99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3358 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3358  putative rRNA methylase  100 
 
 		 192 aa  385  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000432996  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0887  putative rRNA methylase  90.62 
 
 		 195 aa  354  5.999999999999999e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.94545e-19 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0690  hypothetical protein  60.99 
 
 		 189 aa  221  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  54.79 
 
 		 1128 aa  209  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1022  putative rRNA methylase  54.05 
 
 		 200 aa  204  5e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0564  putative rRNA methylase  48.66 
 
 		 196 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3179  putative rRNA methylase  48.95 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0696  putative rRNA methylase  37.63 
 
 		 188 aa  150  8e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1082  putative rRNA methylase  41.53 
 
 		 185 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000102664  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2581  putative rRNA methylase  41.3 
 
 		 209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.113396 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12000  putative rRNA methylase  40.88 
 
 		 196 aa  146  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000449414  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3485  putative rRNA methylase  46.29 
 
 		 193 aa  145  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.894221  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1515  putative rRNA methylase  51.41 
 
 		 194 aa  140  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.213957  normal  0.617269 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1203  putative rRNA methylase  45.95 
 
 		 187 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0662  putative rRNA methylase  40.43 
 
 		 195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0153  putative rRNA methylase  42.86 
 
 		 190 aa  136  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.854086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0095  methyltransferase (putative)  45.45 
 
 		 195 aa  132  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1400  hypothetical protein  35.48 
 
 		 188 aa  131  5e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2602  hypothetical protein  36.06 
 
 		 211 aa  131  5e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1741  putative rRNA methylase  36.07 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0960  putative rRNA methylase  44.94 
 
 		 235 aa  129  3e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3423  putative rRNA methylase  34.04 
 
 		 190 aa  124  6e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4872  hypothetical protein  33.51 
 
 		 190 aa  124  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4893  hypothetical protein  32.98 
 
 		 190 aa  124  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4862  hypothetical protein  32.98 
 
 		 190 aa  123  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4886  hypothetical protein  32.98 
 
 		 190 aa  122  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1851  hypothetical protein  34.39 
 
 		 187 aa  122  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.002601  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0543  putative rRNA methylase  41.99 
 
 		 196 aa  122  3e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.313767  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1816  hypothetical protein  34.39 
 
 		 187 aa  122  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.185209  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5002  hypothetical protein  32.98 
 
 		 190 aa  122  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.687939  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4482  SAM-dependent methyltransferase  32.98 
 
 		 190 aa  122  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4647  hypothetical protein  32.98 
 
 		 190 aa  122  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2770  putative rRNA methylase  33.51 
 
 		 191 aa  122  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00973946  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4500  SAM-dependent methyltransferase  32.98 
 
 		 190 aa  122  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0375  hypothetical protein  32.98 
 
 		 190 aa  121  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4580  putative rRNA methylase  32.98 
 
 		 190 aa  120  9e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1610  rRNA methylase (SAM-dependent methyltransferase superfamily), putative  35.68 
 
 		 182 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0217  hypothetical protein  36.56 
 
 		 194 aa  114  8.999999999999998e-25  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.624522  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1670  putative rRNA methylase  43.38 
 
 		 201 aa  108  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2381  rRNA methylase domain-containing protein  35.78 
 
 		 232 aa  105  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.37961e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1321  hypothetical protein  29.79 
 
 		 187 aa  105  4e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.626127  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1148  hypothetical protein  32.02 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028525  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2114  putative rRNA methylase  44.93 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1337  hypothetical protein  32.02 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0339513  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0073  putative rRNA methylase  43.53 
 
 		 225 aa  99.4  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0213  putative rRNA methylase  30.18 
 
 		 181 aa  92  4e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1507  hypothetical protein  31.72 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42440  predicted protein  30.95 
 
 		 475 aa  55.1  0.0000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.727315  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1396  Methyltransferase type 11  35.9 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.482862  normal  0.887166 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27308  predicted protein  35.05 
 
 		 247 aa  53.1  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1145  Methyltransferase type 11  24.84 
 
 		 208 aa  49.7  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3189  methyltransferase type 11  26.76 
 
