More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2478 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1181  trigger factor  77.53 
 
 		 491 aa  721    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.176713  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2478  trigger factor  100 
 
 		 493 aa  978    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1505  trigger factor  76.2 
 
 		 495 aa  684    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1703  trigger factor  75.51 
 
 		 494 aa  701    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0895  trigger factor  67.94 
 
 		 485 aa  601  1.0000000000000001e-171  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0898  trigger factor  68.16 
 
 		 485 aa  598  1e-170  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2280  trigger factor  66.67 
 
 		 485 aa  593  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1790  trigger factor  61.32 
 
 		 476 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.147522  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0553  trigger factor  57.85 
 
 		 474 aa  570  1e-161  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017975  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2562  trigger factor  51.56 
 
 		 452 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3310  trigger factor  52.46 
 
 		 452 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2391  trigger factor  50.56 
 
 		 453 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.395533 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2370  trigger factor  47.69 
 
 		 478 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.88824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2678  trigger factor  47.48 
 
 		 478 aa  457  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111476  normal  0.981646 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2415  trigger factor  47.48 
 
 		 478 aa  457  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.502295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2895  trigger factor  51.11 
 
 		 453 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.590231  normal  0.0645132 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3590  trigger factor  50.34 
 
 		 452 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0497135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7404  trigger factor  47.97 
 
 		 473 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1049  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2912  trigger factor  49.09 
 
 		 462 aa  451  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4575  trigger factor  49.55 
 
 		 452 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.136212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6582  trigger factor  48.98 
 
 		 485 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0465754 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5133  trigger factor  47.23 
 
 		 473 aa  436  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.69039 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2185  trigger factor  49.66 
 
 		 460 aa  422  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368629  normal  0.570218 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1900  trigger factor  47.87 
 
 		 453 aa  420  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.958008 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1337  trigger factor  45.78 
 
 		 518 aa  417  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.270787  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2230  trigger factor  46.31 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3235  trigger factor  45.84 
 
 		 512 aa  408  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.112931  normal  0.882786 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2849  trigger factor  43.56 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0303006 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3059  trigger factor  44.99 
 
 		 513 aa  376  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.438703  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0843  trigger factor  43.64 
 
 		 544 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.793444  normal  0.0950155 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1033  trigger factor  45.19 
 
 		 443 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1549  trigger factor  41.06 
 
 		 463 aa  353  5e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0916  trigger factor  42.63 
 
 		 440 aa  351  2e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2190  trigger factor  41.95 
 
 		 442 aa  350  2e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1613  trigger factor  43.85 
 
 		 441 aa  345  1e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0887  trigger factor  44.14 
 
 		 459 aa  342  1e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109425  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0594  trigger factor  40.57 
 
 		 551 aa  342  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3323  trigger factor  42.99 
 
 		 445 aa  326  7e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.113258 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1349  trigger factor  42.08 
 
 		 444 aa  320  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295342  normal  0.310757 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0142  trigger factor  40.95 
 
 		 444 aa  316  5e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1775  trigger factor  40.95 
 
 		 444 aa  316  5e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.816164 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0604  trigger factor  34 
 
 		 436 aa  240  4e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0572  trigger factor  31.46 
 
 		 435 aa  232  1e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.19365 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0307  trigger factor  31.86 
 
 		 445 aa  228  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121023  normal  0.638239 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1722  trigger factor  33.63 
 
 		 441 aa  224  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  0.0869561 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2289  trigger factor  32.21 
 
 		 450 aa  224  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.030502  normal  0.410432 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3786  trigger factor  31.98 
 
 		 435 aa  223  8e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0938  trigger factor  32.22 
 
 		 436 aa  223  9e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.401032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2509  trigger factor  33.93 
 
 		 434 aa  221  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000731467  normal  0.870147 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3643  trigger factor  31.42 
 
 		 442 aa  218  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000676288  normal  0.562655 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1223  trigger factor  33.78 
 
