More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1038 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1038  response regulator receiver protein  100 
 
 		 131 aa  268  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3223  response regulator receiver protein  97.71 
 
 		 131 aa  263  8e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.186882 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0886  response regulator receiver domain-containing protein  49.58 
 
 		 137 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384988  normal  0.153587 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0953  response regulator receiver domain-containing protein  48.33 
 
 		 135 aa  123  7e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.83954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2126  response regulator receiver protein  45.08 
 
 		 128 aa  120  5e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.438867  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2827  response regulator receiver domain-containing protein  46.67 
 
 		 136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107479 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0159  response regulator receiver domain-containing protein  45.3 
 
 		 128 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0749254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 224 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3995  helix-turn-helix, Fis-type  33.61 
 
 		 444 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0385153 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 125 aa  77.4  0.00000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2015  two component hybrid sensor response regulator  33.61 
 
 		 391 aa  75.1  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4458  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 442 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  32.14 
 
 		 229 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4292  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  31.97 
 
 		 444 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1397  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.19 
 
 		 219 aa  73.6  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.0186572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4410  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 444 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5381  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.97 
 
 		 235 aa  71.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0242785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72720  putative two-component response regulator  29.51 
 
 		 447 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.269979  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1401  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.4 
 
 		 444 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2645  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 215 aa  71.2  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.492308  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2641  two component transcriptional regulator  30.89 
 
 		 239 aa  70.5  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2160  two component signal transduction response regulator  30.97 
 
 		 451 aa  70.5  0.000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000278347  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 444 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 321 aa  70.1  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  32.23 
 
 		 705 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.17 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2472  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0187  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4465  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 437 aa  68.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.83 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0769  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.19 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6313  putative two-component response regulator  28.69 
 
 		 447 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.86051  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.48 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 457 aa  68.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 489 aa  68.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1249  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 452 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2625  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.45 
 
 		 237 aa  68.2  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  32.76 
 
 		 230 aa  68.6  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4048  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 241 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.916406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0695  response regulator receiver  31.93 
 
 		 170 aa  68.6  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.412637  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  31.67 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0667  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0467725  normal  0.629252 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2076  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 2107 aa  68.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0842  response regulator receiver protein  29.06 
 
 		 390 aa  68.6  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.884409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 450 aa  68.2  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  35.04 
 
 		 223 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  35.04 
 
 		 223 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  30.83 
 
 		 230 aa  68.2  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0895  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.08 
 
 		 232 aa  67.8  0.00000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1042  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 444 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  32.06 
 
 		 457 aa  68.2  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0355  response regulator receiver protein  29.6 
 
 		 234 aa  67.8  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2176  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1007 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0845  response regulator receiver protein  30.63 
 
 		 125 aa  67.8  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.455865  normal  0.167506 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  35.04 
 
 		 223 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  35.04 
 
 		 223 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  35.04 
 
 		 223 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 		 407 aa  67.4  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  35.04 
 
 		 223 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  35.04 
 
 		 223 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6749  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.51 
 
 		 226 aa  67  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290774  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2370  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.67 
 
 		 370 aa  67.4  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3366  DNA-binding response regulator  34.55 
 
 		 225 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.166078  hitchhiker  0.00000000000000126215 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0095  two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 224 aa  67  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  27.87 
 
 		 1127 aa  67.4  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1824  two component transcriptional regulator  35.45 
 
 		 225 aa  67  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529032  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1081  two component  33.94 
 
 		 441 aa  67  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.136641  normal  0.653656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  34.19 
 
 		 223 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2062  DNA-binding response regulator  34.55 
 
 		 225 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000169038  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 474 aa  67  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  34.19 
 
 		 223 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2712  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 224 aa  67  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00552555  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0868  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 650 aa  66.6  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0703  two component transcriptional regulator  36.63 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2041  DNA-binding response regulator  34.55 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0972255  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0447  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000245325  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2550  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 		 685 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1694  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.56 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000906935 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2811  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 		 498 aa  66.6  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.782124  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0228  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.04 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.325348 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01026  response regulator  30.77 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004385  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  30.77 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.65 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2330  response regulator receiver domain-containing protein  30.58 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.91 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1962  DNA-binding response regulator  34.55 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.597164  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0709  two component transcriptional regulator  36.63 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.156486  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  31.75 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 457 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  30.83 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>