More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4003 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4003  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 
177 aa  354  3.9999999999999996e-97  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4580  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.04 
 
 
161 aa  150  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.36381 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4583  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.04 
 
 
164 aa  150  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.870421 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0281  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  50.36 
 
 
158 aa  144  8.000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2054  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 
169 aa  144  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2899  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.15 
 
 
162 aa  143  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.386533  normal  0.572673 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2520  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.4 
 
 
162 aa  131  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.747102  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2791  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.04 
 
 
162 aa  129  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.506463 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0200  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.45 
 
 
166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.234084  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2876  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.37 
 
 
159 aa  128  4.0000000000000003e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0230  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.72 
 
 
166 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3223  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.21 
 
 
169 aa  125  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5746  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.15 
 
 
160 aa  121  5e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2776  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.25 
 
 
162 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.959481 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20720  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  42.58 
 
 
169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4808  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.54 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9039  putative transcriptional regulator  43.84 
 
 
157 aa  118  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0154  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.43 
 
 
168 aa  117  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.461852 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0320  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.98 
 
 
180 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.0912799 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01670  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  42.57 
 
 
156 aa  114  5e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.207254 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0612  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.86 
 
 
155 aa  111  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.430519 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2958  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.75 
 
 
179 aa  111  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128614 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3061  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.03 
 
 
162 aa  108  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.325314  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3516  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.35 
 
 
180 aa  107  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00768714  normal  0.63331 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3967  transcriptional regulator  40.48 
 
 
174 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29300  putative transcriptional regulator  40 
 
 
174 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.976463  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2975  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.94 
 
 
184 aa  102  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.672436  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4312  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.89 
 
 
191 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.784229  normal  0.0976927 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1261  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.15 
 
 
136 aa  99.4  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0453217  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0224  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.97 
 
 
167 aa  99.4  2e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.997359 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1071  hypothetical protein  34.16 
 
 
168 aa  98.2  6e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0872  transcriptional regulator  36.62 
 
 
168 aa  97.8  7e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0670352  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0909  hypothetical protein  33.54 
 
 
168 aa  97.4  8e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0967  hypothetical protein  33.54 
 
 
168 aa  97.4  8e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2271  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.46 
 
 
179 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.448582  normal  0.516915 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10320  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.78 
 
 
167 aa  95.1  5e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2361  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.46 
 
 
179 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.55927  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2937  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40 
 
 
173 aa  93.2  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.675377  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2120  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.71 
 
 
179 aa  93.2  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3156  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.77 
 
 
180 aa  89  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.22058 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2582  rrf2 family protein  32.85 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0122402  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2769  rrf2 family protein  32.85 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2571  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.85 
 
 
133 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.184725  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2514  rrf2 family protein  32.85 
 
 
133 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0618059 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2779  rrf2 family protein  32.12 
 
 
133 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1375  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  28.95 
 
 
165 aa  79.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3932  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.06 
 
 
200 aa  75.9  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0339289 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1607  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.47 
 
 
144 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.690617  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0818  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.16 
 
 
126 aa  72.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0683  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  28.66 
 
 
164 aa  72.4  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000630574  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0494  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.16 
 
 
143 aa  71.6  0.000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.371305  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0676  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.63 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0439993 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0779  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.75 
 
 
132 aa  68.2  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.133557  normal  0.384095 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  28.99 
 
 
141 aa  68.2  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3442  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.39 
 
 
152 aa  67.8  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.11487  hitchhiker  0.00712317 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  30.43 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  30.43 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  30.43 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2010  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.33 
 
 
144 aa  67.8  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  30.43 
 
 
141 aa  67  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.43 
 
 
141 aa  66.6  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  33.11 
 
 
144 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1300  hypothetical protein  28.99 
 
 
186 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0389  iron-responsive transcriptional regulator  34.29 
 
 
160 aa  66.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00187363  normal  0.229909 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  30.43 
 
 
141 aa  66.6  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  30.43 
 
 
141 aa  66.6  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0421  iron-responsive transcriptional regulator  34.29 
 
 
160 aa  66.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531604  hitchhiker  0.00267682 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  30.43 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0693  transcriptional repressor NsrR  28.26 
 
 
154 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3792  transcriptional repressor NsrR  28.26 
 
 
154 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0838  iron-responsive transcriptional regulator  33.57 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  28.87 
 
 
162 aa  65.1  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  34.04 
 
 
154 aa  64.7  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  28.87 
 
 
162 aa  65.1  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2094  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.41 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.65276  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.29 
 
 
145 aa  64.3  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.29 
 
 
145 aa  64.3  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3446  transcriptional repressor NsrR  28.99 
 
 
141 aa  63.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0538  hypothetical protein  29.85 
 
 
136 aa  63.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.209147  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0830  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.78 
 
 
137 aa  63.5  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.6836  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.71 
 
 
141 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1594  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.05 
 
 
159 aa  63.2  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.202596  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  29.71 
 
 
141 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  29.71 
 
 
141 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  29.71 
 
 
141 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1748  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.77 
 
 
142 aa  63.2  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  29.71 
 
 
141 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  28.26 
 
 
141 aa  62.4  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0766  transcriptional repressor NsrR  28.99 
 
 
141 aa  62  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.61103  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0787  transcriptional repressor NsrR  27.97 
 
 
141 aa  62  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1943  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.66 
 
 
150 aa  61.6  0.000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3617  iron-responsive transcriptional regulator  32.86 
 
 
153 aa  62  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.973931  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1940  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.78 
 
 
141 aa  61.6  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.107659  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1445  iron-responsive transcriptional regulator  32.14 
 
 
153 aa  61.2  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.75 
 
 
166 aa  61.2  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00405  hypothetical protein  34.9 
 
 
143 aa  60.8  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00113675  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0647  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.2 
 
 
146 aa  60.5  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  28.75 
 
 
166 aa  60.5  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1295  rrf2 family protein  31.69 
 
 
137 aa  60.8  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0579  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.58 
 
 
156 aa  60.5  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000125855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>