More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2065 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP2065  hypothetical protein  100 
 
 
233 aa  480  1e-134  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0383837  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2532  RelA/SpoT domain-containing protein  79.48 
 
 
230 aa  390  1e-107  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00175026  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2584  RelA/SpoT domain-containing protein  79.48 
 
 
230 aa  390  1e-107  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0720868  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3227  RelA/SpoT domain protein  58.55 
 
 
230 aa  238  5e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000011111  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2357  RelA/SpoT domain protein  47.6 
 
 
229 aa  234  9e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.282903  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0275  hypothetical protein  50.25 
 
 
246 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00334337  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1091  RelA/SpoT domain protein  48.98 
 
 
269 aa  218  7.999999999999999e-56  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0219  RelA/SpoT domain protein  40.45 
 
 
247 aa  178  8e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.380399  normal  0.748284 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26220  hypothetical protein  44.97 
 
 
277 aa  174  9e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.266384  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0020  RelA/SpoT domain-containing protein  42.79 
 
 
313 aa  172  2.9999999999999996e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000113301  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2268  RelA/SpoT domain protein  43.75 
 
 
204 aa  172  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19730  hypothetical protein  40.96 
 
 
274 aa  170  2e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.353264  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2232  RelA/SpoT domain protein  42.16 
 
 
271 aa  164  6.9999999999999995e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231688  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2189  RelA/SpoT domain-containing protein  41.18 
 
 
223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1201  RelA/SpoT domain protein  42.47 
 
 
239 aa  162  6e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14230  hypothetical protein  42.33 
 
 
256 aa  162  6e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00309565  decreased coverage  0.00445138 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2670  RelA/SpoT domain protein  42.16 
 
 
261 aa  160  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4155  RelA/SpoT domain protein  41.62 
 
 
250 aa  159  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0274  RelA/SpoT domain-containing protein  41.71 
 
 
247 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0358  RelA/SpoT domain protein  41.76 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.951774 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0944  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  40.66 
 
 
224 aa  145  7.0000000000000006e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00002331  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4464  hypothetical protein  37.04 
 
 
216 aa  144  9e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4425  hypothetical protein  36.51 
 
 
216 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.168172  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4080  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  36.51 
 
 
216 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000763047  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4424  hypothetical protein  36.51 
 
 
216 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4476  hypothetical protein  36.51 
 
 
216 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4242  hypothetical protein  36.51 
 
 
216 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4091  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  36.51 
 
 
216 aa  143  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.068396  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4572  hypothetical protein  36.51 
 
 
216 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22200  hypothetical protein  34.55 
 
 
290 aa  143  2e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0773  hypothetical protein  36.51 
 
 
216 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.315657  normal  0.820863 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3068  RelA/SpoT domain-containing protein  36.51 
 
 
216 aa  142  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00277966  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4192  RelA/SpoT domain-containing protein  35.45 
 
 
216 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0572  RelA/SpoT domain-containing protein  34.05 
 
 
217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000868379  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1095  GTP pyrophosphokinase family protein  34.05 
 
 
223 aa  118  7.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0406163  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0709  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  37.91 
 
 
203 aa  117  9.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000232311  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1329  GTP pyrophosphokinase family protein  34.74 
 
 
208 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000157341  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0914  RelA/SpoT domain-containing protein  32.63 
 
 
212 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1354  RelA_SpoT domain-containing protein  31.58 
 
 
208 aa  115  6e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  7.69337e-16  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1004  RelA/SpoT domain-containing protein  31.05 
 
 
211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00135131  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1023  RelA/SpoT domain-containing protein  31.05 
 
 
211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000177866  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1282  hypothetical protein  32.11 
 
 
212 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1320  hypothetical protein  32.11 
 
 
212 aa  113  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1119  hypothetical protein  32.11 
 
 
212 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00142232  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1101  GTP pyrophosphokinase  32.11 
 
 
215 aa  113  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1095  GTP pyrophosphokinase  32.11 
 
 
212 aa  113  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000691421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1253  hypothetical protein  32.11 
 
 
212 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1358  hypothetical protein  32.11 
 
 
212 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1212  hypothetical protein  32.11 
 
 
212 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1630  RelA/SpoT domain protein  32.97 
 
 
212 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0635  relA/spoT family protein  31.22 
 