 		 187 aa  49.3  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1190  methyltransferase type 11  27.74 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2339  methyltransferase type 11  30.83 
 
 		 191 aa  47.8  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.755854  normal  0.422901 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.69 
 
 		 298 aa  46.6  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1020  Methyltransferase type 11  29.1 
 
 		 273 aa  47  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.833494 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1087  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  48 
 
 		 248 aa  46.6  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0234174  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4541  protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase  48.08 
 
 		 188 aa  46.6  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.69 
 
 		 298 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1585  Methyltransferase type 12  37.5 
 
 		 255 aa  45.8  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.589292  normal  0.167436 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1509  Methyltransferase type 11  26.88 
 
 		 186 aa  45.8  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0116  precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (decarboxylating), CbiT subunit  34.38 
 
 		 199 aa  45.1  0.0006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.889427  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3349  Methyltransferase type 11  41.82 
 
 		 145 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1715  Methyltransferase type 11  31.4 
 
 		 411 aa  45.1  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680204  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1633  methyltransferase type 11  31.11 
 
 		 409 aa  45.1  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0334927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1295  methyltransferase FkbM  47.46 
 
 		 296 aa  44.7  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3456  hypothetical protein  29.45 
 
 		 251 aa  44.7  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3159  Fmu (Sun)/ nucleolar NOL1/Nop2p  30.53 
 
 		 420 aa  44.7  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0124  demethylmenaquinone methyltransferase  27.39 
 
 		 168 aa  44.7  0.0009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000412649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2814  UbiE/COQ5 methyltransferase  29.6 
 
 		 209 aa  44.7  0.0009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1280  demethylmenaquinone methyltransferase / 2-octaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methylase  31.58 
 
 		 233 aa  43.9  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00372704  hitchhiker  0.0000170173 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0557  Methyltransferase type 11  34.71 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1076  Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  46.67 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3596  methyltransferase type 11  30.56 
 
 		 241 aa  44.3  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.288891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2185  methyltransferase type 11  27.85 
 
 		 291 aa  44.7  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.65586  normal  0.0215821 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2390  methyltransferase type 11  28.15 
 
 		 439 aa  43.9  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.95709 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5386  transcriptional regulator, ArsR family  30 
 
 		 355 aa  43.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3415  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  26.98 
 
 		 260 aa  43.5  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2318  methyltransferase type 11  37.19 
 
 		 349 aa  43.1  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.399773  normal  0.0108051 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1003  methyltransferase type 11  36.36 
 
 		 180 aa  43.5  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00822165  normal  0.0267075 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2671  SAM-dependent methyltransferase  28.81 
 
 		 193 aa  43.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.47 
 
 		 300 aa  42.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2150  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  26.98 
 
 		 234 aa  42.4  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000360433  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0682  sun protein  29.66 
 
 		 443 aa  42  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0449767  normal  0.911889 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23050  methyltransferase family protein  33.58 
 
 		 410 aa  42.4  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.294181 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45410  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  26.98 
 
 		 253 aa  42  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179927  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0523  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  25.29 
 
 		 256 aa  42  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.846514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0431  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  26.47 
 
 		 243 aa  42  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0887672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2653  methyltransferase type 11  48.89 
 
 		 210 aa  42  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240915  normal  0.794534 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1710  methyltransferase type 11  30.77 
 
 		 262 aa  41.6  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_46635  predicted protein  34.13 
 
 		 359 aa  41.6  0.008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.247444  decreased coverage  0.000750659 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0371  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  28.69 
 
 		 243 aa  41.2  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.28603  normal  0.449931 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0017  Methyltransferase type 11  30.56 
 
 		 191 aa  41.6  0.008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.677573  normal  0.0406571 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0457  methyltransferase type 11  28.21 
 
 		 208 aa  41.6  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4992  S-adenosyl-methyltransferase MraW  26.67 
 
 		 313 aa  41.2  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.17 
 
 		 300 aa  41.2  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.17 
 
 		 302 aa  41.2  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1161  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.87 
 
 		 300 aa  41.2  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.879401  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0046  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  27.94 
 
 		 447 aa  41.2  0.01  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.404725  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>