More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1565 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1565  oligopeptide-binding protein, putative  100 
 
 
381 aa  778    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.306093  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  62.36 
 
 
576 aa  449  1e-125  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  61.58 
 
 
565 aa  451  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  51.52 
 
 
563 aa  378  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 
538 aa  355  7.999999999999999e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  51.92 
 
 
540 aa  336  3.9999999999999995e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  50.64 
 
 
538 aa  326  5e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  48.48 
 
 
546 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  49.35 
 
 
533 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  49.53 
 
 
539 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  48.16 
 
 
534 aa  312  6.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  49.04 
 
 
540 aa  311  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  40.51 
 
 
551 aa  237  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0094  extracellular solute-binding protein  36.99 
 
 
498 aa  211  2e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1902  extracellular solute-binding protein family 5  34.42 
 
 
501 aa  208  1e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  31.64 
 
 
553 aa  163  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  31.29 
 
 
559 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  33.8 
 
 
509 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  30.65 
 
 
524 aa  152  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  32.04 
 
 
495 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.67 
 
 
511 aa  147  3e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 
544 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 
526 aa  144  3e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  31 
 
 
502 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 
522 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  27.63 
 
 
520 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.71 
 
 
542 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 
555 aa  138  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
536 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 
522 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
534 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
529 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  31.21 
 
 
520 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  29.86 
 
 
524 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
535 aa  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  29.55 
 
 
529 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 
508 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
535 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.48 
 
 
511 aa  133  3.9999999999999996e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 
534 aa  133  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.31 
 
 
520 aa  132  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.09 
 
 
529 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  30.91 
 
 
534 aa  132  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2152  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 
527 aa  132  9e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  30.23 
 
 
516 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 
517 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.13 
 
 
529 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.09 
 
 
532 aa  131  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.83 
 
 
532 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  29.34 
 
 
529 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
544 aa  131  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  30.42 
 
 
528 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.95 
 
 
526 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.61 
 
 
528 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28.95 
 
 
526 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.61 
 
 
528 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28.95 
 
 
526 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28.95 
 
 
526 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28.75 
 
 
526 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  28.7 
 
 
544 aa  129  6e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  28.95 
 
 
535 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  28.95 
 
 
535 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.6 
 
 
529 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  28.95 
 
 
535 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.95 
 
 
535 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  31.55 
 
 
554 aa  129  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  28.95 
 
 
535 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.95 
 
 
535 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.95 
 
 
535 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
535 aa  129  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 
516 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.65 
 
 
535 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.49 
 
 
541 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3167  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  31.47 
 
 
542 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  29.65 
 
 
560 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  29.25 
 
 
518 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 
530 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.61 
 
 
528 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
528 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  28.7 
 
 
535 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 
532 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  27.47 
 
 
515 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 
522 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 
530 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  29.68 
 
 
505 aa  126  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  28.41 
 
 
544 aa  126  5e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.31 
 
 
528 aa  126  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0174  extracellular solute-binding protein  26.08 
 
 
536 aa  126  7e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  28.01 
 
 
528 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  28.01 
 
 
528 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0214  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.65 
 
 
536 aa  125  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.44 
 
 
534 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  27.63 
 
 
531 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.86 
 
 
510 aa  124  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
529 aa  125  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 
535 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
537 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  26.89 
 
 
532 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.53 
 
 
524 aa  124  4e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>