More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0887 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1775  trigger factor  76.13 
 
 		 444 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.816164 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0887  trigger factor  100 
 
 		 459 aa  916    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109425  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0142  trigger factor  76.13 
 
 		 444 aa  652    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1349  trigger factor  75.9 
 
 		 444 aa  644    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295342  normal  0.310757 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1033  trigger factor  72.91 
 
 		 443 aa  632  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2190  trigger factor  70.59 
 
 		 442 aa  608  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1613  trigger factor  68.4 
 
 		 441 aa  587  1e-166  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3235  trigger factor  50.68 
 
 		 512 aa  411  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.112931  normal  0.882786 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3059  trigger factor  49.09 
 
 		 513 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.438703  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2678  trigger factor  45.98 
 
 		 478 aa  372  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111476  normal  0.981646 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2415  trigger factor  45.98 
 
 		 478 aa  372  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.502295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2370  trigger factor  46.21 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.88824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2185  trigger factor  46.29 
 
 		 460 aa  371  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368629  normal  0.570218 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1181  trigger factor  45.95 
 
 		 491 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.176713  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2562  trigger factor  45.58 
 
 		 452 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0843  trigger factor  46.22 
 
 		 544 aa  369  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.793444  normal  0.0950155 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1337  trigger factor  46.03 
 
 		 518 aa  370  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.270787  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6582  trigger factor  46.19 
 
 		 485 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0465754 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1549  trigger factor  44.62 
 
 		 463 aa  368  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7404  trigger factor  45.96 
 
 		 473 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1049  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3310  trigger factor  46.02 
 
 		 452 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2391  trigger factor  45.09 
 
 		 453 aa  362  8e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.395533 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2912  trigger factor  45.82 
 
 		 462 aa  361  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2895  trigger factor  45.58 
 
 		 453 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.590231  normal  0.0645132 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0594  trigger factor  44.94 
 
 		 551 aa  356  3.9999999999999996e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1900  trigger factor  43.97 
 
 		 453 aa  352  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.958008 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3590  trigger factor  43.53 
 
 		 452 aa  352  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0497135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2849  trigger factor  45.25 
 
 		 454 aa  351  2e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0303006 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1505  trigger factor  44.44 
 
 		 495 aa  349  7e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2280  trigger factor  43.75 
 
 		 485 aa  348  9e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1703  trigger factor  44.22 
 
 		 494 aa  346  6e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0895  trigger factor  43.08 
 
 		 485 aa  345  1e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0553  trigger factor  40.62 
 
 		 474 aa  344  2e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017975  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5133  trigger factor  43.69 
 
 		 473 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.69039 
 
 
-
 
NC_004310  BR0898  trigger factor  42.86 
 
 		 485 aa  342  8e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1790  trigger factor  42.7 
 
 		 476 aa  342  9e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.147522  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2230  trigger factor  43.78 
 
 		 453 aa  339  7e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4575  trigger factor  44.69 
 
 		 452 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.136212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2478  trigger factor  44.39 
 
 		 493 aa  336  5.999999999999999e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3323  trigger factor  43.25 
 
 		 445 aa  316  5e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.113258 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0916  trigger factor  39.41 
 
 		 440 aa  302  7.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0604  trigger factor  35.54 
 
 		 436 aa  242  9e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1607  trigger factor  34.17 
 
 		 444 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1841  trigger factor  33.33 
 
 		 434 aa  233  6e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00619817  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0572  trigger factor  32.87 
 
 		 435 aa  222  9e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.19365 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0817  trigger factor  33.71 
 
 		 432 aa  221  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.153407  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2299  trigger factor  32.88 
 
 		 443 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457193 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1176  trigger factor  33.26 
 
 		 436 aa  219  8.999999999999998e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2289  trigger factor  33.86 
 
 		 450 aa  219  8.999999999999998e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.030502  normal  0.410432 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3093  trigger factor  32.42 
 
 		 434 aa  216  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353037  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3055  trigger factor  32.42 
 
 		 434 aa  216  5e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3235  trigger factor  32.42 
 
 		 434 aa  216  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00052643  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1094  trigger factor  32.19 
 
 		 434 aa  216  8e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000123079  hitchhiker  0.00000434188 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1722  trigger factor  33.49 
 
 		 441 aa  216  8e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  0.0869561 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1826  trigger factor  31.98 
 
 		 443 aa  215  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3137  trigger factor  32.19 
 
 		 436 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000644844  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3470  trigger factor  32.65 
 
 		 437 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000745697 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1830  trigger factor  31.98 
 
 		 443 aa  214  2.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1914  trigger factor  33.18 
 
 		 433 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00300614  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3698  trigger factor  32.07 
 
 		 436 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2047  trigger factor  32.4 
 
 		 448 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.109899  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1741  trigger factor  32.14 
 
 		 437 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00658695 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004045  cell division trigger factor  32.5 
 
 		 435 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000395206  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1746  trigger factor  31.85 
 
 		 436 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.132696 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1901  trigger factor  31.97 
 
 		 437 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.191378  hitchhiker  0.00938494 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0307  trigger factor  31.75 
 
 		 445 aa  211  3e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121023  normal  0.638239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3727  trigger factor  31.85 
 
 		 436 aa  210  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.267155  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2233  trigger factor  32.16 
 
 		 447 aa  210  4e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0292986  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01416  trigger factor  32.27 
 
 		 435 aa  209  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2566  trigger factor  33.41 
 
 		 435 aa  209  8e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1940  trigger factor  31.92 
 
 		 447 aa  208  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1047  trigger factor  31.51 
 
 		 434 aa  208  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000149025  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3643  trigger factor  32.05 
 
 		 442 aa  207  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000676288  normal  0.562655 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3786  trigger factor  30.96 
 
 		 435 aa  206  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0903  trigger factor  32.05 
 
 		 432 aa  206  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000144682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0938  trigger factor  32.88 
 
 		 436 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.401032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1513  trigger factor  31.78 
 
 		 433 aa  205  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000677902  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0496  trigger factor  31.51 
 
 		 432 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000142859  hitchhiker  0.000578508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0550  trigger factor  31.51 
 
 		 432 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000374305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3497  trigger factor  30.49 
 
 		 436 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0314111  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3069  trigger factor  31.51 
 
 		 434 aa  204  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0128477  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0489  trigger factor  31.51 
 
 		 432 aa  204  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000095414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0506  trigger factor  31.51 
 
 		 432 aa  204  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000626608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2509  trigger factor  33.79 
 
 		 434 aa  203  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000731467  normal  0.870147 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0487  trigger factor  31.51 
 
 		 432 aa  204  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182354  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0472  trigger factor  31.28 
 
 		 432 aa  203  6e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00387  trigger factor  31.05 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3173  trigger factor  31.05 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000698649  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0513  trigger factor  31.05 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.68965e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0522  trigger factor  31.05 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000233962  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3196  trigger factor  31.05 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000193083  hitchhiker  0.000427763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0479  trigger factor  31.05 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000713029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00391  hypothetical protein  31.05 
 
 		 432 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000262738  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41250  trigger factor  30.49 
 
 		 436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.755772 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2049  trigger factor  30.13 
 
 		 436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431317  normal  0.217945 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2878  trigger factor  31.51 
 
 		 434 aa  200  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.125506  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14950  trigger factor  33.26 
 
 		 429 aa  200  5e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000821588  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0359  trigger factor  30.82 
 
 		 432 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000325154  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1271  trigger factor  31.74 
 
 		 435 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.254971  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1010  trigger factor  29.35 
 
 		 448 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595556  normal  0.725112 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>