More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3843 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03327  nickel transporter subunit  99.64 
 
 		 277 aa  544  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0237  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  99.64 
 
 		 277 aa  544  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3962  nickel transporter permease NikC  99.64 
 
 		 277 aa  544  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0238  nickel transporter permease NikC  99.64 
 
 		 277 aa  544  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03280  hypothetical protein  99.64 
 
 		 277 aa  544  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3762  nickel transporter permease NikC  99.64 
 
 		 277 aa  544  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4818  nickel transporter permease NikC  99.64 
 
 		 277 aa  544  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3843  nickel transporter permease NikC  100 
 
 		 277 aa  545  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3677  nickel transporter permease NikC  99.28 
 
 		 277 aa  540  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1836  nickel transporter permease NikC  90.25 
 
 		 277 aa  468  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660391 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7616  nickel transporter permease NikC  65.22 
 
 		 291 aa  368  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0802  nickel transporter permease NikC  65.58 
 
 		 290 aa  362  4e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0752  nickel transporter permease NikC  65.22 
 
 		 290 aa  360  2e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2275  nickel transporter permease NikC  69.57 
 
 		 299 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0126063  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3007  nickel transporter permease NikC  65.46 
 
 		 281 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0763396  normal  0.524853 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1030  nickel transporter permease NikC  53.44 
 
 		 270 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1323  nickel transporter permease NikC  52.33 
 
 		 277 aa  282  5.000000000000001e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00536272  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.23 
 
 		 373 aa  279  4e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6074  nickel transporter permease NikC  56.13 
 
 		 283 aa  277  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3344  nickel transporter permease NikC  67.22 
 
 		 281 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  43.8 
 
 		 283 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.75 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  41.57 
 
 		 284 aa  225  6e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.7 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 		 287 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 		 330 aa  215  7e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.540099 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.3 
 
 		 292 aa  215  8e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.16 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 		 310 aa  209  5e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 		 301 aa  208  9e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 		 300 aa  204  9e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  40.51 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 		 307 aa  199  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.69 
 
 		 288 aa  199  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0470  nickel ABC transporter, permease protein  39.41 
 
 		 290 aa  198  7.999999999999999e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 		 287 aa  196  3e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  39.19 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 		 304 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 		 277 aa  194  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04500  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.64 
 
 		 278 aa  193  2e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.19 
 
 		 296 aa  193  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  38.61 
 
 		 279 aa  193  3e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.31 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  40.08 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 		 290 aa  192  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.53 
 
 		 282 aa  192  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.16 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.7 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2420  dipeptide ABC transport system inner membrane binding component DppC  37.84 
 
 		 288 aa  189  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000767733 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 		 274 aa  188  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  40.82 
 
 		 286 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  40.32 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  39.09 
 
 		 282 aa  187  2e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  40.32 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 		 289 aa  186  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000169093  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 		 312 aa  186  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 		 289 aa  186  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.696968  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 		 284 aa  186  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  42.42 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2370  peptide ABC transporter, permease protein  35.66 
 
 		 292 aa  185  5e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.22 
 
 		 285 aa  186  5e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  41.67 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.45 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0407  peptide ABC transporter, permease protein  39.11 
 
 		 302 aa  185  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  37.84 
 
 		 303 aa  184  9e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 		 303 aa  184  9e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  37.84 
 
 		 303 aa  184  9e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  38.1 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.47 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  37.45 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>