More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2670 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2670  RelA/SpoT domain protein  100 
 
 
261 aa  531  1e-150  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0358  RelA/SpoT domain protein  69.19 
 
 
249 aa  293  2e-78  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.951774 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4155  RelA/SpoT domain protein  54.89 
 
 
250 aa  285  7e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26220  hypothetical protein  56.36 
 
 
277 aa  250  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.266384  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0274  RelA/SpoT domain-containing protein  56 
 
 
247 aa  245  6e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2189  RelA/SpoT domain-containing protein  56.12 
 
 
223 aa  235  5.0000000000000005e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2268  RelA/SpoT domain protein  54.97 
 
 
204 aa  233  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19730  hypothetical protein  54.41 
 
 
274 aa  228  1e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.353264  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2232  RelA/SpoT domain protein  51.53 
 
 
271 aa  228  1e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231688  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1201  RelA/SpoT domain protein  54.85 
 
 
239 aa  227  2e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22200  hypothetical protein  51.52 
 
 
290 aa  223  2e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0020  RelA/SpoT domain-containing protein  47.5 
 
 
313 aa  205  6e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000113301  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14230  hypothetical protein  49.75 
 
 
256 aa  199  6e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00309565  decreased coverage  0.00445138 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3068  RelA/SpoT domain-containing protein  49.45 
 
 
216 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00277966  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4425  hypothetical protein  49.45 
 
 
216 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.168172  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4476  hypothetical protein  49.45 
 
 
216 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4464  hypothetical protein  49.45 
 
 
216 aa  190  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4424  hypothetical protein  48.9 
 
 
216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4192  RelA/SpoT domain-containing protein  48.35 
 
 
216 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4242  hypothetical protein  48.9 
 
 
216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4080  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  48.9 
 
 
216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000763047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4091  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  48.9 
 
 
216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.068396  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0773  hypothetical protein  49.45 
 
 
216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.315657  normal  0.820863 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4572  hypothetical protein  48.9 
 
 
216 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3227  RelA/SpoT domain protein  44.86 
 
 
230 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000011111  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1091  RelA/SpoT domain protein  41.29 
 
 
269 aa  168  8e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0219  RelA/SpoT domain protein  42.86 
 
 
247 aa  167  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.380399  normal  0.748284 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2584  RelA/SpoT domain-containing protein  42.7 
 
 
230 aa  165  6.9999999999999995e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0720868  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2532  RelA/SpoT domain-containing protein  42.7 
 
 
230 aa  165  6.9999999999999995e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00175026  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1354  RelA_SpoT domain-containing protein  41.38 
 
 
208 aa  165  6.9999999999999995e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  7.69337e-16  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2065  hypothetical protein  42.16 
 
 
233 aa  161  1e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0383837  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0275  hypothetical protein  39 
 
 
246 aa  159  3e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00334337  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0944  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  41.75 
 
 
224 aa  159  4e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00002331  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2357  RelA/SpoT domain protein  40.1 
 
 
229 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.282903  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0572  RelA/SpoT domain-containing protein  37.69 
 
 
217 aa  153  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000868379  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2793  RelA/SpoT domain-containing protein  39.11 
 
 
267 aa  146  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000763425  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0635  relA/spoT family protein  37.5 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000118611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0621  relA/spoT family protein  37.5 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000073544  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0586  GTP pyrophosphokinase  36.54 
 
 
211 aa  139  4.999999999999999e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.411045  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0914  RelA/SpoT domain-containing protein  36.28 
 
 
212 aa  137  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1023  RelA/SpoT domain-containing protein  37.06 
 
 
211 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000177866  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1004  RelA/SpoT domain-containing protein  37.06 
 
 
211 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00135131  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0408  RelA_SpoT domain-containing protein  36.71 
 
 
226 aa  133  3e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000250379  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1320  hypothetical protein  34.11 
 
 
212 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1119  hypothetical protein  34.11 
 
 
212 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00142232  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1101  GTP pyrophosphokinase  34.11 
 
 
215 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1095  GTP pyrophosphokinase  34.11 
 
 
212 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000691421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1282  hypothetical protein  34.11 
 