 
263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000118611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0621  relA/spoT family protein  31.22 
 
 
263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000073544  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4088  hypothetical protein  32.11 
 
 
212 aa  112  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23940  hypothetical protein  32.8 
 
 
221 aa  112  6e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00231271  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1108  RelA/SpoT domain-containing protein  32.11 
 
 
212 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0775  RelA/SpoT domain protein  32.43 
 
 
210 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1423  RelA_SpoT domain-containing protein  32.43 
 
 
224 aa  110  3e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.191606  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0408  RelA_SpoT domain-containing protein  30.11 
 
 
226 aa  107  1e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000250379  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2793  RelA/SpoT domain-containing protein  30.81 
 
 
267 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000763425  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0586  GTP pyrophosphokinase  32.11 
 
 
211 aa  106  3e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.411045  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0678  RelA_SpoT domain-containing protein  27.75 
 
 
191 aa  97.1  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.272794  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4146  RelA/SpoT domain-containing protein  30 
 
 
337 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0405555  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1711  RelA/SpoT domain-containing protein  36.08 
 
 
388 aa  64.7  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000626045  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2888  RelA/SpoT domain protein  31.58 
 
 
362 aa  63.2  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.5584100000000003e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1399  RelA/SpoT domain protein  32.33 
 
 
365 aa  62.8  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000071471  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1885  RelA/SpoT domain protein  27.6 
 
 
356 aa  62  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2062  RelA/SpoT domain-containing protein  30.41 
 
 
356 aa  61.2  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.123268  normal  0.165983 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1455  RelA/SpoT domain-containing protein  32.59 
 
 
359 aa  61.6  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000111353  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0070  RelA/SpoT domain protein  28.81 
 
 
570 aa  60.5  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.552819  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0363  bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  32.28 
 
 
702 aa  58.5  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1257  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  37.72 
 
 
746 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648227  normal  0.0100627 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4062  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  37.72 
 
 
746 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733474  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1656  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  37.72 
 
 
746 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.764333  normal  0.672411 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3586  RelA/SpoT domain protein  32.61 
 
 
366 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000408505  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1217  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  37.72 
 
 
746 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.212214  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2489  RelA/SpoT domain-containing protein  31.65 
 
 
359 aa  57  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.79403  normal  0.101918 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1612  RelA/SpoT domain-containing protein  26.32 
 
 
577 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1428  RelA/SpoT  30.71 
 
 
362 aa  56.2  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.228493 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0910  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.1 
 
 
726 aa  55.8  0.0000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.746196  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4217  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  36.84 
 
 
747 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.630753  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1462  GTP pyrophosphokinase  32.73 
 
 
714 aa  56.2  0.0000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00122903  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0199  hypothetical protein  29.52 
 
 
349 aa  55.5  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.3269600000000002e-32  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3432  hypothetical protein  27.23 
 
 
341 aa  55.8  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000798174  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1533  RelA/SpoT family protein  31.82 
 
 
714 aa  55.5  0.0000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000577209  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  35.4 
 
 
733 aa  55.5  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3435  bifunctional (p)ppGpp synthetase II/ guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  32 
 
 
701 aa  55.1  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.821771  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4576  GTP pyrophosphokinase  35.96 
 
 
747 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1408  RelA/SpoT family protein  29.63 
 
 
731 aa  54.7  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.618287  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1288  RelA/SpoT family protein  29.63 
 
 
723 aa  54.7  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000178094  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1212  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  31.78 
 
 
716 aa  54.7  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1146  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  36.27 
 
 
717 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144176  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12840  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  30.83 
 
 
759 aa  54.7  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00420725  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52180  GTP pyrophosphokinase  35.96 
 
 
747 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00224344  normal  0.0200902 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0453  RelA/SpoT family protein  29.63 
 
 
723 aa  54.7  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000671385  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2058  RelA/SpoT domain-containing protein  25.24 
 
 
542 aa  55.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.25764  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1735  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  35.96 
 
 
747 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0856  hypothetical protein  27.1 
 
 
272 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.877348  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2071  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  35.19 
 
 
751 aa  53.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000208286  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4386  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.64 
 
 
705 aa  53.9  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1281  GTP pyrophosphokinase (ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase)(ppGpp synthetase I) ((P)ppGpp synthetase)  26.47 
 
 
728 aa  53.5  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>