More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0920 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0920  alanine racemase  100 
 
 		 377 aa  764    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3562  alanine racemase  71.16 
 
 		 367 aa  528  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0176  alanine racemase  71.85 
 
 		 365 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0194  alanine racemase  71.58 
 
 		 365 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0131  alanine racemase  68.01 
 
 		 365 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0311  alanine racemase  69.21 
 
 		 367 aa  509  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0193  alanine racemase  66.67 
 
 		 364 aa  504  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.326654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4337  alanine racemase  68.36 
 
 		 371 aa  500  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0253  alanine racemase  68.88 
 
 		 369 aa  499  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.501756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0488  alanine racemase  66.49 
 
 		 374 aa  495  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0229  alanine racemase  66.76 
 
 		 366 aa  478  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1371  alanine racemase  59.41 
 
 		 375 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0951593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1244  alanine racemase  58.87 
 
 		 374 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1310  alanine racemase  58.6 
 
 		 374 aa  411  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1934  alanine racemase  57.49 
 
 		 373 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138349  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  54.3 
 
 		 356 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2058  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0773108  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5348  alanine racemase  54.84 
 
 		 356 aa  395  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6038  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.629705  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2039  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2603  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.139768  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1715  alanine racemase  56.99 
 
 		 374 aa  392  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2007  alanine racemase  54.3 
 
 		 356 aa  392  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.954073  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2514  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1940  alanine racemase  54.3 
 
 		 356 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466995  normal  0.712057 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2071  alanine racemase  54.3 
 
 		 356 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  54.57 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4504  alanine racemase  55.8 
 
 		 373 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.142172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1400  alanine racemase  55.35 
 
 		 368 aa  388  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124508  normal  0.406393 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2286  alanine racemase  57.41 
 
 		 374 aa  381  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0961  alanine racemase  57.41 
 
 		 374 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.37153  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1047  alanine racemase  57.41 
 
 		 374 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1965  alanine racemase  53.91 
 
 		 373 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3445  alanine racemase  54.45 
 
 		 373 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4288  alanine racemase  54.45 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4078  alanine racemase  54.45 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2477  alanine racemase  54.03 
 
 		 356 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.000141057 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1359  alanine racemase  52.42 
 
 		 363 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.766963  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1660  alanine racemase  53.49 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377716  normal  0.0463479 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3490  alanine racemase  55.26 
 
 		 373 aa  368  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.541285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3976  alanine racemase  55.26 
 
 		 373 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.087726  normal  0.384892 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  52.3 
 
 		 356 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  52.3 
 
 		 356 aa  360  2e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  52.3 
 
 		 356 aa  360  2e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  52.3 
 
 		 356 aa  360  2e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  52.3 
 
 		 356 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  52.03 
 
 		 356 aa  360  3e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  52.3 
 
 		 356 aa  360  3e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  52.3 
 
 		 356 aa  359  5e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  53.49 
 
 		 367 aa  349  3e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2362  alanine racemase  50.95 
 
 		 356 aa  350  3e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.166545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2000  alanine racemase  50.54 
 
 		 356 aa  348  9e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1940  alanine racemase  50.27 
 
 		 356 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1331  alanine racemase  50 
 
 		 356 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221405  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1516  alanine racemase  49.73 
 
 		 356 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0732192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2745  alanine racemase  50.27 
 
 		 357 aa  344  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000484932 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  49.73 
 
 		 356 aa  342  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2530  alanine racemase region  53.01 
 
 		 366 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  53.26 
 
 		 357 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1986  alanine racemase region  52.34 
 
 		 370 aa  324  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  50.13 
 
 		 357 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0919  alanine racemase  45.95 
 
 		 374 aa  299  4e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0923  alanine racemase  45.89 
 
 		 381 aa  293  3e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  47.99 
 
 		 361 aa  291  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  46.07 
 
 		 358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  46.34 
 
 		 362 aa  278  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  47.01 
 
 		 357 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  44.69 
 
 		 366 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  47.01 
 
 		 357 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  45.5 
 
 		 357 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  46.88 
 
 		 361 aa  272  6e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  46.47 
 
 		 357 aa  271  9e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  46.76 
 
 		 368 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  46.22 
 
 		 357 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  45.78 
 
 		 365 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  45.23 
 
 		 357 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  45.41 
 
 		 358 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  44.69 
 
 		 357 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  41.14 
 
 		 356 aa  263  4e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0445  alanine racemase  43.96 
 
 		 355 aa  262  8e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  45.41 
 
 		 358 aa  259  8e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  43.05 
 
 		 369 aa  259  8e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  43.05 
 
 		 362 aa  258  8e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  44.3 
 
 		 364 aa  258  1e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  44.23 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  44.59 
 
 		 361 aa  256  6e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  44.2 
 
 		 358 aa  255  9e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  38.25 
 
 		 364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  37.98 
 
 		 364 aa  251  1e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  44.2 
 
 		 358 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  44.17 
 
 		 364 aa  251  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  43.09 
 
 		 358 aa  249  4e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  43.24 
 
 		 365 aa  249  4e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  43.87 
 
 		 358 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  42.98 
 
 		 358 aa  249  6e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1930  alanine racemase  44.03 
 
 		 367 aa  248  9e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>