257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0709 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_0709  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  100 
 
 
203 aa  422  1e-117  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000232311  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1329  GTP pyrophosphokinase family protein  56.57 
 
 
208 aa  236  1e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000157341  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23940  hypothetical protein  41.12 
 
 
221 aa  159  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00231271  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0020  RelA/SpoT domain-containing protein  42.11 
 
 
313 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000113301  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2357  RelA/SpoT domain protein  39.22 
 
 
229 aa  135  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.282903  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3227  RelA/SpoT domain protein  38.62 
 
 
230 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000011111  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4242  hypothetical protein  43.75 
 
 
216 aa  131  6e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4091  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  43.75 
 
 
216 aa  131  6e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.068396  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4572  hypothetical protein  43.75 
 
 
216 aa  131  6e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4080  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  43.75 
 
 
216 aa  131  6.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000763047  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4424  hypothetical protein  43.75 
 
 
216 aa  131  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4464  hypothetical protein  42.68 
 
 
216 aa  130  9e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2793  RelA/SpoT domain-containing protein  38.46 
 
 
267 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000763425  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2268  RelA/SpoT domain protein  41.98 
 
 
204 aa  130  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0773  hypothetical protein  42.07 
 
 
216 aa  129  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.315657  normal  0.820863 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4425  hypothetical protein  43.12 
 
 
216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.168172  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4192  RelA/SpoT domain-containing protein  42.07 
 
 
216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4476  hypothetical protein  43.12 
 
 
216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3068  RelA/SpoT domain-containing protein  41.07 
 
 
216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00277966  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0944  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  37.72 
 
 
224 aa  125  6e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00002331  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1354  RelA_SpoT domain-containing protein  38.18 
 
 
208 aa  125  6e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  7.69337e-16  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0572  RelA/SpoT domain-containing protein  35.26 
 
 
217 aa  124  1e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000868379  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0274  RelA/SpoT domain-containing protein  39.64 
 
 
247 aa  123  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0219  RelA/SpoT domain protein  45.1 
 
 
247 aa  121  6e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.380399  normal  0.748284 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2232  RelA/SpoT domain protein  38.89 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231688  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0635  relA/spoT family protein  37.42 
 
 
263 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000118611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0621  relA/spoT family protein  37.42 
 
 
263 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000073544  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1630  RelA/SpoT domain protein  36.81 
 
 
212 aa  118  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2065  hypothetical protein  37.91 
 
 
233 aa  117  7.999999999999999e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0383837  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26220  hypothetical protein  39.51 
 
 
277 aa  117  9e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.266384  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1201  RelA/SpoT domain protein  38.04 
 
 
239 aa  115  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2584  RelA/SpoT domain-containing protein  37.23 
 
 
230 aa  114  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0720868  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2532  RelA/SpoT domain-containing protein  37.23 
 
 
230 aa  114  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00175026  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2670  RelA/SpoT domain protein  40.13 
 
 
261 aa  113  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0775  RelA/SpoT domain protein  36.2 
 
 
210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4155  RelA/SpoT domain protein  36.94 
 
 
250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1091  RelA/SpoT domain protein  39.62 
 
 
269 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0275  hypothetical protein  40.25 
 
 
246 aa  111  8.000000000000001e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00334337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1320  hypothetical protein  34.32 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1119  hypothetical protein  34.32 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00142232  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1101  GTP pyrophosphokinase  34.32 
 
 
215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1095  GTP pyrophosphokinase  34.32 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000691421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4088  hypothetical protein  34.32 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1212  hypothetical protein  34.32 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1358  hypothetical protein  34.32 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1282  hypothetical protein  34.32 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1253  hypothetical protein  34.32 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1108  RelA/SpoT domain-containing protein  34.32 
 
 
212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1095  GTP pyrophosphokinase family protein  35 
 
 
223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0406163  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19730  hypothetical protein  36.26 
 
 
274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.353264  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0914  RelA/SpoT domain-containing protein  34.32 
 
 
212 aa  109  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0358  RelA/SpoT domain protein  40.44 
 
 
249 aa  108  4.0000000000000004e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.951774 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0678  RelA_SpoT domain-containing protein  33.14 
 
