More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4356 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4356  cytochrome B561  100 
 
 		 182 aa  354  3.9999999999999996e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4169  cytochrome B561  54.4 
 
 		 185 aa  190  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0139606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3670  cytochrome B561  62.07 
 
 		 178 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.380007  normal  0.0318656 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0302  cytochrome B561  53.93 
 
 		 181 aa  181  5.0000000000000004e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0259  cytochrome B561  39.2 
 
 		 178 aa  108  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1272  cytochrome B561  40.61 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.0192884 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  35.43 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0006  cytochrome B561  38.76 
 
 		 176 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000161036  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  35.43 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0014  cytochrome B561  38.2 
 
 		 176 aa  104  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2358  cytochrome B561  35.8 
 
 		 178 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0252  cytochrome B561  35.09 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0173258  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0005  cytochrome B561  38.67 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0183044 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0030  cytochrome B561  37.57 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  32.57 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0009  cytochrome B561  37.43 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000853372  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0062  cytochrome B561  37.43 
 
 		 176 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000272347  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  32.93 
 
 		 191 aa  99.8  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3195  cytochrome B561  37.08 
 
 		 176 aa  99.4  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000038673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3478  cytochrome B561  35.96 
 
 		 180 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.579466  hitchhiker  0.000371098 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0073  cytochrome b561, putative  35.47 
 
 		 175 aa  96.3  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.475436  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  30.06 
 
 		 173 aa  94.7  6e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  32.16 
 
 		 186 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  32.16 
 
 		 186 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  32.16 
 
 		 186 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0296  cytochrome B561  35.76 
 
 		 174 aa  92  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000303628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0086  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  35.76 
 
 		 175 aa  92  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.083674  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2179  cytochrome B561  34.08 
 
 		 203 aa  92  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0086  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  35.76 
 
 		 175 aa  91.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2886  cytochrome B561  40.12 
 
 		 177 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0147593  normal  0.995623 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4401  cytochrome B561  41.9 
 
 		 201 aa  90.9  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.425577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2804  cytochrome B561  39.52 
 
 		 177 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.850837  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  36.36 
 
 		 185 aa  90.1  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  35.2 
 
 		 178 aa  90.5  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4984  cytochrome B561  36.36 
 
 		 179 aa  89  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0448124 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  30.99 
 
 		 186 aa  89  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  31.69 
 
 		 186 aa  88.6  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  32.18 
 
 		 184 aa  88.2  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  31.25 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  30.41 
 
 		 186 aa  86.3  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  31.84 
 
 		 184 aa  85.9  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  33.33 
 
 		 188 aa  85.9  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  36.87 
 
 		 188 aa  85.5  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7458  cytochrome B561  36.02 
 
 		 210 aa  85.1  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1661  cytochrome B561  32.57 
 
 		 179 aa  84.3  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.142328  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  29.82 
 
 		 186 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  33.9 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5356  putative cytochrome b561  30.9 
 
 		 180 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00398289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  31.03 
 
 		 184 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0833  cytochrome B561  30.69 
 
 		 192 aa  83.2  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.383328  hitchhiker  0.00227976 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  31.4 
 
 		 195 aa  82.4  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  34.78 
 
 		 190 aa  82.4  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3202  cytochrome B561  39.44 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.30143 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1906  cytochrome b561 family protein  29.12 
 
 		 183 aa  82  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1811  nickel-dependent hydrogenase b561-type cytochrome subunit  30.81 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0046692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1610  cytochrome B561  30.94 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  32.22 
 
 		 203 aa  81.3  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  32.95 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0295  cytochrome b561  35.42 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0256942  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  32.32 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2389  cytochrome B561  41.07 
 
 		 177 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3506  putative cytochrome b-561 membrane protein  35.2 
 
 		 186 aa  79.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.456908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  30.95 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1848  cytochrome B561  24.32 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.739636  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  30.64 
 
 		 186 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  30.29 
 
 		 186 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6508  cytochrome B561  35.09 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0286753 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02863  cytochrome B561  38.46 
 
 		 177 aa  78.6  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  28.98 
 
 		 186 aa  79  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3174  cytochrome B561  36.69 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  31.4 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4986  cytochrome B561  36.69 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2745  putative cytochrome B561  34.46 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2093  cytochrome B561  30.9 
 
 		 175 aa  77.4  0.00000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  29.82 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2036  cytochrome B561  39.08 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.625854 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2228  cytochrome B561  34.62 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000575966  hitchhiker  0.00851734 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05925  cytochrome b561  29.31 
 
 		 179 aa  77  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3580  cytochrome B561  39.52 
 
 		 172 aa  76.3  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  34.66 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  34.66 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3505  cytochrome b561, putative  33.14 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  34.66 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  34.66 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  34.66 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  32.45 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  34.66 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  34.66 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  34.66 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  31.91 
 
 		 199 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0098  putative cytochrome B561  33.7 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0761  cytochrome B561  29.14 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.599963 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  31.89 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  29.48 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02672  cytochrome b561, putative  28.34 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  29.48 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4644  cytochrome B561  35.8 
 
 		 178 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  30.86 
 
 		 196 aa  74.3  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1182  cytochrome B561  35.26 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0973  cytochrome b561 family protein  26.47 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.304775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>