More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_22410 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_22410  LSU ribosomal protein L20P  100 
 
 
128 aa  253  5e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1105  ribosomal protein L20  86.72 
 
 
128 aa  225  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0771886  normal  0.917158 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1318  ribosomal protein L20  82.81 
 
 
128 aa  216  1e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231483  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2383  ribosomal protein L20  86.29 
 
 
126 aa  215  2e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.226272  normal  0.273471 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5481  ribosomal protein L20  81.25 
 
 
129 aa  211  2.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402875  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2461  50S ribosomal protein L20  79.69 
 
 
130 aa  209  7.999999999999999e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21890  LSU ribosomal protein L20P  82.26 
 
 
126 aa  205  2e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.509644  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1479  50S ribosomal protein L20  78.91 
 
 
157 aa  205  2e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0382376  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3167  ribosomal protein L20  89.47 
 
 
129 aa  204  4e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.406841  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14570  LSU ribosomal protein L20P  79.03 
 
 
128 aa  201  3e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5471  ribosomal protein L20  79.84 
 
 
129 aa  200  4e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1626  ribosomal protein L20  81.25 
 
 
128 aa  200  6e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.75849 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1482  50S ribosomal protein L20  80.33 
 
 
153 aa  198  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000928711 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0234  50S ribosomal protein L20  77.42 
 
 
127 aa  196  7.999999999999999e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.163315  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12270  LSU ribosomal protein L20P  79.83 
 
 
163 aa  195  2.0000000000000003e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128357  normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2040  50S ribosomal protein L20  77.42 
 
 
129 aa  195  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0971505  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2416  ribosomal protein L20  78.23 
 
 
126 aa  194  2.0000000000000003e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0477  ribosomal protein L20  81.45 
 
 
127 aa  193  6e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2994  50S ribosomal protein L20  77.42 
 
 
129 aa  193  7e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.170325  normal  0.0515669 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2979  50S ribosomal protein L20  77.42 
 
 
129 aa  193  7e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3023  50S ribosomal protein L20  77.42 
 
 
129 aa  193  7e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3326  50S ribosomal protein L20  76.61 
 
 
129 aa  191  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.588527  normal  0.356317 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2141  ribosomal protein L20  79.83 
 
 
125 aa  191  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032438  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6085  50S ribosomal protein L20  75 
 
 
127 aa  191  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3069  ribosomal protein L20  75.61 
 
 
123 aa  189  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3054  50S ribosomal protein L20  78.15 
 
 
121 aa  187  4e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11660  50S ribosomal protein L20  74.19 
 
 
129 aa  185  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1267  50S ribosomal protein L20  79.66 
 
 
124 aa  184  3e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.369057 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3180  50S ribosomal protein L20  76.79 
 
 
126 aa  181  3e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0268094  normal  0.168846 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25670  LSU ribosomal protein L20P  73.55 
 
 
125 aa  181  4.0000000000000006e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.826175  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2064  50S ribosomal protein L20  77.31 
 
 
125 aa  179  8.000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0330135  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4142  ribosomal protein L20  73.95 
 
 
135 aa  179  9.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000151582  hitchhiker  0.000263316 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3540  50S ribosomal protein L20  78.23 
 
 
129 aa  175  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0376723  normal  0.227701 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1877  50S ribosomal protein L20  75.42 
 
 
130 aa  173  6e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.348784 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1884  50S ribosomal protein L20  74.17 
 
 
130 aa  171  3.9999999999999995e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0962334  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2846  ribosomal protein L20  73.39 
 
 
126 aa  169  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.104952  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3037  ribosomal protein L20  74.56 
 
 
127 aa  169  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.206291  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1730  50S ribosomal protein L20  75.89 
 
 
126 aa  168  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00695308  hitchhiker  0.00143351 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1676  ribosomal protein L20  65.22 
 
 
122 aa  149  8.999999999999999e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.021642  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1235  ribosomal protein L20  58.97 
 
 
117 aa  141  3e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000439682  normal  0.0943757 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15180  LSU ribosomal protein L20P  58.97 
 
 
117 aa  141  3e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00260509  normal  0.121577 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05740  LSU ribosomal protein L20P  62.39 
 
 
117 aa  136  1e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000012199  normal  0.0122872 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1381  ribosomal protein L20  57.98 
 