 
191 aa  108  6e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.272794  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14230  hypothetical protein  35.8 
 
 
256 aa  107  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00309565  decreased coverage  0.00445138 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1004  RelA/SpoT domain-containing protein  33.13 
 
 
211 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00135131  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1023  RelA/SpoT domain-containing protein  33.13 
 
 
211 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000177866  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0408  RelA_SpoT domain-containing protein  36.2 
 
 
226 aa  105  6e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000250379  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22200  hypothetical protein  35.58 
 
 
290 aa  103  1e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1423  RelA_SpoT domain-containing protein  35 
 
 
224 aa  103  1e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.191606  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2189  RelA/SpoT domain-containing protein  35.67 
 
 
223 aa  103  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0586  GTP pyrophosphokinase  32.93 
 
 
211 aa  94.4  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.411045  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4146  RelA/SpoT domain-containing protein  33.75 
 
 
337 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0405555  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1428  RelA/SpoT  29.34 
 
 
362 aa  72.8  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.228493 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1711  RelA/SpoT domain-containing protein  28.95 
 
 
388 aa  66.2  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000626045  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  29.44 
 
 
736 aa  60.5  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0223153 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3586  RelA/SpoT domain protein  29.52 
 
 
366 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000408505  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1399  RelA/SpoT domain protein  30.26 
 
 
365 aa  57.8  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000071471  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2888  RelA/SpoT domain protein  31.39 
 
 
362 aa  57.4  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.5584100000000003e-34 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0033  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  24.75 
 
 
737 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0805282  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1894  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  25.25 
 
 
753 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.818102  hitchhiker  0.00061937 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2868  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.03 
 
 
719 aa  54.7  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.706713  normal  0.0333863 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1670  RelA/SpoT family protein  35.14 
 
 
705 aa  55.1  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443961  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0070  RelA/SpoT domain protein  26.18 
 
 
570 aa  55.1  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.552819  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0303  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  35.14 
 
 
705 aa  55.1  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.480433  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.55 
 
 
733 aa  54.7  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0031  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  24.72 
 
 
733 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.514737  normal  0.0391032 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2576  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  34.23 
 
 
705 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0223055 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2062  RelA/SpoT domain-containing protein  30.82 
 
 
356 aa  54.7  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.123268  normal  0.165983 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0514  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  35.14 
 
 
722 aa  53.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1885  RelA/SpoT domain protein  30.14 
 
 
356 aa  53.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2058  RelA/SpoT domain-containing protein  26.74 
 
 
542 aa  53.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.25764  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2489  RelA/SpoT domain-containing protein  27.71 
 
 
359 aa  53.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.79403  normal  0.101918 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3520  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.21 
 
 
743 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4687  GTP pyrophosphokinase  28.65 
 
 
729 aa  52.8  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.167199 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1462  GTP pyrophosphokinase  32.54 
 
 
714 aa  53.1  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00122903  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3196  RelA/SpoT family protein  28.21 
 
 
743 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0189864  normal  0.84291 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2445  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  29.69 
 
 
737 aa  53.1  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0105  RelA/SpoT domain-containing protein  27.89 
 
 
368 aa  53.1  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1533  RelA/SpoT family protein  31.75 
 
 
714 aa  52.4  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000577209  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2635  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  28.66 
 
 
761 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0033  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.33 
 
 
732 aa  52.4  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3877  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.03 
 
 
742 aa  52  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.296182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2255  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  29.85 
 
 
769 aa  51.6  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.3559  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0181  RelA/SpoT domain protein  27.63 
 
 
368 aa  51.2  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2608  (p)ppGpp synthetase I  27.56 
 
 
761 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0347856  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3392  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.07 
 
 
743 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1455  RelA/SpoT domain-containing protein  29.1 
 
 
359 aa  51.2  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000111353  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0194  GTP pyrophosphokinase  30.28 
 
 
714 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1856  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  25.97 
 
 
715 aa  50.4  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.709628  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0645  GTP pyrophosphokinase (ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase)(ppGpp synthetase I) ((P)ppGpp synthetase)  28.05 
 
 
750 aa  50.4  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.902062  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>