49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1183 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1183  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  100 
 
 		 448 aa  912    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1548  Extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 405 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348636  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  31.38 
 
 		 414 aa  67.4  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 404 aa  62  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  21.67 
 
 		 405 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1227  Extracellular ligand-binding receptor  41.89 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000229602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0868  Extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 		 433 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3017  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 426 aa  57.4  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  37.35 
 
 		 415 aa  57  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0503  Extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 		 429 aa  57  0.0000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.369072  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1154  extracellular ligand-binding receptor  35.71 
 
 		 449 aa  56.6  0.0000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443442  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3207  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.67 
 
 		 446 aa  55.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 		 397 aa  55.8  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  22.85 
 
 		 392 aa  51.2  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 		 398 aa  51.2  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 442 aa  50.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 386 aa  50.1  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 		 377 aa  49.7  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 401 aa  49.3  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.18 
 
 		 388 aa  48.9  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 374 aa  48.9  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2207  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 426 aa  48.5  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 381 aa  47.8  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 440 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2892  Extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 		 439 aa  47.8  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  22.18 
 
 		 394 aa  47.4  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 		 440 aa  47.4  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  24 
 
 		 379 aa  47.4  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 		 400 aa  47  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 		 382 aa  46.2  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 		 376 aa  45.8  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  23.5 
 
 		 382 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 376 aa  45.1  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  37.68 
 
 		 394 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  37.68 
 
 		 394 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0661  Extracellular ligand-binding receptor  22.83 
 
 		 439 aa  45.1  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 378 aa  45.1  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  37.68 
 
 		 394 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 		 381 aa  44.7  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 		 381 aa  44.3  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3417  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 409 aa  44.7  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.498074  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1977  periplasmic binding protein  23.91 
 
 		 420 aa  44.3  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.343651  normal  0.981595 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  22.5 
 
 		 391 aa  44.3  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.01 
 
 		 515 aa  43.9  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0585  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 		 453 aa  43.9  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  37.14 
 
 		 399 aa  43.9  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 376 aa  43.5  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>