244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2189 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_2189  RelA/SpoT domain-containing protein  100 
 
 
223 aa  455  1e-127  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4155  RelA/SpoT domain protein  54.95 
 
 
250 aa  244  9e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2670  RelA/SpoT domain protein  56.12 
 
 
261 aa  235  5.0000000000000005e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0274  RelA/SpoT domain-containing protein  60 
 
 
247 aa  219  1.9999999999999999e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26220  hypothetical protein  54.26 
 
 
277 aa  217  1e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.266384  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1201  RelA/SpoT domain protein  55.79 
 
 
239 aa  215  5e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19730  hypothetical protein  54.3 
 
 
274 aa  214  9.999999999999999e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.353264  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22200  hypothetical protein  55.08 
 
 
290 aa  213  1.9999999999999998e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2232  RelA/SpoT domain protein  54.69 
 
 
271 aa  212  3.9999999999999995e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231688  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0358  RelA/SpoT domain protein  54.87 
 
 
249 aa  210  2e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.951774 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2268  RelA/SpoT domain protein  52.38 
 
 
204 aa  201  8e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0020  RelA/SpoT domain-containing protein  43.68 
 
 
313 aa  199  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000113301  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14230  hypothetical protein  50 
 
 
256 aa  190  1e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00309565  decreased coverage  0.00445138 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3068  RelA/SpoT domain-containing protein  42.02 
 
 
216 aa  185  5e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00277966  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3227  RelA/SpoT domain protein  44.04 
 
 
230 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000011111  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4192  RelA/SpoT domain-containing protein  41.49 
 
 
216 aa  180  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4425  hypothetical protein  40.96 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.168172  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4242  hypothetical protein  40.96 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4091  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  40.96 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.068396  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4572  hypothetical protein  40.96 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4476  hypothetical protein  40.96 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4080  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  40.96 
 
 
216 aa  179  4e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000763047  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4424  hypothetical protein  40.96 
 
 
216 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4464  hypothetical protein  40.96 
 
 
216 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0773  hypothetical protein  40.96 
 
 
216 aa  177  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.315657  normal  0.820863 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2357  RelA/SpoT domain protein  44.75 
 
 
229 aa  169  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.282903  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0275  hypothetical protein  41.29 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00334337  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2065  hypothetical protein  41.18 
 
 
233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0383837  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1091  RelA/SpoT domain protein  48.05 
 
 
269 aa  161  6e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2532  RelA/SpoT domain-containing protein  40.11 
 
 
230 aa  161  7e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00175026  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2584  RelA/SpoT domain-containing protein  40.11 
 
 
230 aa  161  7e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0720868  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0219  RelA/SpoT domain protein  47.4 
 
 
247 aa  159  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.380399  normal  0.748284 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0944  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  41.53 
 
 
224 aa  142  5e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00002331  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1354  RelA_SpoT domain-containing protein  36.36 
 
 
208 aa  141  8e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  7.69337e-16  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0914  RelA/SpoT domain-containing protein  37.7 
 
 
212 aa  138  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0635  relA/spoT family protein  30.88 
 
 
263 aa  136  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000118611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0621  relA/spoT family protein  30.88 
 
 
263 aa  136  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000073544  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0775  RelA/SpoT domain protein  37.17 
 
 
210 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2793  RelA/SpoT domain-containing protein  33.97 
 
 
267 aa  135  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000763425  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4088  hypothetical protein  36.65 
 
 
212 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1358  hypothetical protein  36.65 
 
 
212 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1320  hypothetical protein  36.65 
 
 
212 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1119  hypothetical protein  36.65 
 
 
212 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00142232  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1101  GTP pyrophosphokinase  36.65 
 
 
215 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1095  GTP pyrophosphokinase  36.65 
 
 
212 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000691421  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0572  RelA/SpoT domain-containing protein  36.7 
 
 
217 aa  135  7.000000000000001e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000868379  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1212  hypothetical protein  36.65 
 
 
212 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1253  hypothetical protein  36.65 
 
 
212 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1282  hypothetical protein  36.65 
 
 
212 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1630  RelA/SpoT domain protein  36.13 
 
 
212 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1108  RelA/SpoT domain-containing protein  36.13 
 
 
212 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1004  RelA/SpoT domain-containing protein  36.13 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00135131  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1023  RelA/SpoT domain-containing protein  36.13 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000177866  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0408  RelA_SpoT domain-containing protein  39.63 
 
