More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1354 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_1354  RelA_SpoT domain-containing protein  100 
 
 
208 aa  430  1e-120  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  7.69337e-16  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0572  RelA/SpoT domain-containing protein  66.83 
 
 
217 aa  300  1e-80  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000868379  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0775  RelA/SpoT domain protein  61.76 
 
 
210 aa  261  4e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1630  RelA/SpoT domain protein  62.02 
 
 
212 aa  260  8.999999999999999e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0635  relA/spoT family protein  61.5 
 
 
263 aa  258  6e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000118611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0621  relA/spoT family protein  61.5 
 
 
263 aa  258  6e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000073544  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1108  RelA/SpoT domain-containing protein  58.62 
 
 
212 aa  254  6e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4088  hypothetical protein  58.13 
 
 
212 aa  253  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0914  RelA/SpoT domain-containing protein  58.71 
 
 
212 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1095  GTP pyrophosphokinase family protein  59.09 
 
 
223 aa  253  2.0000000000000002e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0406163  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1423  RelA_SpoT domain-containing protein  59.6 
 
 
224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.191606  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1101  GTP pyrophosphokinase  57.64 
 
 
215 aa  252  3e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1320  hypothetical protein  57.64 
 
 
212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1004  RelA/SpoT domain-containing protein  59.22 
 
 
211 aa  251  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00135131  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1253  hypothetical protein  57.64 
 
 
212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1119  hypothetical protein  57.64 
 
 
212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00142232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1095  GTP pyrophosphokinase  57.64 
 
 
212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000691421  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1358  hypothetical protein  57.64 
 
 
212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1212  hypothetical protein  57.64 
 
 
212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1023  RelA/SpoT domain-containing protein  59.22 
 
 
211 aa  251  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000177866  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1282  hypothetical protein  57.64 
 
 
212 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0586  GTP pyrophosphokinase  61.24 
 
 
211 aa  245  3e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.411045  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0408  RelA_SpoT domain-containing protein  53.14 
 
 
226 aa  229  2e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000250379  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0678  RelA_SpoT domain-containing protein  57.98 
 
 
191 aa  229  2e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.272794  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2793  RelA/SpoT domain-containing protein  54.55 
 
 
267 aa  222  3e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000763425  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4242  hypothetical protein  42.35 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4091  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  42.35 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.068396  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4572  hypothetical protein  42.35 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4080  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  42.35 
 
 
216 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000763047  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4424  hypothetical protein  42.35 
 
 
216 aa  171  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4425  hypothetical protein  42.35 
 
 
216 aa  171  9e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.168172  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0773  hypothetical protein  42.86 
 
 
216 aa  171  9e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.315657  normal  0.820863 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4476  hypothetical protein  42.35 
 
 
216 aa  171  9e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4464  hypothetical protein  42.86 
 
 
216 aa  170  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1201  RelA/SpoT domain protein  43.46 
 
 
239 aa  170  1e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3068  RelA/SpoT domain-containing protein  42.35 
 
 
216 aa  170  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00277966  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4155  RelA/SpoT domain protein  40.51 
 
 
250 aa  165  2.9999999999999998e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4192  RelA/SpoT domain-containing protein  40.82 
 
 
216 aa  165  4e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2670  RelA/SpoT domain protein  41.38 
 
 
261 aa  165  5e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0274  RelA/SpoT domain-containing protein  39.7 
 
 
247 aa  164  5.9999999999999996e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14230  hypothetical protein  38.95 
 
 
256 aa  159  3e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00309565  decreased coverage  0.00445138 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0358  RelA/SpoT domain protein  43.01 
 
 
249 aa  158  5e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.951774 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2232  RelA/SpoT domain protein  41.33 
 
 
271 aa  157  8e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231688  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0020  RelA/SpoT domain-containing protein  39.49 
 
 
313 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000113301  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22200  hypothetical protein  38.78 
 
 
290 aa  151  5e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2268  RelA/SpoT domain protein  38.54 
 
 
204 aa  148  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19730  hypothetical protein  38.5 
 
 
274 aa  145  4.0000000000000006e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.353264  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3227  RelA/SpoT domain protein  37.37 
 
 
230 aa  142  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000011111  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26220  hypothetical protein  37.57 
 
 
277 aa  141  6e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.266384  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2189  RelA/SpoT domain-containing protein  36.36 
 
 
223 aa  141  7e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0944  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  37.02 
 
 
224 aa  137  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00002331  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1091  RelA/SpoT domain protein  35.57 
 