 		 434 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000148222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2047  trigger factor  32.95 
 
 		 448 aa  217  5e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.109899  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2662  trigger factor  33.26 
 
 		 434 aa  216  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000102256  normal  0.690021 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1513  trigger factor  33.63 
 
 		 433 aa  216  5.9999999999999996e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000677902  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1214  trigger factor  30.77 
 
 		 437 aa  215  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2496  trigger factor  33.03 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377099  normal  0.020755 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2564  trigger factor  33.03 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000061517  normal  0.0625081 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0751  trigger factor  30.54 
 
 		 437 aa  214  1.9999999999999998e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.173993  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1793  trigger factor  33.48 
 
 		 434 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3698  trigger factor  30.32 
 
 		 436 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2682  trigger factor  31.91 
 
 		 434 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000115435  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3114  trigger factor  31.53 
 
 		 434 aa  211  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000617295  decreased coverage  0.000000421874 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2751  trigger factor  31.91 
 
 		 434 aa  210  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000172139  normal  0.125648 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1626  trigger factor  31.91 
 
 		 434 aa  210  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000959254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1603  trigger factor  31.91 
 
 		 434 aa  210  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000736756  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1592  trigger factor  31.91 
 
 		 434 aa  210  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000981502  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01416  trigger factor  33.56 
 
 		 435 aa  210  5e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1940  trigger factor  30.36 
 
 		 447 aa  209  6e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1489  trigger factor  32.36 
 
 		 434 aa  209  6e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000061134  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1678  trigger factor  32.57 
 
 		 432 aa  209  9e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.225693  normal  0.123639 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1176  trigger factor  30.87 
 
 		 436 aa  209  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1431  trigger factor  31.59 
 
 		 432 aa  209  1e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0842369  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004045  cell division trigger factor  33.63 
 
 		 435 aa  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000395206  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0817  trigger factor  32.05 
 
 		 432 aa  207  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.153407  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2496  trigger factor  31.76 
 
 		 434 aa  207  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000460382  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2233  trigger factor  30.04 
 
 		 447 aa  207  4e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0292986  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3069  trigger factor  31.98 
 
 		 434 aa  206  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0128477  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1030  trigger factor  30.38 
 
 		 434 aa  206  8e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.553429  hitchhiker  0.0000000130547 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0909  trigger factor  30.38 
 
 		 434 aa  206  8e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1047  trigger factor  31.51 
 
 		 434 aa  206  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000149025  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00387  trigger factor  32.21 
 
 		 432 aa  205  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3173  trigger factor  32.21 
 
 		 432 aa  205  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000698649  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0522  trigger factor  32.21 
 
 		 432 aa  205  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000233962  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3196  trigger factor  32.21 
 
 		 432 aa  205  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000193083  hitchhiker  0.000427763 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1607  trigger factor  30.65 
 
 		 444 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0479  trigger factor  32.21 
 
 		 432 aa  205  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000713029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0513  trigger factor  32.21 
 
 		 432 aa  205  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.68965e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00391  hypothetical protein  32.21 
 
 		 432 aa  205  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000262738  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0472  trigger factor  32.21 
 
 		 432 aa  205  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0903  trigger factor  32.23 
 
 		 432 aa  204  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000144682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0550  trigger factor  32.21 
 
 		 432 aa  203  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000374305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0496  trigger factor  32.21 
 
 		 432 aa  203  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000142859  hitchhiker  0.000578508 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1094  trigger factor  31.76 
 
 		 434 aa  203  7e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000123079  hitchhiker  0.00000434188 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1841  trigger factor  29.93 
 
 		 434 aa  202  8e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00619817  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0489  trigger factor  31.98 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000095414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0359  trigger factor  31.98 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000325154  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0487  trigger factor  31.98 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182354  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0506  trigger factor  31.98 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000626608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2566  trigger factor  30.73 
 
 		 435 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2049  trigger factor  29.86 
 
 		 436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431317  normal  0.217945 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>