 
226 aa  127  9.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000250379  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0586  GTP pyrophosphokinase  36.65 
 
 
211 aa  123  2e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.411045  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1423  RelA_SpoT domain-containing protein  34.76 
 
 
224 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.191606  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1095  GTP pyrophosphokinase family protein  35.83 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0406163  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1329  GTP pyrophosphokinase family protein  34.86 
 
 
208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000157341  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0709  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  35.67 
 
 
203 aa  103  1e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000232311  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23940  hypothetical protein  33.49 
 
 
221 aa  100  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00231271  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0678  RelA_SpoT domain-containing protein  31.43 
 
 
191 aa  98.6  6e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.272794  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4146  RelA/SpoT domain-containing protein  29.44 
 
 
337 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0405555  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1885  RelA/SpoT domain protein  31.29 
 
 
356 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2062  RelA/SpoT domain-containing protein  30.11 
 
 
356 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.123268  normal  0.165983 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2888  RelA/SpoT domain protein  28.49 
 
 
362 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.5584100000000003e-34 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2489  RelA/SpoT domain-containing protein  30 
 
 
359 aa  63.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.79403  normal  0.101918 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1428  RelA/SpoT  31.21 
 
 
362 aa  62.4  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.228493 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1711  RelA/SpoT domain-containing protein  36.96 
 
 
388 aa  61.6  0.000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000626045  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1455  RelA/SpoT domain-containing protein  28.15 
 
 
359 aa  58.5  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000111353  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1399  RelA/SpoT domain protein  27.33 
 
 
365 aa  58.2  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000071471  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3586  RelA/SpoT domain protein  26.35 
 
 
366 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000408505  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0070  RelA/SpoT domain protein  29.87 
 
 
570 aa  56.6  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.552819  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1420  RelA/SpoT domain protein  28.67 
 
 
381 aa  55.5  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.39446e-22 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3432  hypothetical protein  29.13 
 
 
341 aa  54.7  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000798174  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1612  RelA/SpoT domain-containing protein  32.54 
 
 
577 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2058  RelA/SpoT domain-containing protein  28.76 
 
 
542 aa  53.9  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.25764  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5146  RelA/SpoT domain-containing protein  32.12 
 
 
574 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3877  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.06 
 
 
742 aa  51.6  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.296182 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2647  RelA/SpoT family protein  32.5 
 
 
762 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0342541  normal  0.0156101 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2071  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  36.73 
 
 
751 aa  50.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000208286  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3236  GDP/GTP pyrophosphokinase  27.89 
 
 
743 aa  50.8  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000465507  normal  0.0411901 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1670  RelA/SpoT family protein  33.33 
 
 
705 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443961  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2608  (p)ppGpp synthetase I  33.58 
 
 
761 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0347856  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0303  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.33 
 
 
705 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.480433  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34045  predicted protein  29.69 
 
 
505 aa  48.9  0.00007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.790257 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2576  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.14 
 
 
705 aa  48.5  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0223055 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3178  GDP/GTP pyrophosphokinase  27.7 
 
 
744 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00141228  normal  0.185279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2968  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  30.38 
 
 
760 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2255  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  30.66 
 
 
769 aa  48.1  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.3559  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3276  GDP/GTP pyrophosphokinase  27.7 
 
 
744 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00140611  normal  0.0304818 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3115  GDP/GTP pyrophosphokinase  27.7 
 
 
744 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0106723  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3097  GDP/GTP pyrophosphokinase  27.7 
 
 
744 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000040075  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3162  GDP/GTP pyrophosphokinase  27.7 
 
 
744 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3088  GDP/GTP pyrophosphokinase  27.7 
 
 
744 aa  47  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000221392  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2928  GDP/GTP pyrophosphokinase  27.7 
 
 
744 aa  47  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000188713  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02591  hypothetical protein  27.7 
 
 
744 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000104096  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2868  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.71 
 
 
719 aa  47  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.706713  normal  0.0333863 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4044  GDP/GTP pyrophosphokinase  27.7 
 
 
744 aa  47  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000409177  normal  0.332873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4687  GTP pyrophosphokinase  29.11 
 
 
729 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.167199 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2518  GTP pyrophosphokinase  26.76 
 
 
745 aa  47.4  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.326663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>