More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2227 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_2227  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
103 aa  210  7e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000627291  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0182  50S ribosomal protein L23  82.52 
 
 
103 aa  176  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000184382  normal  0.668364 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2421  50S ribosomal protein L23  82.52 
 
 
103 aa  176  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0291  50S ribosomal protein L23  79.61 
 
 
103 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2294  50S ribosomal protein L23  73.53 
 
 
109 aa  160  5.0000000000000005e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0336822  normal  0.0105282 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1849  50S ribosomal protein L23  73.79 
 
 
103 aa  159  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.310449  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2062  50S ribosomal protein L23  73.53 
 
 
109 aa  158  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000372125  normal  0.225776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0456  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 
99 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0420406  unclonable  0.000000164588 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4747  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 
99 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000334762  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0486  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 
99 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00438289  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0489  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 
99 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000019112  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0628  ribosomal protein L23  52.69 
 
 
99 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000267442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4546  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 
99 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215144  normal  0.061023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5077  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 
99 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053863  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  51.04 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0604  Ribosomal protein L25/L23  43.48 
 
 
96 aa  88.2  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3907  50S ribosomal protein L23  51.61 
 
 
99 aa  87  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.104737  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  49.47 
 
 
101 aa  85.5  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000105028  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0329  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
97 aa  83.6  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0499  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
97 aa  83.6  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173851  hitchhiker  0.00000000336824 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1617  Ribosomal protein L25/L23  44.57 
 
 
99 aa  83.2  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
101 aa  82.4  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  46.74 
 
 
95 aa  81.3  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0839  50S ribosomal protein L23  48.39 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08870  50S ribosomal protein L23  48.39 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.679116  hitchhiker  0.00894178 
 
 
-
 
NC_002950  PG1936  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
97 aa  80.5  0.000000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0267  50S ribosomal protein L23  45.05 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000129072  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  40.43 
 
 
100 aa  79.7  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1852  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
95 aa  80.1  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000651916  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0339  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
95 aa  80.1  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000150967  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23790  LSU ribosomal protein L23P  50.54 
 
 
100 aa  79.7  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05725  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
96 aa  79.7  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.261745  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0196  LSU ribosomal protein L23P  47.83 
 
 
93 aa  79.7  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00208833  normal  0.0650448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06270  50S ribosomal protein L23  48.39 
 
 
99 aa  79  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0219554  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
98 aa  79  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0589  Ribosomal protein L25/L23  50.53 
 
 
100 aa  79.3  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.185358  normal  0.768573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
98 aa  79  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  46.67 
 
 
99 aa  78.2  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  45.74 
 
 
99 aa  78.2  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4345  Ribosomal protein L25/L23  46.67 
 
 
95 aa  78.2  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000178584  normal  0.183841 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  45.16 
 
 
98 aa  77.8  0.00000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1709  50S ribosomal protein L23  43.33 
 
 
98 aa  77.8  0.00000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.182173  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0629  Ribosomal protein L25/L23  51.09 
 
 
100 aa  77.4  0.00000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04000  50S ribosomal protein L23  47.37 
 
 
103 aa  77  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  48.39 
 
 
101 aa  77  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  46.81 
 
 
100 aa  77  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
100 aa  77  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2772  50S ribosomal protein L23  45.74 
 
 
96 aa  76.6  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0118683  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  43.33 
 
 
98 aa  76.6  0.0000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2322  50S ribosomal protein L23  48.28 
 
 
98 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000334931  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1125  Ribosomal protein L25/L23  50.53 
 
 
98 aa  76.3  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  48.31 
 
 
98 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2370  ribosomal protein L23  46.74 
 
 
97 aa  75.5  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.408487  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0844  Ribosomal protein L25/L23  42.86 
 
 
100 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0471  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
100 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000395002  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0717  Ribosomal protein L25/L23  45.05 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0758  50S ribosomal protein L23  46.59 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156644  normal  0.0173378 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
100 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1342  Ribosomal protein L25/L23  44.57 
 
 
98 aa  75.1  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  45.45 
 
 
97 aa  74.7  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  47.31 
 
 
100 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0662  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
96 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000319643  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5126  Ribosomal protein L25/L23  44.44 
 
 
96 aa  74.7  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
100 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  44.79 
 
 
97 aa  74.3  0.0000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  44.79 
 
 
97 aa  74.3  0.0000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  47.78 
 
 
100 aa  74.3  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
101 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000463544  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
101 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000001282  unclonable  0.00000000000566696 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
101 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
100 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4505  Ribosomal protein L25/L23  46.74 
 
 
100 aa  74.3  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
101 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000251497  unclonable  0.00000770372 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
101 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0479  Ribosomal protein L25/L23  42.22 
 
 
102 aa  73.9  0.0000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
98 aa  73.9  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000402083  hitchhiker  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
100 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125205  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0435  50S ribosomal protein L23  46.15 
 
 
100 aa  73.6  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00486251  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2657  Ribosomal protein L25/L23  47.83 
 
 
100 aa  73.6  0.0000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29720  LSU ribosomal protein L23P  47.83 
 
 
101 aa  73.6  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.363975 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2644  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
96 aa  72.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.302905  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0407  50S ribosomal protein L23P  44.57 
 
 
101 aa  72.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000028308  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 
101 aa  73.2  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0935  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
94 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000134151  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3141  Ribosomal protein L25/L23  46.74 
 
 
103 aa  72.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.457141  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0395  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
96 aa  72.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1069  50S ribosomal protein L23  42.22 
 
 
94 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000947106  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  42.86 
 
 
99 aa  72.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3326  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
94 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.23257e-16 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0496  50S ribosomal protein L23  46.59 
 
 
100 aa  73.6  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000003402  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  40.4 
 
 
96 aa  73.2  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1088  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
100 aa  72.4  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1348  50S ribosomal protein L23  45.45 
 
 
94 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0690  Ribosomal protein L25/L23  47.31 
 
 
103 aa  72.8  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5785  Ribosomal protein L25/L23  41.76 
 
 
95 aa  72.4  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0742289 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0682  50S ribosomal protein L23  45.45 
 
 
94 aa  72.8  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.633867  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0721  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
97 aa  72.4  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000131875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>