More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3344 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3344  nickel transporter permease NikC  100 
 
 		 281 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3007  nickel transporter permease NikC  97.86 
 
 		 281 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0763396  normal  0.524853 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0802  nickel transporter permease NikC  65.2 
 
 		 290 aa  333  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7616  nickel transporter permease NikC  60.29 
 
 		 291 aa  333  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0752  nickel transporter permease NikC  64.8 
 
 		 290 aa  331  9e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3843  nickel transporter permease NikC  66.94 
 
 		 277 aa  311  7.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03280  hypothetical protein  66.53 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03327  nickel transporter subunit  66.53 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0237  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  66.53 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3762  nickel transporter permease NikC  66.53 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3962  nickel transporter permease NikC  66.53 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4818  nickel transporter permease NikC  66.53 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0238  nickel transporter permease NikC  66.53 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3677  nickel transporter permease NikC  66.53 
 
 		 277 aa  308  8e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.91 
 
 		 373 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1836  nickel transporter permease NikC  63.46 
 
 		 277 aa  296  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660391 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2275  nickel transporter permease NikC  64.49 
 
 		 299 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0126063  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1030  nickel transporter permease NikC  56.1 
 
 		 270 aa  292  4e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6074  nickel transporter permease NikC  61.54 
 
 		 283 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1323  nickel transporter permease NikC  50.76 
 
 		 277 aa  279  4e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00536272  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  46.15 
 
 		 283 aa  264  1e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.62 
 
 		 309 aa  245  6e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  45.76 
 
 		 284 aa  245  6e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.72 
 
 		 287 aa  235  6e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.17 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.64 
 
 		 279 aa  219  3e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 		 309 aa  219  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.35 
 
 		 288 aa  219  5e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 		 301 aa  218  6e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 		 301 aa  218  7e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  42.38 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  41.83 
 
 		 282 aa  216  4e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.41 
 
 		 292 aa  215  7e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.62 
 
 		 309 aa  215  7e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.8 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0275  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.7 
 
 		 283 aa  211  7e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.609618  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 		 277 aa  212  7e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0470  nickel ABC transporter, permease protein  42.37 
 
 		 290 aa  211  7.999999999999999e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 		 330 aa  211  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.540099 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 		 298 aa  211  7.999999999999999e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0103943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  39.16 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.57 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 		 285 aa  207  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  45.36 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.8 
 
 		 303 aa  206  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.18 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 		 291 aa  205  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.92 
 
 		 297 aa  205  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 		 308 aa  205  6e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 		 289 aa  205  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 		 300 aa  205  8e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.35 
 
 		 303 aa  205  9e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 		 303 aa  205  9e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.35 
 
 		 303 aa  204  9e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  41.35 
 
 		 303 aa  205  9e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 		 303 aa  204  9e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.35 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.35 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.22 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.35 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 		 280 aa  204  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.35 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  40.68 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 		 286 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.15122  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  40.3 
 
 		 867 aa  203  3e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.73 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  42.38 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.22 
 
 		 285 aa  202  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  43.6 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.96 
 
 		 303 aa  201  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 		 277 aa  202  7e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  42.63 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.21 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  40.89 
 
 		 282 aa  202  7e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  44.81 
 
 		 282 aa  201  9e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.01 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.24 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>