More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0154 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0154  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 
168 aa  340  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.461852 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0230  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  69.09 
 
 
166 aa  223  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0200  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  67.27 
 
 
166 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.234084  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2054  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.76 
 
 
169 aa  167  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4003  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.43 
 
 
177 aa  117  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2791  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.68 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.506463 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0281  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.88 
 
 
158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2776  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.07 
 
 
162 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.959481 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4580  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.89 
 
 
161 aa  110  8.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.36381 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2520  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.76 
 
 
162 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.747102  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4583  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.89 
 
 
164 aa  110  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.870421 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3061  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.22 
 
 
162 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.325314  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0872  transcriptional regulator  38.26 
 
 
168 aa  108  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0670352  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4808  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.88 
 
 
159 aa  107  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1071  hypothetical protein  38.26 
 
 
168 aa  107  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0909  hypothetical protein  37.58 
 
 
168 aa  106  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0967  hypothetical protein  37.58 
 
 
168 aa  106  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0612  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.38 
 
 
155 aa  105  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.430519 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2899  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.13 
 
 
162 aa  103  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.386533  normal  0.572673 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2876  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.25 
 
 
159 aa  102  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20720  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  39.72 
 
 
169 aa  102  3e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01670  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  41.55 
 
 
156 aa  101  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.207254 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1261  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45 
 
 
136 aa  101  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0453217  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9039  putative transcriptional regulator  43.36 
 
 
157 aa  99  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0224  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.42 
 
 
167 aa  95.9  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.997359 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5746  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.86 
 
 
160 aa  94  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3223  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.26 
 
 
169 aa  93.2  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10320  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.3 
 
 
167 aa  92.8  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0320  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.29 
 
 
180 aa  88.6  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.0912799 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2975  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40 
 
 
184 aa  87  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.672436  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2514  rrf2 family protein  34.51 
 
 
133 aa  85.5  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0618059 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2582  rrf2 family protein  34.51 
 
 
133 aa  85.1  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0122402  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2769  rrf2 family protein  34.51 
 
 
133 aa  85.1  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2779  rrf2 family protein  33.8 
 
 
133 aa  84.7  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3516  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.06 
 
 
180 aa  84.3  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00768714  normal  0.63331 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4312  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.13 
 
 
191 aa  83.2  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.784229  normal  0.0976927 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3156  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.13 
 
 
180 aa  82  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.22058 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2571  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.31 
 
 
133 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.184725  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1375  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.84 
 
 
165 aa  80.9  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0683  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.97 
 
 
164 aa  80.9  0.000000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000630574  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2964  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.29 
 
 
137 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00065561  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2958  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.06 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128614 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.33 
 
 
143 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000242173  normal  0.835381 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2120  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.57 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2094  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.56 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.65276  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3967  transcriptional regulator  35.04 
 
 
174 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29300  putative transcriptional regulator  33.58 
 
 
174 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.976463  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2361  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.82 
 
 
179 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.55927  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0494  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.58 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.371305  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0779  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.66 
 
 
132 aa  72  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.133557  normal  0.384095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2271  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.57 
 
 
179 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.448582  normal  0.516915 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1943  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.47 
 
 
150 aa  70.9  0.000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2937  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.12 
 
 
173 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.675377  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1002  transcriptional regulator, TrmB  34.13 
 
 
151 aa  66.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.283031 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1206  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.79 
 
 
139 aa  66.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00151678  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0818  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.43 
 
 
126 aa  65.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1607  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.94 
 
 
144 aa  65.9  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.690617  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0647  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.09 
 
 
146 aa  65.1  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0819  hypothetical protein  36.67 
 
 
153 aa  65.1  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2009  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.32 
 
 
142 aa  64.7  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0485  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.26 
 
 
145 aa  64.3  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0373904  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0838  iron-responsive transcriptional regulator  35.51 
 
 
156 aa  64.3  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0579  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.88 
 
 
156 aa  63.5  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000125855  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01980  Rrf2 family protein  38.26 
 
 
152 aa  63.5  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491455  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0830  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.63 
 
 
137 aa  63.2  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.6836  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3365  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.43 
 
 
188 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312723  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3932  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.85 
 
 
200 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0339289 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2269  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.08 
 
 
174 aa  62.8  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0730  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.83 
 
 
153 aa  62.4  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  33.58 
 
 
162 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  33.58 
 
 
162 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  33.58 
 
 
162 aa  62  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  33.58 
 
 
162 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  33.58 
 
 
165 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1168  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.33 
 
 
134 aa  61.6  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000039809  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  32.85 
 
 
164 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0540  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.4 
 
 
150 aa  60.5  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  32.85 
 
 
162 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  32.85 
 
 
162 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1639  Rrf2 family protein  31.21 
 
 
136 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.132012  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0538  hypothetical protein  34.78 
 
 
136 aa  58.9  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.209147  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1931  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.39 
 
 
135 aa  58.9  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000501375  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1302  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.43 
 
 
150 aa  58.9  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0435903  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0208  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.82 
 
 
148 aa  58.5  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113346  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2259  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.17 
 
 
154 aa  58.5  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1594  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.7 
 
 
159 aa  58.5  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.202596  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4174  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.46 
 
 
183 aa  58.2  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2585  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.8 
 
 
171 aa  58.2  0.00000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.867635 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2207  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  26.99 
 
 
160 aa  58.2  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.118334  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1241  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.77 
 
 
134 aa  58.2  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0019006  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1485  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  25.5 
 
 
149 aa  57.8  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000171245  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0787  transcriptional repressor NsrR  26.62 
 
 
141 aa  57.8  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0042  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.21 
 
 
150 aa  57.8  0.00000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.268703  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2010  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.54 
 
 
144 aa  57.8  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1591  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.82 
 
 
151 aa  57.4  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0376428 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0766  transcriptional repressor NsrR  26.62 
 
 
141 aa  57.4  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.61103  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1756  hypothetical protein  26.95 
 
 
153 aa  57.4  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0437  transcriptional repressor NsrR  26.62 
 
 
141 aa  57  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.900839  unclonable  0.0000000282304 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3617  iron-responsive transcriptional regulator  32.06 
 
 
153 aa  56.6  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.973931  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  32.58 
 
 
154 aa  57  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>