48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3866 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3866  disulphide bond formation protein DsbB  100 
 
 		 164 aa  320  4e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1167  disulphide bond formation protein DsbB  43.95 
 
 		 157 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.022846 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1478  disulphide bond formation protein DsbB  47.86 
 
 		 155 aa  105  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.235403  normal  0.22489 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3844  disulphide bond formation protein DsbB  45.39 
 
 		 162 aa  103  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3597  disulphide bond formation protein DsbB  39.87 
 
 		 170 aa  100  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0122638  normal  0.112725 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3935  disulphide bond formation protein DsbB  39.87 
 
 		 170 aa  100  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0909  disulphide bond formation protein DsbB  44.68 
 
 		 154 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0312891 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2965  hypothetical protein  43.85 
 
 		 171 aa  95.9  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2929  putative disulfide bond formation protein DsbB  45.76 
 
 		 154 aa  93.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238011  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0542  disulphide bond formation protein DsbB  42.64 
 
 		 182 aa  90.9  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1635  disulphide bond formation protein DsbB  43.26 
 
 		 176 aa  88.6  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0758  hypothetical protein  36.3 
 
 		 167 aa  86.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2493  disulphide bond formation protein DsbB  35.61 
 
 		 157 aa  84.7  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00516878  normal  0.105082 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0326  hypothetical protein  40 
 
 		 181 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2548  disulfide bond formation protein DsbB-like protein  41.27 
 
 		 217 aa  80.9  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.290105 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3552  hypothetical protein  37.16 
 
 		 171 aa  80.9  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.239069  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1575  disulphide bond formation protein DsbB  45.38 
 
 		 154 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0166322  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0573  disulfide bond formation protein  39.71 
 
 		 160 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.677166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1095  putative disulfide bond formation protein B (disulfide oxidoreductase) (dsbB)  39.37 
 
 		 165 aa  79.7  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432529  normal  0.729962 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4000  hypothetical protein  35.92 
 
 		 170 aa  78.6  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5213  disulphide bond formation protein DsbB  37.29 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361204  normal  0.0308402 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0700  disulphide bond formation protein DsbB  38.52 
 
 		 171 aa  77.8  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5956  Disulphide bond formation protein DsbB  37.7 
 
 		 167 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745885  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2347  disulphide bond formation protein DsbB  34.62 
 
 		 175 aa  75.5  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0047  disulphide bond formation protein DsbB  36.76 
 
 		 162 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.902523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3497  disulphide bond formation protein DsbB  42.4 
 
 		 190 aa  75.1  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0739  Disulphide bond formation protein DsbB  38.66 
 
 		 174 aa  74.7  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3845  hypothetical protein  37.16 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2523  hypothetical protein  35.81 
 
 		 174 aa  74.7  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.580501 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1273  disulfide bond formation protein B, putative  36.36 
 
 		 174 aa  74.7  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0499  hypothetical protein  39.44 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1642  disulfide bond formation protein B, putative  35.94 
 
 		 172 aa  72.4  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1590  putative disulfide bond formation protein B  35.94 
 
 		 172 aa  72  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.523994  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0726  disulphide bond formation protein DsbB  38.84 
 
 		 170 aa  71.6  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.767254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0627  hypothetical protein  36.72 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.157929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0340  DsbB family disulfide bond formation protein  29.33 
 
 		 165 aa  70.9  0.000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00348153  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0738  hypothetical protein  41.88 
 
 		 174 aa  70.9  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0181404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0182  DsbB domain-containing protein  34.38 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0054  disulphide bond formation protein DsbB  37.04 
 
 		 160 aa  64.3  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3497  disulphide bond formation protein DsbB  35.88 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00411983  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3197  hypothetical protein  33.33 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.700851  normal  0.711097 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3023  hypothetical protein  34.51 
 
 		 179 aa  52.8  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.786001  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1547  disulphide bond formation protein DsbB  30.26 
 
 		 167 aa  47.4  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0874  disulfide bond formation family protein  27.82 
 
 		 157 aa  45.1  0.0004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2104  disulphide bond formation protein DsbB  29.41 
 
 		 174 aa  42.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.170796  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1105  hypothetical protein  28.77 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.165888  normal  0.399905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0870  disulphide bond formation protein DsbB  31.58 
 
 		 177 aa  43.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0224  disulfide bond formation protein DsbB  24.81 
 
 		 159 aa  41.6  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>