 
269 aa  129  2.0000000000000002e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0219  RelA/SpoT domain protein  38.41 
 
 
247 aa  126  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.380399  normal  0.748284 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0709  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  38.18 
 
 
203 aa  125  6e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000232311  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2532  RelA/SpoT domain-containing protein  34.76 
 
 
230 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00175026  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2584  RelA/SpoT domain-containing protein  34.76 
 
 
230 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0720868  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1329  GTP pyrophosphokinase family protein  36.75 
 
 
208 aa  119  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000157341  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0275  hypothetical protein  33.51 
 
 
246 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00334337  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2357  RelA/SpoT domain protein  32.98 
 
 
229 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.282903  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2065  hypothetical protein  31.58 
 
 
233 aa  115  5e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0383837  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23940  hypothetical protein  30.41 
 
 
221 aa  102  5e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00231271  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4146  RelA/SpoT domain-containing protein  32.69 
 
 
337 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0405555  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2868  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  37.38 
 
 
719 aa  62  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.706713  normal  0.0333863 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0496  RelA/SpoT family protein  31.98 
 
 
754 aa  61.2  0.00000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.140952  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4620  RelA/SpoT domain-containing protein  27.44 
 
 
1046 aa  61.2  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0214  RelA/SpoT domain-containing protein  35.48 
 
 
353 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000343543  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2062  RelA/SpoT domain-containing protein  24.46 
 
 
356 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.123268  normal  0.165983 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1885  RelA/SpoT domain protein  23.91 
 
 
356 aa  59.3  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  26.67 
 
 
733 aa  59.3  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2070  RelA / SpoT domain protein  29.34 
 
 
329 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000115922  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002504  GTP pyrophosphokinase (p)ppGpp synthetase I  33.59 
 
 
739 aa  58.9  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000545051  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1298  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  32.23 
 
 
740 aa  58.9  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000189131  hitchhiker  0.0061753 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2058  RelA/SpoT domain-containing protein  26.86 
 
 
542 aa  58.9  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.25764  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2442  RelA/SpoT domain-containing protein  36.21 
 
 
340 aa  58.5  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000241931  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1670  RelA/SpoT family protein  33.88 
 
 
705 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443961  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2576  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  30.11 
 
 
705 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0223055 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0303  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.88 
 
 
705 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.480433  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3276  GDP/GTP pyrophosphokinase  31.39 
 
 
744 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00140611  normal  0.0304818 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2029  GTP pyrophosphokinase  32.23 
 
 
738 aa  57.8  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178935  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1413  GTP pyrophosphokinase  31.06 
 
 
734 aa  58.2  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1571  GTP pyrophosphokinase  31.06 
 
 
734 aa  58.2  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3097  GDP/GTP pyrophosphokinase  31.39 
 
 
744 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000040075  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0070  RelA/SpoT domain protein  27.22 
 
 
570 aa  57.8  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.552819  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.96 
 
 
736 aa  57.4  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0223153 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1638  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  32.79 
 
 
750 aa  57.8  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1428  RelA/SpoT  27.27 
 
 
362 aa  57.4  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.228493 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3178  GDP/GTP pyrophosphokinase  31.39 
 
 
744 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00141228  normal  0.185279 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3162  GDP/GTP pyrophosphokinase  31.39 
 
 
744 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3115  GDP/GTP pyrophosphokinase  31.39 
 
 
744 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0106723  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02629  (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase  32.23 
 
 
744 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000829976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0904  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.23 
 
 
744 aa  57  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000660798  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1711  RelA/SpoT domain-containing protein  32.43 
 
 
388 aa  57.4  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000626045  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3089  GDP/GTP pyrophosphokinase  32.23 
 
 
744 aa  57  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000014869  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl278  guanosine-3', 5'-bis(diphosphate)3'-pyrophosphohydrolase  30.87 
 
 
765 aa  57  0.0000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00637437  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2489  RelA/SpoT domain-containing protein  23.67 
 
 
359 aa  57  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.79403  normal  0.101918 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0928  GDP/GTP pyrophosphokinase  32.23 
 
 
744 aa  57  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000382583  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1856  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  30.08 
 
 
715 aa  57  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.709628  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0514  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  31.22 
 
 
722 aa  57.4  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3088  GDP/GTP pyrophosphokinase  32.23 
 
 
744 aa  57  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000221392  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2922  GDP/GTP pyrophosphokinase  32.23 
 
 
744 aa  57  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000016084  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>