 
120 aa  135  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000161333  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5553  50S ribosomal protein L20  56.2 
 
 
125 aa  134  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.129523  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0217  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 
120 aa  134  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000274969  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1756  50S ribosomal protein L20  54.7 
 
 
121 aa  132  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000228708  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5320  50S ribosomal protein L20  55.37 
 
 
125 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0625876 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2317  50S ribosomal protein L20  57.63 
 
 
118 aa  131  3e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000405852  normal  0.195139 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2398  ribosomal protein L20  55.56 
 
 
118 aa  131  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0041866  normal  0.275247 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2611  50S ribosomal protein L20  55.46 
 
 
119 aa  130  6.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0328909  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2240  50S ribosomal protein L20  55.46 
 
 
119 aa  130  6.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00478573  hitchhiker  0.00537539 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1821  LSU ribosomal protein L20P  52.99 
 
 
117 aa  129  9e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00014178  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2170  ribosomal protein L20  55 
 
 
121 aa  129  9e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00052538  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1997  50S ribosomal protein L20  55.93 
 
 
118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00229305  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2300  50S ribosomal protein L20  55.93 
 
 
118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000821818  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0524  ribosomal protein L20  55.56 
 
 
119 aa  128  3e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000408752  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0800  50S ribosomal protein L20  56.41 
 
 
134 aa  127  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  55.93 
 
 
118 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1421  50S ribosomal protein L20  53.85 
 
 
118 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000852478  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05610  ribosomal protein L20  52.99 
 
 
119 aa  127  5.0000000000000004e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000312556  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2496  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 
118 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00192283  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2120  50S ribosomal protein L20  56.41 
 
 
134 aa  127  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.28003  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2035  50S ribosomal protein L20  56.41 
 
 
134 aa  127  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0046  ribosomal protein L20  54.46 
 
 
117 aa  126  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2355  50S ribosomal protein L20  55.26 
 
 
127 aa  126  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.030925  normal  0.100889 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0674  50S ribosomal protein L20  56.41 
 
 
133 aa  126  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1314  50S ribosomal protein L20  56.41 
 
 
133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003713  LSU ribosomal protein L20p  55.56 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000104464  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02082  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0449  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 
118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000370171  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3092  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 
119 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.907981  normal  0.0375631 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  56.9 
 
 
117 aa  124  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1615  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 
118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000423443  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  55.93 
 
 
118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  55.93 
 
 
118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  55.93 
 
 
118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0490  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 
119 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.397114  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2216  ribosomal protein L20  53.85 
 
 
118 aa  124  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000311515  normal  0.131567 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1518  50S ribosomal protein L20  52.17 
 
 
117 aa  123  7e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0150794  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1143  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 
119 aa  123  7e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000341848  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1191  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 
119 aa  123  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1303  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 
133 aa  123  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.201739  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2305  50S ribosomal protein L20  50.43 
 
 
117 aa  123  7e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00881657  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1628  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 
121 aa  123  8.000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0736554  hitchhiker  0.00508977 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0939  50S ribosomal protein L20  54.7 
 
 
117 aa  122  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000748381  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1608  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 
121 aa  123  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.248279  normal  0.0149786 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2058  50S ribosomal protein L20  55.56 
 
 
117 aa  122  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.524551  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1092  50S ribosomal protein L20  53.51 
 
 
118 aa  122  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000110509  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2468  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 
118 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164678  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2507  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 
118 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2123  50S ribosomal protein L20  52.99 
 
 
119 aa  122  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000359041  normal  0.016896 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2625  50S ribosomal protein L20  52.14 
 
 
117 aa  122  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000948958  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1970  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 
118 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0648376  hitchhiker  0.00701004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3478  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 
118 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800064  hitchhiker  0.00881726 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1414  50S ribosomal protein L20  50.43 
 
 
117 aa  122  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000403686  normal  0.489901 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3222  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 
118 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2658  50S ribosomal protein L20  53.85 
 
 
119 aa  122  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000886061  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28680  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 
118 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000531022 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2594  ribosomal protein L20  54.7 
 
 
118 aa  121  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649926  hitchhiker  0.00570674 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1342  ribosomal protein L20  54.87 
 
 
117 aa  121  3e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00397655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>