 
212 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1212  hypothetical protein  34.11 
 
 
212 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1253  hypothetical protein  34.11 
 
 
212 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1358  hypothetical protein  34.11 
 
 
212 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4088  hypothetical protein  34.11 
 
 
212 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1630  RelA/SpoT domain protein  35.94 
 
 
212 aa  131  9e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0775  RelA/SpoT domain protein  35.94 
 
 
210 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1108  RelA/SpoT domain-containing protein  36.18 
 
 
212 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1095  GTP pyrophosphokinase family protein  35.94 
 
 
223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0406163  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1423  RelA_SpoT domain-containing protein  36.1 
 
 
224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.191606  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1329  GTP pyrophosphokinase family protein  39.2 
 
 
208 aa  125  5e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000157341  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0678  RelA_SpoT domain-containing protein  35.9 
 
 
191 aa  118  9.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.272794  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0709  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  40.13 
 
 
203 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000232311  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23940  hypothetical protein  31.93 
 
 
221 aa  95.1  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00231271  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2062  RelA/SpoT domain-containing protein  27.23 
 
 
356 aa  73.2  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.123268  normal  0.165983 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.13 
 
 
736 aa  71.2  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0223153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4146  RelA/SpoT domain-containing protein  29.21 
 
 
337 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0405555  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1885  RelA/SpoT domain protein  26.79 
 
 
356 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2489  RelA/SpoT domain-containing protein  31.54 
 
 
359 aa  70.5  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.79403  normal  0.101918 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1670  RelA/SpoT family protein  33.55 
 
 
705 aa  65.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443961  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0303  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.55 
 
 
705 aa  65.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.480433  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3877  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  31.58 
 
 
742 aa  65.5  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.296182 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3520  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  36.36 
 
 
743 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3196  RelA/SpoT family protein  36.36 
 
 
743 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0189864  normal  0.84291 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3586  RelA/SpoT domain protein  29.17 
 
 
366 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000408505  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2255  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  33.8 
 
 
769 aa  64.7  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.3559  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0652  RelA/SpoT family protein  32.68 
 
 
750 aa  64.7  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2576  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.89 
 
 
705 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0223055 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0645  GTP pyrophosphokinase (ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase)(ppGpp synthetase I) ((P)ppGpp synthetase)  32.68 
 
 
750 aa  64.7  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.902062  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3392  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  35.78 
 
 
743 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2635  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  34.75 
 
 
761 aa  62.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1856  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  32.28 
 
 
715 aa  62.4  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.709628  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2968  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.45 
 
 
760 aa  62.4  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1894  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  34.59 
 
 
753 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.818102  hitchhiker  0.00061937 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2445  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  34.26 
 
 
737 aa  62  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1428  RelA/SpoT  28.66 
 
 
362 aa  61.6  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.228493 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0946  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  36.7 
 
 
745 aa  61.6  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926545  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4687  GTP pyrophosphokinase  34.75 
 
 
729 aa  61.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.167199 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1815  RelA/SpoT family protein  32.3 
 
 
815 aa  62  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.093472  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1922  RelA/SpoT protein  34.97 
 
 
774 aa  60.8  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.604164 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2608  (p)ppGpp synthetase I  34.04 
 
 
761 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0347856  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2116  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.73 
 
 
807 aa  60.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0339196  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1999  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  30.81 
 
 
790 aa  60.8  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.062239 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2636  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.03 
 
 
748 aa  60.1  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2647  RelA/SpoT family protein  30.54 
 
 
762 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0342541  normal  0.0156101 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1805  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  31.68 
 
 
827 aa  60.1  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.388708  decreased coverage  0.00000728185 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12840  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  29.48 
 
 
759 aa  60.1  0.00000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00420725  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5139  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.3 
 
 
879 aa  59.7  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00258236 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1800  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  31.05 
 
 
723 aa  59.7  0.00000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1575  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.61 
 
 
743 aa  59.7  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.145975  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02364  guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase ((ppGpp)ase)  31.75 
 
 
712 aa  59.3  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0033  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  33.86 
 
 
737 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0805282  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2392  RelA/SpoT family protein  32.75 
 
 
743 aa  59.3  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.997464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>