90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0696 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_0696  DNA polymerase B region  100 
 
 		 742 aa  1484    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000163547 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0255  DNA polymerase B region  38.84 
 
 		 552 aa  182  2e-44  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.604411  normal  0.249553 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0905  DNA polymerase B region  36.31 
 
 		 576 aa  163  1e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.408153  normal  0.581013 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  24.51 
 
 		 783 aa  70.1  0.0000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  25.05 
 
 		 784 aa  63.5  0.00000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  26.46 
 
 		 783 aa  63.5  0.00000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2300  DNA polymerase B region  25.96 
 
 		 552 aa  62.8  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  25.74 
 
 		 786 aa  62  0.00000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  26.18 
 
 		 794 aa  61.6  0.00000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  24.87 
 
 		 785 aa  60.8  0.00000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  23.38 
 
 		 795 aa  59.7  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1210  DNA polymerase B region  27.31 
 
 		 723 aa  57.8  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.219967  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  27.8 
 
 		 799 aa  57  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1907  DNA polymerase I  24.25 
 
 		 877 aa  57  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.488214 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  26.15 
 
 		 781 aa  56.6  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  22.67 
 
 		 811 aa  55.8  0.000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  22.45 
 
 		 818 aa  55.8  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1620  DNA-directed DNA polymerase  23.66 
 
 		 882 aa  55.5  0.000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0874595  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  27.63 
 
 		 788 aa  55.1  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  26.19 
 
 		 807 aa  54.3  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  25.22 
 
 		 787 aa  54.3  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  24.35 
 
 		 810 aa  53.9  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  28.02 
 
 		 788 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  25 
 
 		 782 aa  53.1  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  28.02 
 
 		 787 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  24.35 
 
 		 810 aa  53.1  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  27.02 
 
 		 816 aa  53.1  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  27.71 
 
 		 789 aa  52.8  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  26.7 
 
 		 786 aa  52.4  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  27.31 
 
 		 793 aa  51.6  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  23.16 
 
 		 810 aa  51.2  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  25.33 
 
 		 790 aa  51.6  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  28.32 
 
 		 791 aa  51.2  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  26.74 
 
 		 797 aa  50.8  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  26.92 
 
 		 801 aa  50.8  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  28.33 
 
 		 789 aa  50.8  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  28.06 
 
 		 787 aa  50.4  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  22.9 
 
 		 789 aa  50.4  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  23.57 
 
 		 789 aa  50.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  23.57 
 
 		 789 aa  50.1  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0922  DNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 		 607 aa  49.7  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.434202  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2799  DNA polymerase B region  24.72 
 
 		 735 aa  49.3  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105637 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  25.78 
 
 		 816 aa  49.3  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  28.49 
 
 		 792 aa  49.7  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  24.58 
 
 		 787 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  25.98 
 
 		 809 aa  49.3  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  26.28 
 
 		 786 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  24.49 
 
 		 786 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  24.47 
 
 		 808 aa  49.7  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  25.84 
 
 		 786 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  26.27 
 
 		 809 aa  50.1  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  26.27 
 
 		 809 aa  50.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  25.84 
 
 		 786 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  27.86 
 
 		 794 aa  48.9  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5509  DNA-directed DNA polymerase B  26.55 
 
 		 603 aa  49.3  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.26262 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  24.77 
 
 		 790 aa  48.9  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  26.99 
 
 		 788 aa  48.9  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  25.88 
 
 		 809 aa  48.5  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  28.04 
 
 		 787 aa  48.1  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3264  DNA polymerase I  25.51 
 
 		 716 aa  48.1  0.0006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1087  DNA polymerase I  24.91 
 
 		 853 aa  48.1  0.0006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  25.63 
 
 		 787 aa  47.8  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1361  DNA polymerase I  22.92 
 
 		 854 aa  47.8  0.0008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0816  DNA polymerase I  23.55 
 
 		 854 aa  47.4  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.766661  hitchhiker  0.00661096 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  26.55 
 
 		 788 aa  47  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  22.07 
 
 		 780 aa  47  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  24.89 
 
 		 787 aa  47.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  28.34 
 
 		 786 aa  47.4  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  26.4 
 
 		 783 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  24.58 
 
 		 790 aa  46.2  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1891  DNA polymerase I  26.67 
 
 		 768 aa  46.2  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  26.2 
 
 		 792 aa  46.2  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  26.4 
 
 		 783 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  26.4 
 
 		 783 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  24.34 
 
 		 821 aa  46.6  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04130  DNA polymerase alpha catalytic subunit, putative  24.37 
 
 		 1485 aa  46.6  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  27.43 
 
 		 794 aa  46.2  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  27.43 
 
 		 794 aa  45.8  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  26.4 
 
 		 783 aa  45.8  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  26.49 
 
 		 788 aa  45.8  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  27.43 
 
 		 793 aa  45.8  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  27.43 
 
 		 794 aa  45.8  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  21 
 
 		 780 aa  45.4  0.004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  25.55 
 
 		 791 aa  45.4  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  27.09 
 
 		 809 aa  45.4  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  29.21 
 
 		 795 aa  45.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  25.29 
 
 		 788 aa  45.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0298  DNA polymerase I  23.4 
 
 		 835 aa  44.7  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.131674  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  24.61 
 
 		 820 aa  44.7  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  26.94 
 
 		 783 aa  44.3  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>