240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4296 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4296  periplasmic binding protein  100 
 
 
346 aa  700    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  63.77 
 
 
347 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.895091  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2317  periplasmic binding protein  69.87 
 
 
345 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3522  periplasmic binding protein  62.88 
 
 
333 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2827  periplasmic binding protein  59.18 
 
 
332 aa  381  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.420364  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3636  periplasmic binding protein  58.25 
 
 
325 aa  368  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3331  transport system permease protein  58.09 
 
 
324 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.411353  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3061  periplasmic binding protein  56.29 
 
 
325 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260153  normal  0.218558 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3416  ABC Fe+3-siderophore transporter, periplasmic binding protein  55.96 
 
 
325 aa  354  1e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2085  periplasmic binding protein  44.07 
 
 
354 aa  322  7e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000968789  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2580  periplasmic binding protein  46.89 
 
 
354 aa  298  9e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3735  periplasmic binding protein  39.58 
 
 
361 aa  235  9e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3935  periplasmic binding protein  39.27 
 
 
373 aa  233  3e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.427342  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  40.92 
 
 
358 aa  215  9.999999999999999e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.311428  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1491  putative ABC transporter, periplasmic iron-siderophore binding protein  36.53 
 
 
347 aa  206  4e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00253008  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22070  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  37.95 
 
 
383 aa  204  2e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.162415 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2930  periplasmic binding protein  35.17 
 
 
365 aa  199  7e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06470  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.08 
 
 
353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0428  periplasmic binding protein  36.99 
 
 
342 aa  191  2e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0856962  normal  0.313337 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17020  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  34.77 
 
 
346 aa  185  8e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.745589 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3071  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  35.87 
 
 
350 aa  182  7e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2175  periplasmic binding protein  36.73 
 
 
352 aa  181  2e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.038626  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  34.8 
 
 
662 aa  177  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0385  periplasmic binding protein  36.44 
 
 
365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3694  periplasmic binding protein  33.44 
 
 
341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.792098  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07950  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.78 
 
 
349 aa  172  5.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0346758  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2819  periplasmic binding protein  31.61 
 
 
349 aa  166  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3909  periplasmic binding protein  36.18 
 
 
341 aa  161  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0611865 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22710  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.33 
 
 
345 aa  160  3e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26550  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.91 
 
 
348 aa  156  4e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.511837  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3470  periplasmic binding protein  36.31 
 
 
356 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00150315  hitchhiker  0.00510017 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0138  iron-siderophore ABC transporter, periplasmic binding protein  28.85 
 
 
316 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0269  periplasmic binding protein  32.77 
 
 
338 aa  142  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.448293  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0853  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  32.08 
 
 
349 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.899813  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2441  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  29.6 
 
 
359 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5065  periplasmic binding protein  36.44 
 
 
336 aa  139  6e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3183  ferric enterobactin ABC transporter ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  29.6 
 
 
359 aa  139  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.197139 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2540  periplasmic binding protein  29.28 
 
 
359 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.501058  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4288  periplasmic binding protein  30.43 
 
 
359 aa  136  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515343  normal  0.467407 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0418  twin-arginine translocation pathway signal  29.37 
 
 
347 aa  135  9e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.71368  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2437  periplasmic binding protein  30.07 
 
 
351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.255476  normal  0.0637289 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0807  periplasmic binding protein  31.43 
 
 
343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36350  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.14 
 
 
356 aa  129  7.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5939  periplasmic binding protein  29.86 
 
 
330 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587353  normal  0.774281 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0200  periplasmic binding protein  29.13 
 
 
322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4230  periplasmic binding protein  35.38 
 
 
341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.973317  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2692  periplasmic binding protein  30.59 
 
 
349 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154596  normal  0.0870735 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0308  periplasmic binding protein  31.29 
 
 
316 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0419  periplasmic binding protein  29.65 
 
 
344 aa  115  8.999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.182541  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2670  periplasmic binding protein  29.77 
 
 
351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0375  periplasmic binding protein  30.19 
 
 
315 aa  107  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1591  periplasmic binding protein  28.06 
 
 
334 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0300116 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0270  twin-arginine translocation pathway signal  27.95 
 
 
321 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0280  periplasmic binding protein  27.95 
 
 
321 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0260  periplasmic binding protein  27.95 
 
 
321 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5337  periplasmic binding protein  37.35 
 
 
338 aa  99  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.992033  normal  0.734809 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2219  periplasmic binding protein  30.18 
 
 
335 aa  94.4  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0176424  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4037  periplasmic binding protein  27.27 
 
 
339 aa  90.1  4e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3759  periplasmic binding protein  27.37 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.445069  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10269  periplasmic iron-transport lipoprotein  30.43 
 
 
330 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.110209 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2592  periplasmic binding protein  29.48 
 
 
357 aa  87.8  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0366339  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.73 
 
 
322 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.04 
 
 
322 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  27.04 
 
 
321 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  27.04 
 
 
321 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.3 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0708  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.792334  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0683  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.94 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  28.94 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.3382899999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0670  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.94 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.07774e-37 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
324 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  31.25 
 
 
324 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2122  periplasmic binding protein  30.51 
 
 
298 aa  80.5  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10692  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
322 aa  79.3  0.00000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  30.1 
 
 
319 aa  79  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2421  periplasmic binding protein  25.61 
 
 
309 aa  79  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2099  substrate-binding family protein  26.23 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000270129  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2255  substrate-binding family protein  26.23 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00818777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2280  putative iron compound-binding protein  26.23 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1737099999999999e-45 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  28.21 
 
 
321 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2038  iron(III) dicitrate-binding protein  26.89 
 
 
320 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000324878  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2237  putative iron compound-binding protein  26.89 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0793747  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2078  periplasmic binding protein  26.56 
 
 
320 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0923581  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2365  putative iron compound-binding protein  26.56 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00267184  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  26.89 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2036  iron(III) dicitrate-binding protein  26.23 
 
 
320 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010516  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  26.79 
 
 
300 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4123  periplasmic binding protein  26.28 
 
 
346 aa  72  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2283  substrate-binding family protein, putative  25.16 
 
 
321 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00918063  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4356  periplasmic binding protein  28.69 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.200584  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4264  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.69 
 
 
324 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4636  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.69 
 
 
324 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.471711  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3654  periplasmic binding protein  26.69 
 
 
329 aa  70.1  0.00000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.841476  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0362  periplasmic binding protein  28.14 
 
 
315 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4424  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  28.69 
 
 
324 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000518711  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4641  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.69 
 
 
324 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4766  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  28.69 
 
 
324 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00286539  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0599  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.27 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.717603  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2413  periplasmic binding protein  23.86 
 
 
351 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3865  periplasmic binding protein  28.81 
 
 
329 aa  66.2  0.0000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.900175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>