More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1444 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1444  putative dimethyl sulfoniopropionate demethylase  100 
 
 
385 aa  796    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.8924  normal  0.101905 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2379  putative dimethyl sulfoniopropionate demethylase  76.58 
 
 
367 aa  595  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.649879  normal  0.648384 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2320  putative dimethyl sulfoniopropionate demethylase  76.02 
 
 
368 aa  540  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.17 
 
 
380 aa  281  1e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.113377  normal  0.236681 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0764  aminomethyltransferase  37.2 
 
 
401 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.214671  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1818  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.53 
 
 
403 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19710  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  36.67 
 
 
425 aa  242  7e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.207697  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  29.72 
 
 
367 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.52 
 
 
368 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.93 
 
 
364 aa  139  7e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  24.21 
 
 
357 aa  139  8.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.94 
 
 
366 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.94 
 
 
366 aa  139  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.94 
 
 
366 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.94 
 
 
366 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.94 
 
 
366 aa  139  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  25.51 
 
 
365 aa  137  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.53 
 
 
441 aa  136  7.000000000000001e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.39 
 
 
366 aa  135  9e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2562  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.61 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.06 
 
 
360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2915  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26 
 
 
366 aa  134  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.75153  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.39 
 
 
366 aa  134  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.39 
 
 
366 aa  134  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.39 
 
 
366 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1595  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.93 
 
 
363 aa  134  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0825414  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  28.57 
 
 
370 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1628  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.93 
 
 
363 aa  134  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.95 
 
 
772 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.932347  normal  0.101013 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1885  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25 
 
 
363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2594  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.84 
 
 
375 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.26707 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3184  aminomethyltransferase  29.43 
 
 
372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000207434  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29531  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.49 
 
 
374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.01 
 
 
369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11173  aminomethyltransferase  28.02 
 
 
360 aa  130  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.324081  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  24.73 
 
 
364 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1245  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.19 
 
 
360 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  26.67 
 
 
440 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  26.67 
 
 
442 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.32 
 
 
360 aa  130  6e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.32 
 
 
360 aa  130  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  25.36 
 
 
365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.73 
 
 
364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3316  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.94 
 
 
789 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  27.99 
 
 
371 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6592  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.44 
 
 
789 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00642843 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3460  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.95 
 
 
781 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.94 
 
 
366 aa  126  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.99 
 
 
365 aa  126  7e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5656  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.71 
 
 
789 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.240642  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.18 
 
 
364 aa  123  4e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4451  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.54 
 
 
369 aa  123  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3364  glycine cleavage system T protein  26.37 
 
 
369 aa  123  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1983  aminomethyltransferase  25.39 
 
 
366 aa  122  8e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00232491  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.56 
 
 
364 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1102  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.43 
 
 
363 aa  120  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.547647  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3603  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.02 
 
 
761 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.85 
 
 
359 aa  120  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4863  glycine cleavage system T protein  25.83 
 
 
378 aa  120  3.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  24.72 
 
 
371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1403  glycine cleavage system T protein  28.85 
 
 
376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.86 
 
 
360 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2054  glycine cleavage system T protein  28.25 
 
 
374 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2868  glycine cleavage system T protein  25.68 
 
 
361 aa  119  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  28.95 
 
 
414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5660  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.86 
 
 
365 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0155  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.77 
 
 
790 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0976  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.3 
 
 
430 aa  117  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  24.21 
 
 
366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  26.8 
 
 
389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  25.94 
 
 
364 aa  117  5e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0716  glycine cleavage system T protein  27.35 
 
 
365 aa  115  8.999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1559  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.93 
 
 
362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0469  glycine cleavage system T protein  25 
 
 
371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5134  aminomethyltransferase  29.68 
 
 
757 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18191  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.58 
 
 
359 aa  113  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2455  glycine cleavage system T protein  23.84 
 
 
363 aa  113  6e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0786  glycine cleavage system T protein  24.76 
 
 
360 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1202  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.7 
 
 
752 aa  113  7.000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0389  glycine cleavage system T protein  27.24 
 
 
363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.65951 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.77 
 
 
376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.1 
 
 
381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.35 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1892  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.61 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.323877 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0395  glycine cleavage system T protein  26.93 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3874  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.35 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.644537  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3756  glycine cleavage system T protein  27.35 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.33646  normal  0.168045 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13330  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.43 
 
 
370 aa  110  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1289  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.03 
 
 
372 aa  109  7.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2351  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.22 
 
 
372 aa  108  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.417081  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4141  glycine cleavage system T protein  25.93 
 
 
366 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1756  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.33 
 
 
362 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.971274  normal  0.141351 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1996  glycine cleavage system T protein  24.32 
 
 
367 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.672194  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2308  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.44 
 
 
372 aa  108  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.512156 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4416  glycine cleavage system T protein  25.07 
 
 
364 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0339  glycine cleavage system T protein  23.96 
 
 
363 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000293484  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0599  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  23.91 
 
 
362 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.611166 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21611  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  24.03 
 
 
372 aa  107  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.532359 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0923  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.78 
 
 
379 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1515  glycine cleavage system T protein  23.95 
 
 
356 aa  106  7e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00269982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>