More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2294 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2294  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
109 aa  223  7e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0336822  normal  0.0105282 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2062  50S ribosomal protein L23  78.9 
 
 
109 aa  183  7e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000372125  normal  0.225776 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0182  50S ribosomal protein L23  75.49 
 
 
103 aa  169  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000184382  normal  0.668364 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2421  50S ribosomal protein L23  73.53 
 
 
103 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2227  50S ribosomal protein L23  73.53 
 
 
103 aa  160  5.0000000000000005e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000627291  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0291  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 
103 aa  146  7e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1849  50S ribosomal protein L23  61.76 
 
 
103 aa  128  3e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.310449  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3907  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 
99 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.104737  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0628  ribosomal protein L23  49.46 
 
 
99 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000267442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4546  50S ribosomal protein L23  49.46 
 
 
99 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215144  normal  0.061023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5077  50S ribosomal protein L23  49.46 
 
 
99 aa  89  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053863  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0456  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
99 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0420406  unclonable  0.000000164588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0489  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
99 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000019112  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0486  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
99 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00438289  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4747  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
99 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000334762  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1617  Ribosomal protein L25/L23  42.11 
 
 
99 aa  85.9  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0604  Ribosomal protein L25/L23  41.76 
 
 
96 aa  79  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1936  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
97 aa  79  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0281  50S ribosomal protein L23  46.74 
 
 
102 aa  79  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000926616  hitchhiker  0.00000149946 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05725  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
96 aa  79  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.261745  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0662  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
96 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000319643  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
98 aa  78.2  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06270  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
99 aa  78.2  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0219554  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
101 aa  77  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08870  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 
99 aa  76.6  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.679116  hitchhiker  0.00894178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0839  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 
99 aa  76.6  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0267  50S ribosomal protein L23  39.8 
 
 
99 aa  76.6  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000129072  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  42.39 
 
 
95 aa  76.6  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0395  50S ribosomal protein L23  36.96 
 
 
96 aa  76.3  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0690  Ribosomal protein L25/L23  46.39 
 
 
103 aa  76.3  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
98 aa  75.9  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  39.18 
 
 
100 aa  75.1  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  42.57 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
98 aa  74.7  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000402083  hitchhiker  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3141  Ribosomal protein L25/L23  45.26 
 
 
103 aa  74.3  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.457141  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0471  50S ribosomal protein L23  44.94 
 
 
100 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000395002  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0935  50S ribosomal protein L23  42.05 
 
 
94 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000134151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3326  50S ribosomal protein L23  42.05 
 
 
94 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.23257e-16 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2772  50S ribosomal protein L23  38.04 
 
 
96 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0118683  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  42.22 
 
 
99 aa  73.9  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2370  ribosomal protein L23  48.28 
 
 
97 aa  73.6  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.408487  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
97 aa  73.6  0.0000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
97 aa  73.6  0.0000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  41.94 
 
 
98 aa  72.8  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  43.56 
 
 
95 aa  72.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2331  50S ribosomal protein L23  46.32 
 
 
95 aa  73.6  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000250147  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4345  Ribosomal protein L25/L23  42.55 
 
 
95 aa  72.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000178584  normal  0.183841 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0589  Ribosomal protein L25/L23  44.79 
 
 
100 aa  73.2  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.185358  normal  0.768573 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  40 
 
 
96 aa  73.6  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  44.44 
 
 
97 aa  72.8  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0479  Ribosomal protein L25/L23  40 
 
 
102 aa  72  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  43.16 
 
 
101 aa  72  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0629  Ribosomal protein L25/L23  44.33 
 
 
100 aa  72.4  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  42.71 
 
 
94 aa  72  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl125  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
94 aa  71.6  0.000000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000058644  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0407  50S ribosomal protein L23P  41.3 
 
 
101 aa  71.2  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000028308  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23790  LSU ribosomal protein L23P  45.83 
 
 
100 aa  71.2  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2657  Ribosomal protein L25/L23  42.27 
 
 
100 aa  71.2  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0195  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
95 aa  70.9  0.000000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.323191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0329  50S ribosomal protein L23  42.7 
 
 
97 aa  70.1  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0499  50S ribosomal protein L23  42.7 
 
 
97 aa  70.1  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173851  hitchhiker  0.00000000336824 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0196  LSU ribosomal protein L23P  45.24 
 
 
93 aa  70.1  0.000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00208833  normal  0.0650448 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
101 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2709  Ribosomal protein L25/L23  41.24 
 
 
95 aa  69.7  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000605336  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1088  50S ribosomal protein L23  39.78 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1944  50S ribosomal protein L23  42.86 
 
 
97 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1935  50S ribosomal protein L23  42.86 
 
 
97 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1852  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 
95 aa  69.3  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000651916  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
98 aa  69.7  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  38.95 
 
 
101 aa  70.1  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000105028  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125205  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2020  50S ribosomal protein L23  42.86 
 
 
97 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0339  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 
95 aa  69.3  0.00000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000150967  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29720  LSU ribosomal protein L23P  43.3 
 
 
101 aa  69.3  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.363975 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4024  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
94 aa  69.3  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.707217  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0321  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.11411e-18  hitchhiker  0.000000647477 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0055  50S ribosomal protein L23  42.7 
 
 
104 aa  68.6  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000233404  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  41.94 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1913  50S ribosomal protein L23  41.76 
 
 
97 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.263974 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0710  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
95 aa  69.3  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.58529  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
101 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  39.78 
 
 
100 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20850  LSU ribosomal protein L23P  44.83 
 
 
107 aa  68.6  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
100 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0717  Ribosomal protein L25/L23  42.86 
 
 
99 aa  68.2  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1069  50S ribosomal protein L23  38.64 
 
 
94 aa  68.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000947106  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3160  50S ribosomal protein L23  38.89 
 
 
95 aa  68.2  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.581688 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
101 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
101 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  41.57 
 
 
100 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1572  Ribosomal protein L25/L23  44.55 
 
 
97 aa  68.6  0.00000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000483803  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
101 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2322  50S ribosomal protein L23  42.53 
 
 
98 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000334931  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
101 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000463544  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  42.55 
 
 
98 aa  68.2  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1183  50S ribosomal protein L23  42.86 
 
 
94 aa  68.2  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
101 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000251497  unclonable  0.00000770372 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
101 aa  67.8  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>