More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2018 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_2018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
313 aa  647    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.250586  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.11 
 
 
310 aa  413  1e-114  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0958657  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.49 
 
 
308 aa  409  1e-113  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0677  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.55 
 
 
310 aa  396  1e-109  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.851073 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0837  hypothetical protein  54.84 
 
 
308 aa  364  1e-100  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2024  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.67 
 
 
317 aa  333  2e-90  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0133215  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.27 
 
 
319 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.97 
 
 
317 aa  327  2.0000000000000001e-88  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0036  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
316 aa  322  4e-87  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0174817 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.54 
 
 
319 aa  320  3e-86  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.67 
 
 
315 aa  294  2e-78  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  41.1 
 
 
312 aa  269  5e-71  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.48 
 
 
310 aa  265  7e-70  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.64 
 
 
313 aa  260  3e-68  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.28 
 
 
309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.04 
 
 
325 aa  249  4e-65  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.03 
 
 
311 aa  248  1e-64  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_3019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.67 
 
 
321 aa  231  1e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1334  UDP-glucose 4-epimerase  35.6 
 
 
317 aa  229  4e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.297801  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.16 
 
 
306 aa  228  1e-58  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.10516  normal  0.125028 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.3 
 
 
312 aa  225  8e-58  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.04 
 
 
308 aa  223  3e-57  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.2 
 
 
324 aa  223  3e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.09 
 
 
311 aa  219  3e-56  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000122092 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.29 
 
 
311 aa  217  2e-55  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.387741  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.26 
 
 
331 aa  212  5.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.89 
 
 
314 aa  210  3e-53  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.661925  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.56 
 
 
313 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.19 
 
 
301 aa  205  6e-52  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.44 
 
 
317 aa  191  1e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.2 
 
 
309 aa  139  8.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
296 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
292 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
292 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
292 aa  132  6e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
309 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.96 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
317 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.764783 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
305 aa  125  9e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
331 aa  124  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.66 
 
 
311 aa  124  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
310 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.11 
 
 
306 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
314 aa  122  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
310 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
310 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  29.58 
 
 
328 aa  120  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.2 
 
 
312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 
309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.89 
 
 
309 aa  120  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.29 
 
 
318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
302 aa  119  6e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
312 aa  119  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 
328 aa  119  9e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.94 
 
 
313 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0464  UDP-glucose 4-epimerase  30.49 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0781477  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  34.81 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.25 
 
 
309 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  34.85 
 
 
309 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 
313 aa  117  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
309 aa  116  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
315 aa  116  5e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
332 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.577574  normal  0.786667 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
334 aa  115  7.999999999999999e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.01 
 
 
313 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1769  UDP-glucose 4-epimerase  30.03 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.818465  normal  0.0921457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0739  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
326 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109872  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.38 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.38 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218972  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
308 aa  114  3e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1622  UDP-glucose 4-epimerase  33.58 
 
 
333 aa  114  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222296  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  29.17 
 
 
323 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 
314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.98 
 
 
306 aa  113  5e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
321 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.55 
 
 
346 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
331 aa  112  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2205  UDP-glucose 4-epimerase  29.02 
 
 
327 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 
335 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.06 
 
 
306 aa  112  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
331 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.556189  normal  0.226818 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2187  UDP-galactose 4-epimerase  31.85 
 
 
327 aa  112  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
354 aa  112  9e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.873323  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.53 
 
 
316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1830  UDP-glucose 4-epimerase  31.21 
 
 
327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.352077  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.85 
 
 
310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 
327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
343 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.471078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>