More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1556 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1556  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 286 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2073  transcriptional regulator, LysR family  52.63 
 
 		 285 aa  255  5e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.348015 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0101  transcriptional regulator, LysR family  45.42 
 
 		 285 aa  233  3e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2265  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4518  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8824  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  34.4 
 
 		 302 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5906  putative transcriptional regulator-LysR family  33.1 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0462787  normal  0.148596 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8423  Transcriptional regulator-like protein  29.56 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 307 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15240  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182119  hitchhiker  0.000000000510266 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 317 aa  92  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  27.85 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  27.85 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  31.65 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  27.85 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  27.85 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  27.85 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  27.85 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3007  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  27.7 
 
 		 304 aa  89  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  27.7 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 316 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2323  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3491  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 314 aa  87  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 292 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2571  transcriptional regulator, LysR family  27.47 
 
 		 303 aa  85.5  8e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000871152  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 315 aa  85.9  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 305 aa  85.5  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 321 aa  85.5  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  33.21 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1855  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1324  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  32.04 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 328 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1939  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000010986  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 297 aa  82  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4893  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 280 aa  81.6  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0696189  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6844  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2453  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.317953 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>