More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0477 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0477  ribosomal protein L20  100 
 
 		 127 aa  252  1.0000000000000001e-66  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0234  50S ribosomal protein L20  92.13 
 
 		 127 aa  235  2e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.163315  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1105  ribosomal protein L20  81.1 
 
 		 128 aa  211  3.9999999999999995e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0771886  normal  0.917158 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5481  ribosomal protein L20  79.53 
 
 		 129 aa  208  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5471  ribosomal protein L20  81.75 
 
 		 129 aa  207  3e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1318  ribosomal protein L20  80.65 
 
 		 128 aa  207  4e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231483  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21890  LSU ribosomal protein L20P  82.26 
 
 		 126 aa  207  5e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.509644  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22410  LSU ribosomal protein L20P  81.45 
 
 		 128 aa  206  1e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2461  50S ribosomal protein L20  78.23 
 
 		 130 aa  204  3e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14570  LSU ribosomal protein L20P  76.61 
 
 		 128 aa  200  5e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2040  50S ribosomal protein L20  75.81 
 
 		 129 aa  196  7.999999999999999e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0971505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1479  50S ribosomal protein L20  76.61 
 
 		 157 aa  196  9e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0382376  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6085  50S ribosomal protein L20  76.8 
 
 		 127 aa  196  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2383  ribosomal protein L20  78.23 
 
 		 126 aa  196  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.226272  normal  0.273471 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2416  ribosomal protein L20  77.42 
 
 		 126 aa  195  2.0000000000000003e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3069  ribosomal protein L20  76.42 
 
 		 123 aa  192  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2994  50S ribosomal protein L20  75.81 
 
 		 129 aa  190  5e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.170325  normal  0.0515669 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2979  50S ribosomal protein L20  75.81 
 
 		 129 aa  190  5e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3023  50S ribosomal protein L20  75.81 
 
 		 129 aa  190  5e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1482  50S ribosomal protein L20  76.23 
 
 		 153 aa  190  6e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000928711 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1626  ribosomal protein L20  77.42 
 
 		 128 aa  190  7e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.75849 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3326  50S ribosomal protein L20  75 
 
 		 129 aa  188  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.588527  normal  0.356317 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12270  LSU ribosomal protein L20P  77.31 
 
 		 163 aa  187  5.999999999999999e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128357  normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2141  ribosomal protein L20  78.99 
 
 		 125 aa  186  7e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032438  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11660  50S ribosomal protein L20  70.97 
 
 		 129 aa  181  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3167  ribosomal protein L20  79.82 
 
 		 129 aa  181  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.406841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1267  50S ribosomal protein L20  70.87 
 
 		 124 aa  181  4.0000000000000006e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.369057 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3054  50S ribosomal protein L20  73.95 
 
 		 121 aa  180  7e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25670  LSU ribosomal protein L20P  71.9 
 
 		 125 aa  180  7e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.826175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3180  50S ribosomal protein L20  76.58 
 
 		 126 aa  179  8.000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0268094  normal  0.168846 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2064  50S ribosomal protein L20  75.63 
 
 		 125 aa  177  4e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0330135  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3540  50S ribosomal protein L20  76.61 
 
 		 129 aa  176  1e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0376723  normal  0.227701 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3037  ribosomal protein L20  76.32 
 
 		 127 aa  175  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.206291  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1730  50S ribosomal protein L20  77.48 
 
 		 126 aa  172  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00695308  hitchhiker  0.00143351 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2846  ribosomal protein L20  73.39 
 
 		 126 aa  171  3.9999999999999995e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.104952  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1884  50S ribosomal protein L20  71.67 
 
 		 130 aa  170  5e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0962334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1877  50S ribosomal protein L20  72.03 
 
 		 130 aa  170  5.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.348784 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4142  ribosomal protein L20  70.59 
 
 		 135 aa  169  7.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000151582  hitchhiker  0.000263316 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15180  LSU ribosomal protein L20P  58.12 
 
 		 117 aa  141  3e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00260509  normal  0.121577 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1676  ribosomal protein L20  61.74 
 
 		 122 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.021642  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05740  LSU ribosomal protein L20P  60.68 
 
 		 117 aa  135  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000012199  normal  0.0122872 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1235  ribosomal protein L20  55.56 
 
 		 117 aa  135  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000439682  normal  0.0943757 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5553  50S ribosomal protein L20  57.02 
 
