More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4888 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4888  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  100 
 
 		 286 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4429  ABC transporter  97.55 
 
 		 286 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0587  ABC transporter-like  87.54 
 
 		 289 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5582  urea ABC transporter ATP-binding protein UrtD  83.33 
 
 		 285 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64300  putative ATP-binding component of ABC transporter  82.98 
 
 		 285 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4844  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  82.14 
 
 		 285 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.21445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0698  ABC transporter related  81.47 
 
 		 280 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4722  ABC transporter related  80.21 
 
 		 285 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.194668  hitchhiker  0.00869396 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4901  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  80.21 
 
 		 285 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0221262 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4636  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  80.21 
 
 		 285 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.880683  normal  0.0525731 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1424  ABC transporter-related protein  78.1 
 
 		 268 aa  394  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2158  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  77.82 
 
 		 278 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2497  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  77.02 
 
 		 273 aa  385  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0109341  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2743  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  75.62 
 
 		 263 aa  385  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1991  ABC transporter related  76.45 
 
 		 265 aa  380  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.662576  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2870  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  74.79 
 
 		 278 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0170195  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1337  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  74.79 
 
 		 278 aa  370  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.932166 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2791  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  74.79 
 
 		 278 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1435  ABC transporter related  71.49 
 
 		 278 aa  356  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.627828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3378  ABC transporter related  69.35 
 
 		 291 aa  353  2e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2989  ABC transporter ATP-binding protein  70.45 
 
 		 271 aa  352  4e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.866149 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4009  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  68.99 
 
 		 292 aa  347  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1396  ABC transporter related  69.48 
 
 		 293 aa  345  4e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.299838  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1000  ABC transporter related  66.67 
 
 		 292 aa  345  4e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00884  ABC transporter-like protein  68.13 
 
 		 276 aa  345  6e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3208  ABC transporter related  67.9 
 
 		 291 aa  344  1e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.260719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3934  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  69.08 
 
 		 288 aa  344  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0700  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein, putative  65.07 
 
 		 294 aa  342  5e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3497  ABC transporter-related protein  65.44 
 
 		 292 aa  339  4e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0603668  normal  0.572705 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0191  ABC transporter related  68.95 
 
 		 280 aa  338  5.9999999999999996e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2998  ABC transporter related  67.34 
 
 		 274 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2310  ABC transporter related  67.46 
 
 		 290 aa  335  3.9999999999999995e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1087  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  67.67 
 
 		 296 aa  330  1e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1022  ABC transporter related  65.48 
 
 		 255 aa  322  3e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.216915  normal  0.173863 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0991  ABC transporter related  58.39 
 
 		 323 aa  321  9.999999999999999e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2562  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.07 
 
 		 287 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143827  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0729  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.07 
 
 		 287 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3106  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.07 
 
 		 287 aa  316  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00263887  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2179  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, ATP binding protein, putative  60.93 
 
 		 282 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.648177  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2051  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.93 
 
 		 282 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.752246  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3130  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.93 
 
 		 282 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3070  putative amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.93 
 
 		 282 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2485  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  60.51 
 
 		 285 aa  315  6e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3686  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  59.93 
 
 		 287 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.14227 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0951  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  62.84 
 
 		 288 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0951  ABC transporter related  64.26 
 
 		 283 aa  311  5.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2254  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  64.29 
 
 		 287 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.155048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0907  ABC transporter related  61.92 
 
 		 285 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0877  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  61.92 
 
 		 285 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0428  ABC transporter related  61.92 
 
 		 285 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4011  ABC transporter, ATPase subunit  59.85 
 
 		 285 aa  308  8e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0356544  normal  0.416608 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0795  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  61.54 
 
 		 285 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0784  ABC transporter related  61.54 
 
 		 285 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1501  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  63.64 
 
 		 287 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1100  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  61.89 
 
 		 276 aa  302  3.0000000000000004e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.873778  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0955  ABC transporter-related protein  63.1 
 
 		 282 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.65307  normal  0.140995 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2038  ABC transporter ATP-binding protein  61.33 
 
 		 287 aa  296  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.6748  normal  0.231581 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1199  ABC transporter related  62.02 
 
 		 265 aa  297  2e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0109496  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0989  ABC transporter related  63.1 
 
 		 282 aa  296  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2698  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  60.17 
 
 		 245 aa  294  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.358687  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3315  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  61.32 
 
 		 251 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3060  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  60.91 
 
 		 251 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.963696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4152  ABC transporter related  61.16 
 
 		 286 aa  290  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4187  ABC transporter related  61.32 
 
 		 250 aa  290  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1867  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  63.28 
 
 		 283 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.449649  normal  0.375358 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2190  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  63.28 
 
 		 283 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.122938 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3490  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (urea/amide)  59.02 
 
 		 251 aa  281  6.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3699  ABC transporter related  58.2 
 
 		 252 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.195914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4188  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  56.97 
 
 		 254 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7015  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  58.68 
 
 		 253 aa  279  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.61355  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2617  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  56.32 
 
 		 264 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0395155 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4226  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  57.38 
 
 		 257 aa  276  3e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0369826  normal  0.231992 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0229  histidine kinase  54.76 
 
 		 253 aa  276  4e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.990532 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1446  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  58.68 
 
 		 265 aa  276  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000680503 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0567  ABC transporter related  56.02 
 
 		 247 aa  275  5e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3507  ABC transporter related  58.02 
 
 		 254 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0491012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1797  ABC transporter related  58.02 
 
 		 254 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131538  normal  0.177117 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1594  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  54.77 
 
 		 247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4608  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  57.96 
 
 		 261 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27919  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  54.77 
 
 		 247 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00618326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3115  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  54.84 
 
 		 248 aa  267  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.848406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3864  ABC transporter related  54.55 
 
 		 252 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3142  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  55.42 
 
 		 247 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589399  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4364  ABC transporter-like  55.51 
 
 		 246 aa  266  4e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.644241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0223  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  55 
 
 		 247 aa  265  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2865  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  56.43 
 
 		 248 aa  265  5.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5671  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  53.94 
 
 		 247 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4633  ABC transporter related  53.94 
 
 		 247 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.713199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3735  ABC transporter related  53.94 
 
 		 247 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4075  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  55.19 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.416831  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2257  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  57.14 
 
 		 506 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.968196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29711  putative ATP binding subunit of urea ABC transport system  55.97 
 
 		 250 aa  261  8e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3590  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  54.58 
 
 		 247 aa  261  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0979  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  52.7 
 
 		 254 aa  261  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.436167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1446  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  53.94 
 
 		 251 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.685432  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3861  ABC transporter related  53.94 
 
 		 251 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2415  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  53.5 
 
 		 245 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1255  ABC transporter related  53.72 
 
 		 251 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4020  ABC transporter related  55.97 
 
 		 246 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.768317  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0996  ABC transporter related  55.14 
 
 		 247 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>