More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1459 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1459  hypothetical protein  100 
 
 
329 aa  674    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.487858  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  89.6 
 
 
328 aa  614  1e-175  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0225726  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0056  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.11 
 
 
329 aa  179  4e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262726  decreased coverage  0.00262088 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4808  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like protein  35.33 
 
 
298 aa  152  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.892745  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.680754 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
300 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3365  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
299 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305882  normal  0.324693 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.55 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.94019  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
300 aa  109  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
302 aa  97.4  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.19 
 
 
355 aa  94  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.49 
 
 
333 aa  90.5  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.989614  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  29.31 
 
 
333 aa  87.4  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
328 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
328 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.8 
 
 
330 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
328 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  26.25 
 
 
329 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
339 aa  79.7  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0678518 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  26.67 
 
 
328 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  24.93 
 
 
342 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  26.59 
 
 
329 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.84 
 
 
355 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.129655 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  26.59 
 
 
329 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2241  dihydroflavonol-4-reductase family protein  24.25 
 
 
338 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
331 aa  69.7  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.25 
 
 
335 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.29 
 
 
331 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2924  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.25 
 
 
335 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0488644  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1280  dihydroflavonol-4-reductase family protein  24.25 
 
 
338 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.11 
 
 
340 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.81 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
320 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1008  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  26.04 
 
 
338 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.720845  normal  0.076451 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  26.14 
 
 
340 aa  67.8  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.54 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
336 aa  65.9  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
336 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
336 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2237  dihydroflavonol-4-reductase family protein  23.95 
 
 
335 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0976  dihydroflavonol-4-reductase family protein  23.95 
 
 
338 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1263  dihydroflavonol-4-reductase family protein  23.95 
 
 
338 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
340 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  25.67 
 
 
329 aa  64.7  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  23.4 
 
 
335 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  26.16 
 
 
317 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.76 
 
 
349 aa  63.9  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
319 aa  63.5  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5420  hopanoid-associated sugar epimerase  23.55 
 
 
335 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.91 
 
 
329 aa  63.5  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.4 
 
 
328 aa  63.2  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
335 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.48 
 
 
333 aa  62  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
335 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5276  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  25.07 
 
 
329 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.313319  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4723  hopanoid-associated sugar epimerase  23.55 
 
 
335 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
335 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5549  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
335 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.482021  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  26.23 
 
 
306 aa  61.6  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.94 
 
 
358 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
347 aa  60.8  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.862979  normal  0.686614 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2216  hopanoid-associated sugar epimerase  23.81 
 
 
341 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 
347 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  23.35 
 
 
341 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.12 
 
 
336 aa  60.5  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
361 aa  60.5  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  23.53 
 
 
336 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.47 
 
 
341 aa  60.1  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
322 aa  59.7  0.00000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 
315 aa  60.1  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61280  putative epimerase  24.78 
 
 
341 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0022  hypothetical protein  22.74 
 
 
336 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.36 
 
 
329 aa  59.3  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0793  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  23.89 
 
 
331 aa  59.3  0.00000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.49 
 
 
330 aa  59.3  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1068  NmrA family protein  27.17 
 
 
311 aa  59.3  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.746478  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  22.35 
 
 
336 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  24.05 
 
 
302 aa  58.9  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1831  hopanoid-associated sugar epimerase  23.81 
 
 
341 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
295 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  25 
 
 
326 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  23.67 
 
 
347 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  24.19 
 
 
329 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  24.19 
 
 
329 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  28.91 
 
 
318 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
309 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  23.03 
 
 
329 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.56 
 
 
320 aa  57.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
303 aa  57.4  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  23.03 
 
 
329 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1218  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  23.81 
 
 
327 aa  57.4  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
320 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
309 aa  56.2  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.46 
 
 
296 aa  56.2  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.527248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
321 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
349 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000791042 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6351  hopanoid-associated sugar epimerase  24.55 
 
 
345 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5422  hopanoid-associated sugar epimerase  22.74 
 
 
328 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.969886  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 
306 aa  54.3  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>