 		 125 aa  131  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.129523  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0524  ribosomal protein L20  55.08 
 
 		 119 aa  128  2.0000000000000002e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000408752  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2240  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00478573  hitchhiker  0.00537539 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2611  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0328909  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2170  ribosomal protein L20  52.5 
 
 		 121 aa  128  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00052538  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1381  ribosomal protein L20  54.62 
 
 		 120 aa  128  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000161333  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2035  50S ribosomal protein L20  56.41 
 
 		 134 aa  127  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2120  50S ribosomal protein L20  56.41 
 
 		 134 aa  127  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.28003  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0800  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 		 134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5320  50S ribosomal protein L20  54.55 
 
 		 125 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625876 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2398  ribosomal protein L20  50.43 
 
 		 118 aa  125  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0041866  normal  0.275247 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1303  50S ribosomal protein L20  53.97 
 
 		 133 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.201739  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1628  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 		 121 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0736554  hitchhiker  0.00508977 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1608  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 		 121 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.248279  normal  0.0149786 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3043  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 		 121 aa  125  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0217  50S ribosomal protein L20  49.58 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000274969  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2431  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 125 aa  124  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.500057  normal  0.976562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1836  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  125  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0576355 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0219  ribosomal protein L20  52.14 
 
 		 118 aa  124  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0674  50S ribosomal protein L20  54.7 
 
 		 133 aa  123  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1821  LSU ribosomal protein L20P  49.57 
 
 		 117 aa  123  8.000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00014178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  52.54 
 
 		 118 aa  122  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0710  50S ribosomal protein L20  53.04 
 
 		 117 aa  122  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000670695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0046  ribosomal protein L20  53.57 
 
 		 117 aa  122  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3092  50S ribosomal protein L20  52.94 
 
 		 119 aa  121  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.907981  normal  0.0375631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4269  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 		 134 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0449  50S ribosomal protein L20  52.54 
 
 		 118 aa  121  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000370171  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1314  50S ribosomal protein L20  53.85 
 
 		 133 aa  121  3e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4534  50S ribosomal protein L20  54.7 
 
 		 134 aa  120  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2939  50S ribosomal protein L20  50 
 
 		 121 aa  120  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1313  50S ribosomal protein L20  52.59 
 
 		 117 aa  120  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000242462  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1756  50S ribosomal protein L20  49.57 
 
 		 121 aa  120  9e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000228708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2317  50S ribosomal protein L20  51.69 
 
 		 118 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000405852  normal  0.195139 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2636  50S ribosomal protein L20  52.59 
 
 		 117 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0643522  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1092  50S ribosomal protein L20  50 
 
 		 118 aa  119  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000110509  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1685  50S ribosomal protein L20  59.38 
 
 		 118 aa  119  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2594  ribosomal protein L20  51.28 
 
 		 118 aa  119  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649926  hitchhiker  0.00570674 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0231  50S ribosomal protein L20  52.89 
 
 		 121 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1044  50S ribosomal protein L20  52.83 
 
 		 116 aa  119  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000215802  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1615  50S ribosomal protein L20  49.57 
 
 		 118 aa  118  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000423443  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2058  50S ribosomal protein L20  52.14 
 
 		 117 aa  118  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.524551  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  52.59 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1191  50S ribosomal protein L20  52.1 
 
 		 119 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1932  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 120 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00425676  normal  0.0301455 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05610  ribosomal protein L20  49.57 
 
 		 119 aa  118  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000312556  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0215  50S ribosomal protein L20  52.1 
 
 		 119 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.901812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0206  50S ribosomal protein L20  52.54 
 
 		 134 aa  118  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0765  50S ribosomal protein L20P  51.26 
 
 		 119 aa  118  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.9715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1441  50S ribosomal protein L20  49.15 
 
 		 139 aa  117  3.9999999999999996e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000287682  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  51.69 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  51.69 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  51.69 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2496  50S ribosomal protein L20  51.69 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00192283  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2305  50S ribosomal protein L20  49.57 
 
 		 117 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00881657  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1414  50S ribosomal protein L20  49.57 
 
 		 117 aa  117  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000403686  normal  0.489901 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1580  50S ribosomal protein L20  52.1 
 
 		 119 aa  116  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02082  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 		 117 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0487  50S ribosomal protein L20  52.17 
 
 		 118 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000568702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>