More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0311 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0311  alanine racemase  100 
 
 		 367 aa  754    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0176  alanine racemase  81.22 
 
 		 365 aa  584  1e-166  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0194  alanine racemase  81.49 
 
 		 365 aa  586  1e-166  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0193  alanine racemase  76.52 
 
 		 364 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.326654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0131  alanine racemase  75.27 
 
 		 365 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3562  alanine racemase  73.3 
 
 		 367 aa  552  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0253  alanine racemase  76.08 
 
 		 369 aa  548  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.501756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0229  alanine racemase  74.38 
 
 		 366 aa  539  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0488  alanine racemase  71.16 
 
 		 374 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4337  alanine racemase  71.7 
 
 		 371 aa  538  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0920  alanine racemase  69.21 
 
 		 377 aa  509  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  56.08 
 
 		 356 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2514  alanine racemase  56.08 
 
 		 356 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  56.08 
 
 		 356 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2603  alanine racemase  56.08 
 
 		 356 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.139768  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  56.08 
 
 		 356 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  56.08 
 
 		 356 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2007  alanine racemase  55.52 
 
 		 356 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.954073  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  56.08 
 
 		 356 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4504  alanine racemase  55.19 
 
 		 373 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.142172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2058  alanine racemase  54.42 
 
 		 356 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0773108  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  54.7 
 
 		 356 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1371  alanine racemase  55.26 
 
 		 375 aa  384  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0951593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1934  alanine racemase  54.45 
 
 		 373 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138349  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5348  alanine racemase  54.14 
 
 		 356 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1965  alanine racemase  53.55 
 
 		 373 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4288  alanine racemase  54.37 
 
 		 373 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6038  alanine racemase  54.42 
 
 		 356 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.629705  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3445  alanine racemase  54.37 
 
 		 373 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1940  alanine racemase  54.14 
 
 		 356 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466995  normal  0.712057 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2039  alanine racemase  54.42 
 
 		 356 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4078  alanine racemase  54.37 
 
 		 373 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2477  alanine racemase  55.25 
 
 		 356 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.000141057 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1310  alanine racemase  53.64 
 
 		 374 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1715  alanine racemase  54.22 
 
 		 374 aa  378  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2071  alanine racemase  53.87 
 
 		 356 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0961  alanine racemase  55.86 
 
 		 374 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.37153  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1359  alanine racemase  53.59 
 
 		 363 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.766963  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2745  alanine racemase  54.97 
 
 		 357 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000484932 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1660  alanine racemase  54.97 
 
 		 356 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377716  normal  0.0463479 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1047  alanine racemase  55.86 
 
 		 374 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1244  alanine racemase  53.37 
 
 		 374 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2286  alanine racemase  55.86 
 
 		 374 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3976  alanine racemase  54.37 
 
 		 373 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.087726  normal  0.384892 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1400  alanine racemase  53.24 
 
 		 368 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124508  normal  0.406393 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3490  alanine racemase  54.1 
 
 		 373 aa  371  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.541285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  52.34 
 
 		 356 aa  358  9e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  52.34 
 
 		 356 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  52.21 
 
 		 356 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  52.07 
 
 		 356 aa  354  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  52.07 
 
 		 356 aa  354  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  52.07 
 
 		 356 aa  354  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  52.07 
 
 		 356 aa  354  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  51.79 
 
 		 356 aa  353  2e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1940  alanine racemase  51.38 
 
 		 356 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2000  alanine racemase  51.1 
 
 		 356 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1516  alanine racemase  50.83 
 
 		 356 aa  349  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0732192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1331  alanine racemase  50.83 
 
 		 356 aa  348  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221405  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2362  alanine racemase  50 
 
 		 356 aa  347  2e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.166545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  50.55 
 
 		 356 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2530  alanine racemase region  52.73 
 
 		 366 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1986  alanine racemase region  51.69 
 
 		 370 aa  332  8e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  52.04 
 
 		 357 aa  325  8.000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  49.72 
 
 		 367 aa  325  1e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0923  alanine racemase  47.28 
 
 		 381 aa  322  5e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0919  alanine racemase  47.33 
 
 		 374 aa  322  5e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  49.17 
 
 		 357 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  44.9 
 
 		 358 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  44.2 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  46.56 
 
 		 361 aa  273  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  43.92 
 
 		 358 aa  271  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  46.09 
 
 		 362 aa  270  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  46.41 
 
 		 361 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  44.35 
 
 		 357 aa  269  5e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  44.23 
 
 		 365 aa  265  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  44.35 
 
 		 358 aa  265  8e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  45.45 
 
 		 357 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  45.08 
 
 		 364 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  42.18 
 
 		 358 aa  263  3e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  44.78 
 
 		 357 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  45.73 
 
 		 368 aa  263  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  44.63 
 
 		 358 aa  262  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  43.48 
 
 		 364 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  44.26 
 
 		 358 aa  260  3e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  41.78 
 
 		 366 aa  260  3e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  45.05 
 
 		 366 aa  259  5.0000000000000005e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  43.14 
 
 		 358 aa  259  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  42.47 
 
 		 365 aa  259  6e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  45.1 
 
 		 358 aa  259  7e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  41.39 
 
 		 375 aa  259  8e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  45.1 
 
 		 358 aa  258  9e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  45.1 
 
 		 358 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  43.72 
 
 		 361 aa  257  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  37.12 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  43.33 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0445  alanine racemase  44.26 
 
 		 355 aa  257  2e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  36.84 
 
 		 364 aa  255  8e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  40.38 
 
 		 356 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  44.54 
 
 		 358 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  43.77 
 
 		 357 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>