92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3010 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3010  periplasmic binding protein  100 
 
 		 325 aa  640    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0426401  normal  0.597775 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3319  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein FitE  28.43 
 
 		 315 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0934589 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4339  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein FitE  28.43 
 
 		 315 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3438  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  29.61 
 
 		 370 aa  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02106  hypothetical protein  25.9 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2591  ferric siderophore ABC transporter, periplasmic siderophore-binding protein  27.94 
 
 		 340 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619611  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2078  periplasmic binding protein  27.21 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000011261 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2246  periplasmic binding protein  26.13 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.13483  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2208  periplasmic binding protein  26.13 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.970371  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2491  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.655345 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  29.76 
 
 		 369 aa  58.9  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2440  periplasmic binding protein  24.03 
 
 		 348 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000012115 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  30.99 
 
 		 371 aa  55.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0374  ferrichrome ABC transporter substrate-binding protein  23.91 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  26.47 
 
 		 319 aa  54.7  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.12 
 
 		 336 aa  55.1  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7985  substrate-binding family protein, putative  26.07 
 
 		 336 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  25.74 
 
 		 316 aa  53.5  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.46 
 
 		 322 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19520  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.19 
 
 		 347 aa  52.4  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.133929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  25.13 
 
 		 322 aa  52  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.49 
 
 		 289 aa  52.4  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  31.72 
 
 		 662 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.61 
 
 		 322 aa  52  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1025  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.55 
 
 		 348 aa  51.2  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0273694  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  22.58 
 
 		 321 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  22.58 
 
 		 321 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  24.21 
 
 		 309 aa  50.8  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2064  periplasmic binding protein  23.44 
 
 		 313 aa  50.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7292  ABC transporter membrane spanning protein (iron(III) dicitrate)  25.96 
 
 		 311 aa  50.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4510  periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 317 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  24.51 
 
 		 483 aa  50.4  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0419  periplasmic binding protein  29.58 
 
 		 344 aa  50.4  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.182541  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1777  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  22.83 
 
 		 331 aa  50.1  0.00005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  25.13 
 
 		 321 aa  50.1  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1523  periplasmic binding protein  25.33 
 
 		 313 aa  50.1  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2309  periplasmic binding protein  26.53 
 
 		 302 aa  49.7  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0301481  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2351  periplasmic binding protein  26.53 
 
 		 302 aa  49.7  0.00007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.570378  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2409  periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 333 aa  49.3  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0140485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1626  periplasmic binding protein  22.93 
 
 		 322 aa  49.3  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2078  periplasmic binding protein  22.27 
 
 		 320 aa  47.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0923581  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2122  periplasmic binding protein  26.38 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10692  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3467  periplasmic binding protein  22.22 
 
 		 339 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.010551 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  30.53 
 
 		 344 aa  47.4  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0670  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.62 
 
 		 321 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.07774e-37 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20820  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.25 
 
 		 326 aa  47.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.017194 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  24.62 
 
 		 321 aa  47.8  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.3382899999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0021  periplasmic binding protein  25.4 
 
 		 321 aa  47  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2940  periplasmic binding protein  25.11 
 
 		 316 aa  47  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  28.98 
 
 		 366 aa  47  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  28.98 
 
 		 366 aa  47  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.98 
 
 		 366 aa  47  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3340  periplasmic binding protein  21.88 
 
 		 339 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.002385  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0463  periplasmic binding protein  23.77 
 
 		 308 aa  46.6  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3666  periplasmic binding protein  24.05 
 
 		 333 aa  46.6  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.500239  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4867  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  30.33 
 
 		 302 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0683  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.1 
 
 		 321 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.1 
 
 		 321 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0742  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  30.13 
 
 		 300 aa  45.4  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0493  periplasmic binding protein  22.18 
 
 		 323 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04119  hypothetical protein  30.03 
 
 		 300 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0974  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  29.26 
 
 		 304 aa  44.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.37813  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  21.01 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 368 aa  44.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09740  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.81 
 
 		 345 aa  44.7  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.249331  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3710  periplasmic binding protein  30.13 
 
 		 300 aa  44.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.508283  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2237  putative iron compound-binding protein  23.01 
 
 		 305 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0793747  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  23.01 
 
 		 320 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  25.25 
 
 		 380 aa  45.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04156  iron-dicitrate transporter subunit  30.03 
 
 		 300 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 375 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4264  transport system permease protein  30.67 
 
 		 293 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1394  periplasmic binding protein  28.21 
 
 		 332 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0164241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34400  ABC-type enterochelin transport system, periplasmic component  26.27 
 
 		 302 aa  44.3  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36350  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  23.51 
 
 		 356 aa  44.3  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3696  periplasmic binding protein  26.92 
 
 		 328 aa  44.3  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.576747  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1370  periplasmic binding protein  28.82 
 
 		 321 aa  43.9  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0381194  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2283  substrate-binding family protein, putative  21.01 
 
 		 321 aa  43.9  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00918063  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 375 aa  43.5  0.005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1739  periplasmic binding protein  38.71 
 
 		 352 aa  43.5  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  22.98 
 
 		 478 aa  43.5  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  30.7 
 
 		 300 aa  43.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1624  periplasmic binding protein  31.15 
 
 		 338 aa  43.1  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2365  putative iron compound-binding protein  23.01 
 
 		 320 aa  43.1  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00267184  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2038  iron(III) dicitrate-binding protein  21.01 
 
 		 320 aa  42.7  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000324878  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1043  periplasmic binding protein  21.8 
 
 		 340 aa  42.7  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2036  iron(III) dicitrate-binding protein  21.01 
 
 		 320 aa  42.7  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010516  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2421  periplasmic binding protein  25.83 
 
 		 309 aa  42.4  0.01  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0335  serine/threonine protein kinase  27.6 
 
 		 671 aa  42.4  0.01  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.656897  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  29.66 
 
 		 289 aa  42.4  0.01  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0385  periplasmic binding protein  28.26 
 
 		 365 aa  42.4  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>