000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0680474 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  27.31 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  27.31 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  30.48 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0928  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.67 
 
 
447 aa  67.8  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  28.57 
 
 
459 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  28.04 
 
 
456 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2754  alpha-L-glutamate ligase  30 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0894554  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.52 
 
 
301 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30.15 
 
 
302 aa  67.4  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1974  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.77 
 
 
414 aa  67.4  0.0000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0918709 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6485  alpha-L-glutamate ligase  28.24 
 
 
333 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  31.41 
 
 
301 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  29.12 
 
 
302 aa  67.8  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0136  alpha-L-glutamate ligase  25.95 
 
 
265 aa  67  0.0000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0877646  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1185  alpha-L-glutamate ligase  31.18 
 
 
265 aa  67  0.0000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2434  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.44 
 
 
344 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30.65 
 
 
301 aa  66.6  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  29.79 
 
 
267 aa  67  0.0000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0248  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.38 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0180089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0263  alpha-L-glutamate ligase  31.38 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  30.16 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0262  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.18 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.345619 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  31.03 
 
 
300 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  31.03 
 
 
300 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4964  alpha-L-glutamate ligase  31.38 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000940925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  31.03 
 
 
300 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  30.16 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0273  alpha-L-glutamate ligase  31.38 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  31.03 
 
 
300 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0145  alpha-L-glutamate ligase  29.63 
 
 
264 aa  66.2  0.0000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.563722  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  31.03 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0168  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  26.67 
 
 
283 aa  66.2  0.0000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000000151287  normal  0.111818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  32.09 
 
 
301 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  32.09 
 
 
301 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  29.5 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.5 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  29.5 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  29.5 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  29.5 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  28.19 
 
 
302 aa  65.9  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  29.5 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2369  RimK domain protein ATP-grasp  28.32 
 
 
299 aa  65.5  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.438886 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3203  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.38 
 
 
329 aa  65.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.398244  normal  0.0345991 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  30.65 
 
 
301 aa  65.1  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1691  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.25 
 
 
314 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  29.5 
 
 
300 aa  65.5  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  31.94 
 
 
301 aa  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  30.65 
 
 
301 aa  65.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  30.2 
 
 
300 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0912  alpha-L-glutamate ligase  28.43 
 
 
271 aa  65.5  0.000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.966867  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  30.89 
 
 
286 aa  65.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  29.5 
 
 
300 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0234  ribosomal protein S6 modification protein  30.65 
 
 
301 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0173  S6 modification enzyme RimK  30.65 
 
 
301 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  28.44 
 
 
300 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  28.57 
 
 
458 aa  64.7  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.83 
 
 
292 aa  64.3  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2165  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.36 
 
 
314 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2113  alpha-L-glutamate ligase  26.43 
 
 
340 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.795675  normal  0.0912587 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1747  alpha-L-glutamate ligase  24.8 
 
 
299 aa  63.5  0.000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.57 
 
 
302 aa  63.2  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  28.95 
 
 
262 aa  63.2  0.000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1015  RimK domain-containing protein ATP-grasp  28.97 
 
 
264 aa  62.8  0.000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.0000921126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>