More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0200 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0200  periplasmic binding protein  100 
 
 
322 aa  647    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1591  periplasmic binding protein  50.16 
 
 
334 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0300116 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2670  periplasmic binding protein  44.55 
 
 
351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  34.77 
 
 
662 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22710  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  34.62 
 
 
345 aa  171  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0418  twin-arginine translocation pathway signal  33.45 
 
 
347 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.71368  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0419  periplasmic binding protein  32.76 
 
 
344 aa  166  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.182541  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5065  periplasmic binding protein  33.11 
 
 
336 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3694  periplasmic binding protein  34.17 
 
 
341 aa  157  3e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.792098  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4230  periplasmic binding protein  32.51 
 
 
341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.973317  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3470  periplasmic binding protein  34.46 
 
 
356 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00150315  hitchhiker  0.00510017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0853  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  32.04 
 
 
349 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.899813  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3935  periplasmic binding protein  34.41 
 
 
373 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.427342  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3735  periplasmic binding protein  34.36 
 
 
361 aa  149  7e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2930  periplasmic binding protein  32.24 
 
 
365 aa  146  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4288  periplasmic binding protein  33.02 
 
 
359 aa  145  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515343  normal  0.467407 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3909  periplasmic binding protein  34.26 
 
 
341 aa  143  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0611865 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07950  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33 
 
 
349 aa  138  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0346758  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1491  putative ABC transporter, periplasmic iron-siderophore binding protein  32.72 
 
 
347 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00253008  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2692  periplasmic binding protein  28.47 
 
 
349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154596  normal  0.0870735 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17020  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.19 
 
 
346 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.745589 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2085  periplasmic binding protein  31.12 
 
 
354 aa  135  8e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000968789  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0807  periplasmic binding protein  33.87 
 
 
343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.67 
 
 
358 aa  133  3.9999999999999996e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.311428  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2437  periplasmic binding protein  30.56 
 
 
351 aa  132  6.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.255476  normal  0.0637289 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06470  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  34.57 
 
 
353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5337  periplasmic binding protein  33 
 
 
338 aa  129  9.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.992033  normal  0.734809 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4296  periplasmic binding protein  28.84 
 
 
346 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3522  periplasmic binding protein  30.74 
 
 
333 aa  123  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30 
 
 
347 aa  122  8e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.895091  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2317  periplasmic binding protein  30.34 
 
 
345 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36350  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.31 
 
 
356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22070  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.19 
 
 
383 aa  120  3.9999999999999996e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.162415 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3071  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  29.87 
 
 
350 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0138  iron-siderophore ABC transporter, periplasmic binding protein  29.39 
 
 
316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0385  periplasmic binding protein  29.94 
 
 
365 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2580  periplasmic binding protein  31.69 
 
 
354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2819  periplasmic binding protein  32.1 
 
 
349 aa  115  7.999999999999999e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0269  periplasmic binding protein  34.48 
 
 
338 aa  113  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.448293  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3331  transport system permease protein  29.29 
 
 
324 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.411353  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3636  periplasmic binding protein  27.95 
 
 
325 aa  112  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2175  periplasmic binding protein  32.04 
 
 
352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.038626  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2827  periplasmic binding protein  28.36 
 
 
332 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.420364  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0375  periplasmic binding protein  36.67 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2441  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  28.03 
 
 
359 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2540  periplasmic binding protein  28.03 
 
 
359 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.501058  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3183  ferric enterobactin ABC transporter ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  28.03 
 
 
359 aa  109  6e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.197139 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0308  periplasmic binding protein  32.1 
 
 
316 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3416  ABC Fe+3-siderophore transporter, periplasmic binding protein  27.85 
 
 
325 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3061  periplasmic binding protein  27.85 
 
 
325 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260153  normal  0.218558 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3759  periplasmic binding protein  34.25 
 
 
316 aa  107  3e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.445069  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0270  twin-arginine translocation pathway signal  30.06 
 
 
321 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0280  periplasmic binding protein  30.06 
 
 
321 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0260  periplasmic binding protein  30.06 
 
 
321 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26550  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.25 
 
 
348 aa  103  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.511837  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4037  periplasmic binding protein  29.27 
 
 
339 aa  102  9e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0428  periplasmic binding protein  33.88 
 
 
342 aa  99.4  7e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0856962  normal  0.313337 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2592  periplasmic binding protein  30.82 
 
 
357 aa  99  9e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0366339  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  30.93 
 
 
324 aa  89.4  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7985  substrate-binding family protein, putative  33.81 
 
 
336 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0071  periplasmic binding protein  28.39 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4091  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  28.39 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0708  periplasmic binding protein  26.35 
 
 
318 aa  84  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.792334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4143  iron chelate ABC transporter periplasmic iron-binding protein  28.39 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0242829  normal  0.0341564 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5939  periplasmic binding protein  26.96 
 
 
330 aa  82.4  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587353  normal  0.774281 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.47 
 
 
322 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2078  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0923581  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.47 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  29.78 
 
 
324 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  27.68 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2036  iron(III) dicitrate-binding protein  27.84 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010516  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10269  periplasmic iron-transport lipoprotein  30.77 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.110209 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2099  substrate-binding family protein  28.15 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000270129  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2038  iron(III) dicitrate-binding protein  27.84 
 
 
320 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000324878  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2255  substrate-binding family protein  28.15 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00818777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2280  putative iron compound-binding protein  28.15 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1737099999999999e-45 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2283  substrate-binding family protein, putative  27.84 
 
 
321 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00918063  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1049  periplasmic binding protein  27.97 
 
 
308 aa  79.3  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  26.92 
 
 
319 aa  79  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0297  periplasmic binding protein  32.45 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  25.17 
 
 
316 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  27.34 
 
 
300 aa  78.6  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2365  putative iron compound-binding protein  27.84 
 
 
320 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00267184  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1784  hypothetical protein  28.12 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.933909 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4264  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.42 
 
 
324 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2421  periplasmic binding protein  32.74 
 
 
309 aa  76.6  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2237  putative iron compound-binding protein  28.63 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0793747  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0362  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0599  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.36 
 
 
324 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.717603  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4356  periplasmic binding protein  24.53 
 
 
324 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.200584  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4636  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.36 
 
 
324 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.471711  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3006  periplasmic binding protein  32.63 
 
 
323 aa  75.5  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000872472 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2749  periplasmic binding protein  26.92 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4424  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.36 
 
 
324 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000518711  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4766  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.36 
 
 
324 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00286539  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4641  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.36 
 
 
324 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30510  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.18 
 
 
326 aa  75.1  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163783  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0451  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  33.89 
 
 
305 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1806  periplasmic binding protein  31.65 
 
 
358 aa  72.4  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.455628  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0323  ferrichrome-binding periplasmic protein  33.89 
 
 
305 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000895612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>