More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1180 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1180  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 304 aa  608  1e-173  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.287038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5290  exodeoxyribonuclease III Xth  86.08 
 
 		 297 aa  466  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.024265  normal  0.868104 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3810  exodeoxyribonuclease III Xth  58.25 
 
 		 293 aa  330  2e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0470  exodeoxyribonuclease III Xth  60.7 
 
 		 289 aa  328  5.0000000000000004e-89  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1736  exodeoxyribonuclease III Xth  59.7 
 
 		 265 aa  300  2e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.890937 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1721  exodeoxyribonuclease III Xth  59.32 
 
 		 265 aa  300  2e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.678022  decreased coverage  0.000653482 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4159  exodeoxyribonuclease III Xth  56.88 
 
 		 275 aa  285  5.999999999999999e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0712158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3153  exodeoxyribonuclease III Xth  54.48 
 
 		 264 aa  281  9e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000272901  hitchhiker  0.000542598 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4608  exodeoxyribonuclease III Xth  58.4 
 
 		 261 aa  279  4e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  hitchhiker  0.0000204361 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15770  Exodeoxyribonuclease III  57.69 
 
 		 259 aa  279  5e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.587593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3648  exodeoxyribonuclease III Xth  56.27 
 
 		 263 aa  278  1e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1469  exodeoxyribonuclease III  55.48 
 
 		 282 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.361239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0258  exodeoxyribonuclease III  54.55 
 
 		 264 aa  272  6e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0433178  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4983  exodeoxyribonuclease III Xth  55.47 
 
 		 264 aa  271  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4198  exodeoxyribonuclease III Xth  53.96 
 
 		 266 aa  266  2.9999999999999995e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.85997  normal  0.154808 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  53.44 
 
 		 264 aa  262  4e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35330  Exodeoxyribonuclease III  52.45 
 
 		 263 aa  262  4e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.139332  normal  0.143456 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2428  exodeoxyribonuclease III Xth  52.24 
 
 		 264 aa  261  1e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0629  exodeoxyribonuclease III Xth  52.22 
 
 		 268 aa  258  7e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1079  exodeoxyribonuclease III  52.45 
 
 		 262 aa  255  8e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10432  exodeoxyribonuclease III protein xthA (exonuclease III)  52.19 
 
 		 291 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0709218  normal  0.817281 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0419  exodeoxyribonuclease III  51.85 
 
 		 294 aa  251  8.000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01950  Exodeoxyribonuclease III  50.72 
 
 		 275 aa  249  3e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05580  Exodeoxyribonuclease III  51.46 
 
 		 281 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25800  Exodeoxyribonuclease III  51.49 
 
 		 266 aa  243  3.9999999999999997e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0579  exodeoxyribonuclease III  50.93 
 
 		 267 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.201053  normal  0.0309221 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0567  exodeoxyribonuclease III  50.93 
 
 		 267 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0730  exodeoxyribonuclease III Xth  50.55 
 
 		 272 aa  240  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32166 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0557  exodeoxyribonuclease III  50.75 
 
 		 267 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.507635 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0177  exodeoxyribonuclease III Xth  49.64 
 
 		 272 aa  231  8.000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.990944 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0656  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 		 262 aa  231  2e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1727  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 258 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  42.08 
 
 		 277 aa  207  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1068  exodeoxyribonuclease III Xth  45.66 
 
 		 262 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.139383  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  43.08 
 
 		 258 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  42.69 
 
 		 258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  42.08 
 
 		 254 aa  196  5.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  42.86 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  41.92 
 
 		 258 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  41.92 
 
 		 258 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  41.92 
 
 		 258 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  41.15 
 
 		 258 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  41.63 
 
 		 258 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  35.09 
 
 		 281 aa  189  4e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  41.15 
 
 		 271 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  41.83 
 
 		 258 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  41.15 
 
 		 272 aa  188  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  40.82 
 
 		 322 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3155  exodeoxyribonuclease III Xth  57.22 
 
 		 316 aa  187  1e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  34.34 
 
 		 281 aa  187  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  40.77 
 
 		 271 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  38.61 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  40.84 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  41.06 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  44.53 
 
 		 257 aa  186  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  44.53 
 
 		 257 aa  186  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  35.09 
 
 		 281 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  38.08 
 
 		 256 aa  186  5e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  41.76 
 
 		 267 aa  186  5e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  38.18 
 
 		 308 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  40.54 
 
 		 254 aa  185  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  41.15 
 
 		 256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  44.49 
 
 		 259 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  43.85 
 
 		 254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  42.22 
 
 		 269 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  40.38 
 
 		 260 aa  182  6e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  39.19 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  39.38 
 
 		 255 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  32.72 
 
 		 281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  39.19 
 
 		 275 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  39.62 
 
 		 263 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  38.17 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  38.6 
 
 		 269 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  38.6 
 
 		 263 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  38.6 
 
 		 269 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  39.77 
 
 		 255 aa  176  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03249  exodeoxyribonuclease III  44.23 
 
 		 259 aa  176  5e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  39.62 
 
 		 266 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  40.23 
 
 		 254 aa  176  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1189  exodeoxyribonuclease III  38.43 
 
 		 265 aa  176  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  42.05 
 
 		 264 aa  175  7e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  39.85 
 
 		 259 aa  175  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  40.75 
 
 		 261 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  40.78 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  39 
 
 		 257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1593  exodeoxyribonuclease III protein  39.27 
 
 		 269 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1037  exodeoxyribonuclease III  41.67 
 
 		 264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  38.85 
 
 		 261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  39.23 
 
 		 272 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  36.88 
 
 		 263 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  38.4 
 
 		 265 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  38.37 
 
 		 264 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  38.08 
 
 		 255 aa  171  9e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  38.31 
 
 		 259 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2983  exodeoxyribonuclease III  38.85 
 
 		 274 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385795  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>