More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1002 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_1002  transcriptional regulator, TrmB  100 
 
 
151 aa  303  7e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.283031 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01980  Rrf2 family protein  72.85 
 
 
152 aa  221  3e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491455  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0819  hypothetical protein  65.79 
 
 
153 aa  208  2e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0730  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  65.13 
 
 
153 aa  206  9e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4268  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.01 
 
 
154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.463591  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0993  Rrf2 family protein  42.86 
 
 
153 aa  120  6e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0635  hypothetical protein  44.67 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1449  Rrf2 family protein  44.03 
 
 
153 aa  118  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.302493  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1516  FeS assembly SUF system regulator  44.03 
 
 
153 aa  118  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1232  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.85 
 
 
155 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.618772  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0651  hypothetical protein  44.67 
 
 
153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0540  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.27 
 
 
150 aa  116  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1191  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.48 
 
 
168 aa  114  6e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000485487  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0888  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.81 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2491  hypothetical protein  41.79 
 
 
158 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2919  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.45 
 
 
134 aa  108  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.71182 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0842  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.16 
 
 
157 aa  108  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0892  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.16 
 
 
157 aa  107  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1900  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  44.44 
 
 
171 aa  107  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3308  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.15 
 
 
161 aa  105  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0515375  normal  0.0430175 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0902  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.56 
 
 
155 aa  103  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.646682  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2574  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.04 
 
 
154 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3546  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.3 
 
 
141 aa  102  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00044677  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.52 
 
 
153 aa  101  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0194  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.55 
 
 
146 aa  99  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0675  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.93 
 
 
166 aa  95.9  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3285  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  44.76 
 
 
273 aa  91.3  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.794723  normal  0.278795 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1906  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.4 
 
 
137 aa  86.3  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000482606  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0235  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.59 
 
 
220 aa  84.3  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2273  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.65 
 
 
97 aa  84  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0485  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.11 
 
 
145 aa  84  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0373904  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0838  iron-responsive transcriptional regulator  39.82 
 
 
156 aa  81.3  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3617  iron-responsive transcriptional regulator  34.81 
 
 
153 aa  81.3  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.973931  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0421  iron-responsive transcriptional regulator  39.82 
 
 
160 aa  81.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531604  hitchhiker  0.00267682 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0389  iron-responsive transcriptional regulator  38.94 
 
 
160 aa  80.5  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00187363  normal  0.229909 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2583  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.1 
 
 
159 aa  80.1  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.293791  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0224  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.11 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  34.81 
 
 
154 aa  78.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1265  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.1 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1366  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.1 
 
 
159 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0528  iron-responsive transcriptional regulator  32.59 
 
 
153 aa  78.6  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0562  iron-responsive transcriptional regulator  32.59 
 
 
153 aa  77.8  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.23721  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1931  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.94 
 
 
135 aa  77  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000501375  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0499  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.09 
 
 
153 aa  77  0.00000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.1941  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1552  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  28.03 
 
 
144 aa  76.6  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0323916  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2094  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.65276  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1445  iron-responsive transcriptional regulator  29.71 
 
 
153 aa  76.3  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1277  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.8 
 
 
158 aa  76.3  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
145 aa  75.5  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0779  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.06 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.133557  normal  0.384095 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0494  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.06 
 
 
143 aa  73.9  0.0000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.371305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1639  Rrf2 family protein  34.62 
 
 
136 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.132012  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1800  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.61 
 
 
150 aa  72.4  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1940  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.3 
 
 
141 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.107659  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0622  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.33 
 
 
180 aa  72  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0242218 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3516  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.37 
 
 
180 aa  72  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00768714  normal  0.63331 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0503  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.53 
 
 
167 aa  71.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.715595 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0423  transcriptional regulator  30.91 
 
 
154 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0961866  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3112  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.62 
 
 
146 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.176237  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2164  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.3 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000101301  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1594  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.58 
 
 
159 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.202596  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1071  hypothetical protein  40.23 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0872  transcriptional regulator  40.23 
 
 
168 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0670352  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0787  transcriptional repressor NsrR  33.58 
 
 
141 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3187  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.07 
 
 
153 aa  70.1  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.1 
 
 
145 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.1 
 
 
145 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  38.1 
 
 
144 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1295  rrf2 family protein  32.31 
 
 
137 aa  69.7  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0992  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.88 
 
 
144 aa  69.7  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.263725  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0320  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.37 
 
 
180 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.0912799 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1476  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.82 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0550713 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2779  rrf2 family protein  34 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1168  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.06 
 
 
134 aa  68.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000039809  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1199  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.59 
 
 
151 aa  68.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.046069  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2958  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.65 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128614 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0909  hypothetical protein  39.08 
 
 
168 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2009  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.33 
 
 
142 aa  68.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0967  hypothetical protein  39.08 
 
 
168 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30 
 
 
145 aa  68.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2514  rrf2 family protein  33 
 
 
133 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0618059 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.55 
 
 
146 aa  68.2  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3446  transcriptional repressor NsrR  32.85 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0612  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.53 
 
 
155 aa  67.4  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.430519 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1205  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.73 
 
 
188 aa  67.4  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.262259  normal  0.12537 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2791  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.34 
 
 
162 aa  67.4  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.506463 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  32 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  32.85 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0041  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.96 
 
 
151 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0191012  hitchhiker  0.000277794 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.96 
 
 
151 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.370774  hitchhiker  0.00270297 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0047  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.96 
 
 
151 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000883142 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2582  rrf2 family protein  33.7 
 
 
133 aa  67  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0122402  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2769  rrf2 family protein  33.7 
 
 
133 aa  67  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0045  Rrf2 family protein  33.02 
 
 
151 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0693  transcriptional repressor NsrR  32 
 
 
154 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.11 
 
 
159 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1300  hypothetical protein  27.27 
 
 
186 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3967  transcriptional regulator  37.61 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08870  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37 
 
 
151 aa  66.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6739600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0154  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.13 
 
 
168 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.461852 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>