More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0020 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0020  RelA/SpoT domain-containing protein  100 
 
 
313 aa  643    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000113301  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2268  RelA/SpoT domain protein  48.73 
 
 
204 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2232  RelA/SpoT domain protein  49.02 
 
 
271 aa  211  1e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231688  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4155  RelA/SpoT domain protein  45.88 
 
 
250 aa  208  8e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26220  hypothetical protein  48.98 
 
 
277 aa  206  5e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.266384  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2670  RelA/SpoT domain protein  47.5 
 
 
261 aa  205  9e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0358  RelA/SpoT domain protein  49.5 
 
 
249 aa  204  2e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.951774 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19730  hypothetical protein  47.42 
 
 
274 aa  204  2e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.353264  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1201  RelA/SpoT domain protein  45.75 
 
 
239 aa  203  3e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2189  RelA/SpoT domain-containing protein  43.68 
 
 
223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4464  hypothetical protein  47.92 
 
 
216 aa  195  9e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4425  hypothetical protein  47.4 
 
 
216 aa  194  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.168172  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4476  hypothetical protein  47.4 
 
 
216 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4242  hypothetical protein  47.4 
 
 
216 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4080  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  47.4 
 
 
216 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000763047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4091  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  47.4 
 
 
216 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.068396  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4572  hypothetical protein  47.4 
 
 
216 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4424  hypothetical protein  47.4 
 
 
216 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3227  RelA/SpoT domain protein  46.24 
 
 
230 aa  194  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000011111  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0274  RelA/SpoT domain-containing protein  40.93 
 
 
247 aa  193  3e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3068  RelA/SpoT domain-containing protein  46.35 
 
 
216 aa  192  5e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00277966  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4192  RelA/SpoT domain-containing protein  46.35 
 
 
216 aa  192  8e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0773  hypothetical protein  46.88 
 
 
216 aa  191  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.315657  normal  0.820863 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22200  hypothetical protein  44.68 
 
 
290 aa  188  1e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1091  RelA/SpoT domain protein  42 
 
 
269 aa  178  8e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2357  RelA/SpoT domain protein  44.62 
 
 
229 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.282903  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14230  hypothetical protein  43.39 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00309565  decreased coverage  0.00445138 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2065  hypothetical protein  42.79 
 
 
233 aa  172  5e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0383837  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2584  RelA/SpoT domain-containing protein  45.45 
 
 
230 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0720868  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2532  RelA/SpoT domain-containing protein  45.45 
 
 
230 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00175026  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0219  RelA/SpoT domain protein  44.13 
 
 
247 aa  171  2e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.380399  normal  0.748284 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0944  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  42.86 
 
 
224 aa  170  3e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00002331  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0275  hypothetical protein  40.2 
 
 
246 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00334337  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0572  RelA/SpoT domain-containing protein  40.82 
 
 
217 aa  162  8.000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000868379  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0635  relA/spoT family protein  41.03 
 
 
263 aa  160  4e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000118611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0621  relA/spoT family protein  41.03 
 
 
263 aa  160  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000073544  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1354  RelA_SpoT domain-containing protein  39.49 
 
 
208 aa  157  3e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  7.69337e-16  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2793  RelA/SpoT domain-containing protein  41.15 
 
 
267 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000763425  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1423  RelA_SpoT domain-containing protein  37.76 
 
 
224 aa  146  6e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.191606  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1023  RelA/SpoT domain-containing protein  36.6 
 
 
211 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000177866  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1004  RelA/SpoT domain-containing protein  36.6 
 
 
211 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00135131  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1329  GTP pyrophosphokinase family protein  40.11 
 
 
208 aa  143  4e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000157341  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1095  GTP pyrophosphokinase family protein  34.68 
 
 
223 aa  143  5e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0406163  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1253  hypothetical protein  35.23 
 
 
212 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1108  RelA/SpoT domain-containing protein  35.75 
 
 
212 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1320  hypothetical protein  35.23 
 
 
212 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1119  hypothetical protein  35.23 
 
 
212 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00142232  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1101  GTP pyrophosphokinase  35.23 
 
 
215 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1095  GTP pyrophosphokinase  35.23 
 
 
212 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000691421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1282  hypothetical protein  35.23 
 
 
212 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4088  hypothetical protein  35.23 
 
