More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2320 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2320  putative dimethyl sulfoniopropionate demethylase  100 
 
 		 368 aa  753    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1444  putative dimethyl sulfoniopropionate demethylase  76.02 
 
 		 385 aa  585  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.8924  normal  0.101905 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2379  putative dimethyl sulfoniopropionate demethylase  72.6 
 
 		 367 aa  561  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.649879  normal  0.648384 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.73 
 
 		 380 aa  253  3e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.113377  normal  0.236681 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19710  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  37.06 
 
 		 425 aa  238  9e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.207697  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0764  aminomethyltransferase  35.41 
 
 		 401 aa  236  4e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.214671  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1818  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.87 
 
 		 403 aa  231  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  30.75 
 
 		 440 aa  155  8e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  30.75 
 
 		 442 aa  155  9e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  26.65 
 
 		 357 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  30.45 
 
 		 367 aa  146  5e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.79 
 
 		 441 aa  145  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.38 
 
 		 368 aa  143  5e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  30.08 
 
 		 370 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3364  glycine cleavage system T protein  26.52 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27 
 
 		 366 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27 
 
 		 366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.21 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1885  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.89 
 
 		 363 aa  133  5e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13330  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.41 
 
 		 370 aa  132  6.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3460  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.84 
 
 		 781 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2562  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.89 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4451  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.41 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29531  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.23 
 
 		 374 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2915  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.35 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.75153  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.52 
 
 		 366 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.52 
 
 		 366 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.52 
 
 		 366 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.85 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0155  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.08 
 
 		 790 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  28.22 
 
 		 371 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  25.3 
 
 		 365 aa  126  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  28.34 
 
 		 389 aa  126  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18191  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.28 
 
 		 359 aa  126  6e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1595  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.31 
 
 		 363 aa  126  8.000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0825414  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1628  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.31 
 
 		 363 aa  126  8.000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.81 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.7 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1245  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.39 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.39 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2594  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.9 
 
 		 375 aa  124  3e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26707 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6592  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.8 
 
 		 789 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00642843 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  26.19 
 
 		 365 aa  123  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11173  aminomethyltransferase  25.58 
 
 		 360 aa  123  5e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.324081  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.29 
 
 		 364 aa  123  6e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.88 
 
 		 359 aa  122  9e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0599  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.73 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.611166 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.36 
 
 		 369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27 
 
 		 366 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1983  aminomethyltransferase  25.67 
 
 		 366 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00232491  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1847  aminomethyltransferase  27.67 
 
 		 386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.674665 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.48 
 
 		 364 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.92 
 
 		 772 aa  119  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.932347  normal  0.101013 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5656  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28 
 
 		 789 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.240642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5660  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.98 
 
 		 365 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4046  glycine cleavage system T protein  27.49 
 
 		 391 aa  118  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00578846  normal  0.203925 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  23.76 
 
 		 364 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2308  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.95 
 
 		 372 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.512156 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3184  aminomethyltransferase  27.95 
 
 		 372 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000207434  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  25.76 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  25.28 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1756  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.9 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.971274  normal  0.141351 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1202  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.68 
 
 		 752 aa  116  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0396  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.97 
 
 		 365 aa  116  6e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.19 
 
 		 364 aa  116  6e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4863  glycine cleavage system T protein  24.59 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  27.9 
 
 		 414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0976  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.41 
 
 		 430 aa  114  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0469  glycine cleavage system T protein  24.56 
 
 		 371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1627  glycine cleavage system T protein  23.9 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0662  glycine cleavage system T protein  27.17 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4416  glycine cleavage system T protein  26.18 
 
 		 364 aa  113  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2461  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.17 
 
 		 380 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3316  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.61 
 
 		 789 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5134  aminomethyltransferase  28.74 
 
 		 757 aa  113  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1102  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  22.4 
 
 		 363 aa  113  6e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.547647  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2360  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.82 
 
 		 365 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0807615  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3756  glycine cleavage system T protein  27.52 
 
 		 363 aa  112  8.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.33646  normal  0.168045 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0786  glycine cleavage system T protein  26.63 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3830  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.53 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.434299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0867  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.53 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0863  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.53 
 
 		 365 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3603  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.37 
 
 		 761 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2455  glycine cleavage system T protein  23.62 
 
 		 363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1343  glycine cleavage system T protein  28.71 
 
 		 374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0716  glycine cleavage system T protein  27.2 
 
 		 365 aa  110  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4326  glycine cleavage system T protein  29.11 
 
 		 391 aa  110  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707403  normal  0.0579992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0986  glycine cleavage system T protein  29.65 
 
 		 373 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.761545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1403  glycine cleavage system T protein  26.35 
 
 		 376 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2054  glycine cleavage system T protein  27.3 
 
 		 374 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0991  glycine cleavage system T protein  29.15 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546351  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0389  glycine cleavage system T protein  26.55 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.65951 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0155  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.89 
 
 		 368 aa  109  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.843588  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1914  glycine cleavage system T protein  27.85 
 
 		 381 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180377 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1656  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.56 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.200164  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3151  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.16 
 
 		 364 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000770906  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>