More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0291 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0291  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
103 aa  208  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2227  50S ribosomal protein L23  79.61 
 
 
103 aa  172  1.9999999999999998e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000627291  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1849  50S ribosomal protein L23  80.58 
 
 
103 aa  170  5.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.310449  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0182  50S ribosomal protein L23  76.7 
 
 
103 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000184382  normal  0.668364 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2421  50S ribosomal protein L23  78.64 
 
 
103 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2294  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 
109 aa  146  8e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0336822  normal  0.0105282 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2062  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 
109 aa  144  5e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000372125  normal  0.225776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4747  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 
99 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000334762  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0456  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 
99 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0420406  unclonable  0.000000164588 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0604  Ribosomal protein L25/L23  47.83 
 
 
96 aa  93.2  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0486  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 
99 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00438289  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0489  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 
99 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000019112  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0628  ribosomal protein L23  51.09 
 
 
99 aa  92  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000267442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4546  50S ribosomal protein L23  51.09 
 
 
99 aa  92  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215144  normal  0.061023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5077  50S ribosomal protein L23  51.09 
 
 
99 aa  92  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053863  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3907  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
99 aa  89  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.104737  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0267  50S ribosomal protein L23  47.25 
 
 
99 aa  85.1  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000129072  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1936  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
97 aa  84.3  5e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2370  ribosomal protein L23  46.88 
 
 
97 aa  84  6e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.408487  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  48.84 
 
 
98 aa  84  6e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0839  50S ribosomal protein L23  46.74 
 
 
99 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0499  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
97 aa  83.6  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173851  hitchhiker  0.00000000336824 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08870  50S ribosomal protein L23  46.74 
 
 
99 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.679116  hitchhiker  0.00894178 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0329  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
97 aa  83.6  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  43.88 
 
 
99 aa  82  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05725  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
96 aa  80.5  0.000000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.261745  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06270  50S ribosomal protein L23  46.74 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0219554  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  42.42 
 
 
101 aa  80.1  0.000000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000105028  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
98 aa  80.1  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4345  Ribosomal protein L25/L23  47.31 
 
 
95 aa  80.1  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000178584  normal  0.183841 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0407  50S ribosomal protein L23P  43.16 
 
 
101 aa  79  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000028308  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  48.24 
 
 
98 aa  79  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0662  50S ribosomal protein L23  42.86 
 
 
96 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000319643  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1617  Ribosomal protein L25/L23  40.22 
 
 
99 aa  79  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2322  50S ribosomal protein L23  43.96 
 
 
98 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000334931  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  42.11 
 
 
101 aa  78.6  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1709  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 
98 aa  78.2  0.00000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.182173  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0471  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
100 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000395002  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
101 aa  78.6  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2772  50S ribosomal protein L23  43.33 
 
 
96 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0118683  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0339  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
95 aa  77.4  0.00000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000150967  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5785  Ribosomal protein L25/L23  44.57 
 
 
95 aa  77.4  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0742289 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1852  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
95 aa  77.4  0.00000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000651916  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  43.62 
 
 
94 aa  77  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  45.35 
 
 
99 aa  77  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0479  Ribosomal protein L25/L23  45.56 
 
 
102 aa  77  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  43.88 
 
 
100 aa  77  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0589  Ribosomal protein L25/L23  50.53 
 
 
100 aa  76.6  0.0000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.185358  normal  0.768573 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  46.24 
 
 
101 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0629  Ribosomal protein L25/L23  52.22 
 
 
100 aa  76.3  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  46.24 
 
 
101 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000001282  unclonable  0.00000000000566696 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  46.24 
 
 
101 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2255  50S ribosomal protein L23  42.22 
 
 
96 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000014312  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  46.24 
 
 
101 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000463544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  46.24 
 
 
101 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  43.48 
 
 
97 aa  75.5  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1348  50S ribosomal protein L23  45.45 
 
 
94 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  41.11 
 
 
100 aa  75.5  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23790  LSU ribosomal protein L23P  52.22 
 
 
100 aa  75.9  0.0000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  46.24 
 
 
101 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000251497  unclonable  0.00000770372 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4024  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
94 aa  75.1  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.707217  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2709  Ribosomal protein L25/L23  43.48 
 
 
95 aa  74.7  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000605336  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0160  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  decreased coverage  0.0000412321 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1069  50S ribosomal protein L23  42.05 
 
 
94 aa  75.5  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000947106  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0195  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 
95 aa  75.1  0.0000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.323191 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0682  50S ribosomal protein L23  44.32 
 
 
94 aa  75.5  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.633867  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0690  Ribosomal protein L25/L23  51.11 
 
 
103 aa  75.1  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  44.68 
 
 
99 aa  74.7  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  41.3 
 
 
98 aa  74.7  0.0000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
98 aa  74.7  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000402083  hitchhiker  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
100 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  42.86 
 
 
96 aa  74.7  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0717  Ribosomal protein L25/L23  44.94 
 
 
99 aa  74.7  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
98 aa  74.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  44.33 
 
 
94 aa  74.3  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1183  50S ribosomal protein L23  43.75 
 
 
94 aa  74.3  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0395  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
96 aa  74.3  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0281  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
102 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000926616  hitchhiker  0.00000149946 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1228  50S ribosomal protein L23  41.76 
 
 
98 aa  74.3  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195733  unclonable  0.00000945894 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  42.22 
 
 
95 aa  74.3  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2905  Ribosomal protein L25/L23  46.07 
 
 
96 aa  74.3  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2458  50S ribosomal protein L23  46.15 
 
 
96 aa  73.9  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0767433 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1416  ribosomal protein L25/L23  46.24 
 
 
98 aa  73.9  0.0000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  44.44 
 
 
98 aa  73.6  0.0000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1935  50S ribosomal protein L23  42.86 
 
 
97 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2838  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
104 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000238806  normal  0.241874 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0844  Ribosomal protein L25/L23  42.11 
 
 
100 aa  72.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2322  ribosomal L23 protein  41.76 
 
 
98 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000600083  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0703  50S ribosomal protein L23  48.35 
 
 
95 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000032639  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0935  50S ribosomal protein L23  40.91 
 
 
94 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000134151  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0628  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
94 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000116587  hitchhiker  0.000000000000956309 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29720  LSU ribosomal protein L23P  50 
 
 
101 aa  72.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.363975 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1944  50S ribosomal protein L23  42.86 
 
 
97 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2020  50S ribosomal protein L23  42.86 
 
 
97 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3160  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
95 aa  72.8  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.581688 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
100 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125205  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1913  50S ribosomal protein L23  41.76 
 
 
97 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.263974 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>