287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0419 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0419  periplasmic binding protein  100 
 
 
344 aa  690    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.182541  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  49.06 
 
 
662 aa  294  2e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0418  twin-arginine translocation pathway signal  52.54 
 
 
347 aa  276  3e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.71368  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5065  periplasmic binding protein  38.72 
 
 
336 aa  226  6e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22710  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  41.19 
 
 
345 aa  221  1.9999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2437  periplasmic binding protein  40.41 
 
 
351 aa  208  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.255476  normal  0.0637289 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3470  periplasmic binding protein  37.19 
 
 
356 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00150315  hitchhiker  0.00510017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4230  periplasmic binding protein  35.82 
 
 
341 aa  205  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.973317  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4288  periplasmic binding protein  42.86 
 
 
359 aa  204  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515343  normal  0.467407 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5337  periplasmic binding protein  39.02 
 
 
338 aa  202  9e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.992033  normal  0.734809 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2692  periplasmic binding protein  38.78 
 
 
349 aa  193  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154596  normal  0.0870735 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0853  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  32.75 
 
 
349 aa  183  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.899813  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10269  periplasmic iron-transport lipoprotein  33.53 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.110209 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0200  periplasmic binding protein  32.29 
 
 
322 aa  174  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3694  periplasmic binding protein  34.06 
 
 
341 aa  172  7.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.792098  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0270  twin-arginine translocation pathway signal  34.02 
 
 
321 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0280  periplasmic binding protein  34.02 
 
 
321 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0260  periplasmic binding protein  34.02 
 
 
321 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07950  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.2 
 
 
349 aa  166  4e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0346758  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0375  periplasmic binding protein  34.77 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0385  periplasmic binding protein  35.08 
 
 
365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0807  periplasmic binding protein  37.63 
 
 
343 aa  161  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0308  periplasmic binding protein  35.93 
 
 
316 aa  160  4e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3935  periplasmic binding protein  31.79 
 
 
373 aa  153  5e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.427342  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4037  periplasmic binding protein  32.24 
 
 
339 aa  150  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3735  periplasmic binding protein  31.89 
 
 
361 aa  149  6e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2317  periplasmic binding protein  34.75 
 
 
345 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3331  transport system permease protein  34.54 
 
 
324 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.411353  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.79 
 
 
358 aa  146  6e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.311428  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2580  periplasmic binding protein  32.62 
 
 
354 aa  145  9e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3759  periplasmic binding protein  31.88 
 
 
316 aa  145  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.445069  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0269  periplasmic binding protein  34.71 
 
 
338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.448293  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1591  periplasmic binding protein  33.23 
 
 
334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0300116 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3909  periplasmic binding protein  32.41 
 
 
341 aa  140  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0611865 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22070  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.74 
 
 
383 aa  140  3.9999999999999997e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.162415 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3522  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
333 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3416  ABC Fe+3-siderophore transporter, periplasmic binding protein  33.89 
 
 
325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2670  periplasmic binding protein  32.94 
 
 
351 aa  136  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36350  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32 
 
 
356 aa  136  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3061  periplasmic binding protein  34.44 
 
 
325 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260153  normal  0.218558 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06470  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.7 
 
 
353 aa  133  5e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2819  periplasmic binding protein  29.28 
 
 
349 aa  132  9e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5939  periplasmic binding protein  32.41 
 
 
330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587353  normal  0.774281 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4296  periplasmic binding protein  29.72 
 
 
346 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1491  putative ABC transporter, periplasmic iron-siderophore binding protein  28.61 
 
 
347 aa  130  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00253008  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3636  periplasmic binding protein  30.42 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17020  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.28 
 
 
346 aa  127  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.745589 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.43 
 
 
347 aa  125  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.895091  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2827  periplasmic binding protein  29.72 
 
 
332 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.420364  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26550  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.74 
 
 
348 aa  123  5e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.511837  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2085  periplasmic binding protein  28.05 
 
 
354 aa  122  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000968789  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2930  periplasmic binding protein  29.43 
 
 
365 aa  122  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3071  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  28.35 
 
 
350 aa  122  8e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2175  periplasmic binding protein  28.09 
 
 
352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.038626  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0138  iron-siderophore ABC transporter, periplasmic binding protein  27.8 
 
 
316 aa  116  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0428  periplasmic binding protein  28.33 
 
 
342 aa  114  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0856962  normal  0.313337 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2540  periplasmic binding protein  29.49 
 
 
359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.501058  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2441  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  29.49 
 
 
359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3183  ferric enterobactin ABC transporter ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  29.49 
 
 
359 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.197139 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2749  periplasmic binding protein  29.14 
 
 
314 aa  110  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2592  periplasmic binding protein  34.92 
 
 
357 aa  108  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0366339  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
324 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.68 
 
 
322 aa  89.4  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.68 
 
 
322 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1784  hypothetical protein  27.01 
 
 
309 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.933909 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  26.39 
 
 
324 aa  87  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.83 
 
 
321 aa  86.7  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.83 
 
 
321 aa  86.7  6e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  26.32 
 
 
322 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0102  periplasmic binding protein  25.08 
 
 
330 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000014163  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0106  periplasmic binding protein  25.08 
 
 
330 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100605  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  28.34 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3525  periplasmic binding protein  27.31 
 
 
310 aa  82  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.476755  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3501  periplasmic binding protein  32.26 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.897036  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0683  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.48 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  29.67 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2219  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0176424  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0708  periplasmic binding protein  26.54 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.792334  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  25.1 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.3382899999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0670  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.1 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.07774e-37 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.56 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3296  periplasmic binding protein  29.49 
 
 
319 aa  79.3  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.155082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  24.71 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0447  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.8 
 
 
305 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0336  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.44 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000107153  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0383  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.44 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0323  ferrichrome-binding periplasmic protein  25.44 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000895612  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0351  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.44 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0320  ferrichrome-binding periplasmic protein  25.44 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000029234  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2416  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0451  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.44 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5173  periplasmic binding protein  23.63 
 
 
312 aa  77  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4920  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.44 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1665  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0398  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.44 
 
 
305 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  24.07 
 
 
320 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0330  periplasmic binding protein  25.62 
 
 
305 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000156949  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0331  periplasmic binding protein  25.09 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0550  periplasmic binding protein  24.63 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2237  putative iron compound-binding protein  24.07 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0793747  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30510  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.87 
 
 
326 aa  74.7  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163783  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>