More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2158 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2158  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  100 
 
 		 278 aa  567  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2497  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  94.24 
 
 		 273 aa  535  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0109341  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1424  ABC transporter-related protein  86.82 
 
 		 268 aa  462  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2743  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  83.33 
 
 		 263 aa  441  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1991  ABC transporter related  82.95 
 
 		 265 aa  439  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.662576  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2870  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  80 
 
 		 278 aa  424  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0170195  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1337  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  80 
 
 		 278 aa  424  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.932166 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2791  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  80 
 
 		 278 aa  424  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0698  ABC transporter related  79.84 
 
 		 280 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64300  putative ATP-binding component of ABC transporter  79.03 
 
 		 285 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4888  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  77.82 
 
 		 286 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4429  ABC transporter  77.42 
 
 		 286 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5582  urea ABC transporter ATP-binding protein UrtD  78.63 
 
 		 285 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0587  ABC transporter-like  76.28 
 
 		 289 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4844  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  77.82 
 
 		 285 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.21445 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4636  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  77.82 
 
 		 285 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.880683  normal  0.0525731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4901  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  77.42 
 
 		 285 aa  380  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0221262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4722  ABC transporter related  77.82 
 
 		 285 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.194668  hitchhiker  0.00869396 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1435  ABC transporter related  70.54 
 
 		 278 aa  341  9e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2989  ABC transporter ATP-binding protein  66.8 
 
 		 271 aa  325  5e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.866149 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3934  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  68.6 
 
 		 288 aa  325  6e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1022  ABC transporter related  65.32 
 
 		 255 aa  324  1e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.216915  normal  0.173863 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0700  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  66.4 
 
 		 294 aa  322  4e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00884  ABC transporter-like protein  58.76 
 
 		 276 aa  319  3e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4009  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  66.12 
 
 		 292 aa  316  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1396  ABC transporter related  65.29 
 
 		 293 aa  316  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.299838  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1000  ABC transporter related  65.7 
 
 		 292 aa  315  5e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3378  ABC transporter related  65.29 
 
 		 291 aa  314  9e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3208  ABC transporter related  66.94 
 
 		 291 aa  312  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.260719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2998  ABC transporter related  62.81 
 
 		 274 aa  311  6.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3497  ABC transporter-related protein  64.05 
 
 		 292 aa  309  4e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0603668  normal  0.572705 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0191  ABC transporter related  62.85 
 
 		 280 aa  308  5.9999999999999995e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2254  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  65.71 
 
 		 287 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.155048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1087  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  67.21 
 
 		 296 aa  307  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3686  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  65.31 
 
 		 287 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.14227 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0951  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  64.9 
 
 		 288 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2310  ABC transporter related  62.81 
 
 		 290 aa  306  3e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2698  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  62.24 
 
 		 245 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.358687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0991  ABC transporter related  62.24 
 
 		 323 aa  299  3e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2485  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  63.67 
 
 		 285 aa  298  7e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2179  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, ATP binding protein, putative  64.08 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.648177  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3106  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  64.08 
 
 		 287 aa  297  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00263887  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3130  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  64.08 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0729  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  64.08 
 
 		 287 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2562  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  64.08 
 
 		 287 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143827  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2051  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  64.08 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.752246  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0951  ABC transporter related  62.66 
 
 		 283 aa  297  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3070  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  64.08 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0877  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  62.86 
 
 		 285 aa  292  3e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0907  ABC transporter related  62.86 
 
 		 285 aa  292  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0428  ABC transporter related  62.86 
 
 		 285 aa  292  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4011  ABC transporter, ATPase subunit  62.86 
 
 		 285 aa  292  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0356544  normal  0.416608 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0795  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  62.04 
 
 		 285 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0784  ABC transporter related  62.04 
 
 		 285 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1501  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  62.45 
 
 		 287 aa  287  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1100  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  59.75 
 
 		 276 aa  287  2e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.873778  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3315  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  59.92 
 
 		 251 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3060  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  59.92 
 
 		 251 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.963696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4152  ABC transporter related  55.76 
 
 		 286 aa  285  8e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3507  ABC transporter related  58.13 
 
 		 254 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0491012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1446  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  58.04 
 
 		 265 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000680503 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4188  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  56.91 
 
 		 254 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7015  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  57.55 
 
 		 253 aa  278  7e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.61355  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4187  ABC transporter related  59.09 
 
 		 250 aa  277  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3490  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (urea/amide)  58.13 
 
 		 251 aa  276  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2617  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  57.2 
 
 		 264 aa  275  5e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0395155 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4608  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  57.31 
 
 		 261 aa  275  8e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1797  ABC transporter related  56.91 
 
 		 254 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131538  normal  0.177117 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2038  ABC transporter ATP-binding protein  59.2 
 
 		 287 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.6748  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0989  ABC transporter related  62.4 
 
 		 282 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3699  ABC transporter related  55.69 
 
 		 252 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.195914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0955  ABC transporter-related protein  62 
 
 		 282 aa  269  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.65307  normal  0.140995 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0229  histidine kinase  53.72 
 
 		 253 aa  269  5e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.990532 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1199  ABC transporter related  58.23 
 
 		 265 aa  268  8.999999999999999e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0109496  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4226  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  54.03 
 
 		 257 aa  265  7e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0369826  normal  0.231992 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1867  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  61.45 
 
 		 283 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.449649  normal  0.375358 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2190  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  61.45 
 
 		 283 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4075  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.03 
 
 		 253 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.416831  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0996  ABC transporter related  55.97 
 
 		 247 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1942  ABC transporter related  56.38 
 
 		 247 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0298  ABC branched chain amino acid transporter, ATPase subunit  56.38 
 
 		 247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0430613  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4020  ABC transporter related  55.56 
 
 		 246 aa  252  5.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.768317  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0567  ABC transporter related  50.2 
 
 		 247 aa  251  9.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0979  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  49.61 
 
 		 254 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.436167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29711  putative ATP binding subunit of urea ABC transport system  53.06 
 
 		 250 aa  249  3e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2247  ATPase  53.69 
 
 		 251 aa  248  7e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3569  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  51.45 
 
 		 262 aa  246  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.376374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3861  ABC transporter related  50.41 
 
 		 251 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3142  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  49.8 
 
 		 247 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589399  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0657  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  50.2 
 
 		 251 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.357814 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1820  ABC transporter related protein  46.94 
 
 		 252 aa  246  4e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.257202  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  50.2 
 
 		 247 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00618326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3687  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  49.6 
 
 		 262 aa  245  6e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3378  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  49.6 
 
 		 262 aa  245  6e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1594  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  48.98 
 
 		 247 aa  245  6.999999999999999e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5509  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  50.62 
 
 		 261 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3864  ABC transporter related  51.03 
 
 		 252 aa  245  6.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2775  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  51.64 
 
 		 254 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1446  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  50.62 
 
 		 251 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.685432  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1255  ABC transporter related  50.2 
 
 		 251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.424622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>