More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0229 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0229  alanine racemase  100 
 
 		 366 aa  748    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0193  alanine racemase  79.78 
 
 		 364 aa  589  1e-167  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.326654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0131  alanine racemase  77.96 
 
 		 365 aa  586  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0194  alanine racemase  78.96 
 
 		 365 aa  567  1e-160  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0176  alanine racemase  78.69 
 
 		 365 aa  567  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0311  alanine racemase  74.38 
 
 		 367 aa  554  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0488  alanine racemase  72.8 
 
 		 374 aa  550  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0253  alanine racemase  77.32 
 
 		 369 aa  548  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.501756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4337  alanine racemase  73.7 
 
 		 371 aa  545  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3562  alanine racemase  74.52 
 
 		 367 aa  541  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0920  alanine racemase  66.76 
 
 		 377 aa  492  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2007  alanine racemase  59.61 
 
 		 356 aa  425  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.954073  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2058  alanine racemase  58.77 
 
 		 356 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0773108  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1244  alanine racemase  61.16 
 
 		 374 aa  421  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  59.05 
 
 		 356 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  59.05 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1371  alanine racemase  60.06 
 
 		 375 aa  418  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0951593  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  59.05 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2603  alanine racemase  59.05 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.139768  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1940  alanine racemase  58.77 
 
 		 356 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466995  normal  0.712057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5348  alanine racemase  58.5 
 
 		 356 aa  418  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2514  alanine racemase  59.05 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  59.05 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6038  alanine racemase  58.77 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.629705  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  59.05 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2071  alanine racemase  58.77 
 
 		 356 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  59.05 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2039  alanine racemase  58.77 
 
 		 356 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1310  alanine racemase  60.27 
 
 		 374 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1934  alanine racemase  57.97 
 
 		 373 aa  414  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138349  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2477  alanine racemase  58.5 
 
 		 356 aa  411  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.000141057 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1400  alanine racemase  58.13 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124508  normal  0.406393 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1359  alanine racemase  57.66 
 
 		 363 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.766963  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1660  alanine racemase  58.06 
 
 		 356 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377716  normal  0.0463479 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4504  alanine racemase  57.89 
 
 		 373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.142172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3445  alanine racemase  57.22 
 
 		 373 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1965  alanine racemase  56.11 
 
 		 373 aa  394  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4288  alanine racemase  56.67 
 
 		 373 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4078  alanine racemase  56.67 
 
 		 373 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1715  alanine racemase  56.39 
 
 		 374 aa  392  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3976  alanine racemase  57.78 
 
 		 373 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.087726  normal  0.384892 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2745  alanine racemase  55.83 
 
 		 357 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000484932 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3490  alanine racemase  57.5 
 
 		 373 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.541285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1047  alanine racemase  55.83 
 
 		 374 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0961  alanine racemase  55.83 
 
 		 374 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.37153  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2286  alanine racemase  55.83 
 
 		 374 aa  378  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  53.2 
 
 		 356 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  52.92 
 
 		 356 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  53.2 
 
 		 356 aa  372  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  53.2 
 
 		 356 aa  373  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  53.2 
 
 		 356 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2000  alanine racemase  52.22 
 
 		 356 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  53.2 
 
 		 356 aa  373  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  53.2 
 
 		 356 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  53.2 
 
 		 356 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1516  alanine racemase  51.39 
 
 		 356 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0732192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1940  alanine racemase  51.67 
 
 		 356 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2362  alanine racemase  52.37 
 
 		 356 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.166545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  51.39 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1331  alanine racemase  51.67 
 
 		 356 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221405  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2530  alanine racemase region  52.91 
 
 		 366 aa  341  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1986  alanine racemase region  53.12 
 
 		 370 aa  340  2e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  50.84 
 
 		 367 aa  339  5e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0919  alanine racemase  48.52 
 
 		 374 aa  335  1e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  49.72 
 
 		 357 aa  332  9e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0923  alanine racemase  47.3 
 
 		 381 aa  323  3e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  50.97 
 
 		 357 aa  322  5e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  47.41 
 
 		 361 aa  291  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  45.08 
 
 		 365 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  45 
 
 		 357 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  44.54 
 
 		 362 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  45.15 
 
 		 357 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  46.24 
 
 		 361 aa  284  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  45.83 
 
 		 357 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  44.72 
 
 		 357 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  45 
 
 		 357 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  44.35 
 
 		 357 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  46.01 
 
 		 364 aa  278  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  45.07 
 
 		 358 aa  277  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  45.28 
 
 		 365 aa  276  4e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  45.28 
 
 		 357 aa  275  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  45.28 
 
 		 358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  44.17 
 
 		 358 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  44.23 
 
 		 358 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  45.75 
 
 		 361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  43.66 
 
 		 358 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  45.35 
 
 		 358 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0224  alanine racemase region  45.38 
 
 		 356 aa  271  1e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  45.56 
 
 		 368 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  45.35 
 
 		 358 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  45.63 
 
 		 358 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  44.88 
 
 		 364 aa  270  4e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  45.63 
 
 		 358 aa  269  5e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  43.94 
 
 		 358 aa  269  5e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  43.85 
 
 		 367 aa  269  5e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  45.63 
 
 		 358 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  45.35 
 
 		 358 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  36.29 
 
 		 364 aa  269  7e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  44.17 
 
 		 378 aa  268  8e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  43.06 
 
 		 366 aa  268  8e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>