 
212 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1212  hypothetical protein  35.23 
 
 
212 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1358  hypothetical protein  35.23 
 
 
212 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1630  RelA/SpoT domain protein  35.75 
 
 
212 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0775  RelA/SpoT domain protein  35.71 
 
 
210 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0914  RelA/SpoT domain-containing protein  34.69 
 
 
212 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0709  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  42.11 
 
 
203 aa  136  6.0000000000000005e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000232311  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0586  GTP pyrophosphokinase  36.6 
 
 
211 aa  133  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.411045  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0408  RelA_SpoT domain-containing protein  35.23 
 
 
226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000250379  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0678  RelA_SpoT domain-containing protein  32.62 
 
 
191 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.272794  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23940  hypothetical protein  33.5 
 
 
221 aa  122  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00231271  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1428  RelA/SpoT  28.66 
 
 
362 aa  80.9  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.228493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4146  RelA/SpoT domain-containing protein  28.48 
 
 
337 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0405555  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1420  RelA/SpoT domain protein  26.38 
 
 
381 aa  62.8  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.39446e-22 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1612  RelA/SpoT domain-containing protein  26.95 
 
 
577 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1670  RelA/SpoT family protein  32.41 
 
 
705 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443961  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0303  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.41 
 
 
705 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.480433  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2576  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  31.48 
 
 
705 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0223055 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5146  RelA/SpoT domain-containing protein  27.11 
 
 
574 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1856  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  28.08 
 
 
715 aa  59.3  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.709628  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3258  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.85 
 
 
720 aa  58.5  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  29.63 
 
 
736 aa  58.2  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0223153 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0381  hypothetical protein  29.17 
 
 
373 aa  57  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0160658  normal  0.52247 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2677  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.51 
 
 
700 aa  56.6  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.525072  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1711  RelA/SpoT domain-containing protein  29.93 
 
 
388 aa  56.2  0.0000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000626045  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1800  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  25.64 
 
 
723 aa  55.8  0.0000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3097  GDP/GTP pyrophosphokinase  32.52 
 
 
744 aa  55.8  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000040075  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3115  GDP/GTP pyrophosphokinase  32.52 
 
 
744 aa  55.8  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0106723  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3162  GDP/GTP pyrophosphokinase  32.52 
 
 
744 aa  55.8  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3877  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.37 
 
 
742 aa  55.5  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.296182 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3236  GDP/GTP pyrophosphokinase  33.33 
 
 
743 aa  55.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000465507  normal  0.0411901 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0731  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  29.23 
 
 
769 aa  55.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.583794 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3178  GDP/GTP pyrophosphokinase  32.52 
 
 
744 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00141228  normal  0.185279 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3276  GDP/GTP pyrophosphokinase  32.52 
 
 
744 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00140611  normal  0.0304818 
 
 
-
 
NC_004310  BR0652  RelA/SpoT family protein  27 
 
 
750 aa  54.7  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3586  RelA/SpoT domain protein  27.78 
 
 
366 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000408505  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2070  RelA / SpoT domain protein  25.56 
 
 
329 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000115922  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0645  GTP pyrophosphokinase (ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase)(ppGpp synthetase I) ((P)ppGpp synthetase)  27 
 
 
750 aa  54.7  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.902062  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2445  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.57 
 
 
737 aa  54.7  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02364  guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase ((ppGpp)ase)  25.97 
 
 
712 aa  54.7  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2442  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.33 
 
 
730 aa  54.3  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.224797 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1874  GTP diphosphokinase  27.61 
 
 
723 aa  53.9  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.730931  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0514  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  30.56 
 
 
722 aa  54.3  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0946  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.8 
 
 
745 aa  54.3  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926545  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0468  GTP pyrophosphokinase  29.11 
 
 
742 aa  54.3  0.000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.135158  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0199  guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase ((ppGpp)ase)  34.01 
 
 
667 aa  53.9  0.000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0376  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  29.41 
 
 
743 aa  53.9  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.860733  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1033  GTP diphosphokinase  33.58 
 
 
734 aa  53.5  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1400  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  31.48 
 
 
705 aa  53.9  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.118949 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2518  GTP pyrophosphokinase  30.94 
 
 
745 aa  53.1  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.326663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>