More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3160 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3160  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
95 aa  187  2.9999999999999997e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.581688 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0195  50S ribosomal protein L23  58.95 
 
 
95 aa  111  4.0000000000000004e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.323191 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4345  Ribosomal protein L25/L23  58.51 
 
 
95 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000178584  normal  0.183841 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05725  50S ribosomal protein L23  52.08 
 
 
96 aa  100  6e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.261745  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0395  50S ribosomal protein L23  52.08 
 
 
96 aa  98.6  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1936  50S ribosomal protein L23  53.61 
 
 
97 aa  98.2  4e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5785  Ribosomal protein L25/L23  51.58 
 
 
95 aa  97.1  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0742289 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0844  Ribosomal protein L25/L23  50 
 
 
100 aa  95.9  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0604  Ribosomal protein L25/L23  48.96 
 
 
96 aa  95.1  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1617  Ribosomal protein L25/L23  48.94 
 
 
99 aa  93.6  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1149  Ribosomal protein L25/L23  47.92 
 
 
95 aa  82  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000523481  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl125  50S ribosomal protein L23  46.81 
 
 
94 aa  80.5  0.000000000000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000058644  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2709  Ribosomal protein L25/L23  47.31 
 
 
95 aa  75.9  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000605336  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0288  Ribosomal protein L25/L23  46.74 
 
 
94 aa  73.6  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0208072  normal  0.0234601 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0291  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
103 aa  72.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2227  50S ribosomal protein L23  42.22 
 
 
103 aa  72  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000627291  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1743  50S ribosomal protein L23  43.75 
 
 
96 aa  72.4  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000745247  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  43.62 
 
 
98 aa  70.9  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0694  50S ribosomal protein L23  43.62 
 
 
94 aa  70.5  0.000000000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0182  50S ribosomal protein L23  40 
 
 
103 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000184382  normal  0.668364 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
94 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2062  50S ribosomal protein L23  42.22 
 
 
109 aa  68.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000372125  normal  0.225776 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2294  50S ribosomal protein L23  38.89 
 
 
109 aa  68.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0336822  normal  0.0105282 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1709  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.182173  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0964  Ribosomal protein L25/L23  38.71 
 
 
93 aa  68.2  0.00000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000679303  hitchhiker  0.000000000153425 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0628  50S ribosomal protein L23  45.65 
 
 
94 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000116587  hitchhiker  0.000000000000956309 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1348  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
94 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1342  Ribosomal protein L25/L23  38.71 
 
 
98 aa  67.4  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0682  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
94 aa  67  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.633867  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1913  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
97 aa  67  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.263974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0196  LSU ribosomal protein L23P  43.48 
 
 
93 aa  67  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00208833  normal  0.0650448 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0935  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
94 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000134151  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  42.39 
 
 
98 aa  65.9  0.0000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2020  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1849  50S ribosomal protein L23  42.53 
 
 
103 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.310449  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1944  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3326  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
94 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.23257e-16 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1935  50S ribosomal protein L23  40.86 
 
 
97 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1069  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 
94 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000947106  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  43.16 
 
 
95 aa  64.7  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1159  Ribosomal protein L25/L23  38.71 
 
 
99 aa  64.7  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000025981  hitchhiker  0.000000476583 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0424  50S ribosomal protein L23  45.74 
 
 
95 aa  64.7  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000240996  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0717  Ribosomal protein L25/L23  40.22 
 
 
99 aa  63.9  0.0000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1183  50S ribosomal protein L23  40.66 
 
 
94 aa  63.9  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2421  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
103 aa  63.5  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0703  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 
95 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000032639  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
97 aa  62.8  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
97 aa  62.8  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1865  50S ribosomal protein L23  43.68 
 
 
95 aa  62.4  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0212066  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0227  ribosomal protein L25/L23  39.56 
 
 
95 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  38.2 
 
 
97 aa  62.4  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1557  ribosomal protein L25/L23  41.76 
 
 
97 aa  62.8  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271789  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  41.11 
 
 
98 aa  62.8  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1136  ribosomal protein L25/L23  44.19 
 
 
100 aa  61.6  0.000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000719358  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  41.3 
 
 
99 aa  61.6  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0869  50S ribosomal protein L23  44.21 
 
 
97 aa  61.6  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000185087  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  41.94 
 
 
96 aa  60.8  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  40.66 
 
 
98 aa  60.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10000  LSU ribosomal protein L23P  38.04 
 
 
95 aa  60.5  0.000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00605072  hitchhiker  0.00000000356611 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4024  50S ribosomal protein L23  39.56 
 
 
94 aa  60.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.707217  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2644  50S ribosomal protein L23  40.22 
 
 
96 aa  59.7  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.302905  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1416  ribosomal protein L25/L23  43.82 
 
 
98 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20850  LSU ribosomal protein L23P  43.01 
 
 
107 aa  60.1  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17140  50S ribosomal protein L23  40.45 
 
 
101 aa  60.1  0.00000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.538328  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23041  50S ribosomal protein L23  37.78 
 
 
100 aa  59.7  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16761  50S ribosomal protein L23  40.66 
 
 
97 aa  58.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0690  Ribosomal protein L25/L23  42.39 
 
 
103 aa  58.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2458  50S ribosomal protein L23  38.3 
 
 
96 aa  59.3  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0767433 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4003  Ribosomal protein L25/L23  37.14 
 
 
109 aa  58.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0908312  normal  0.68966 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1572  Ribosomal protein L25/L23  43.75 
 
 
97 aa  58.9  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000483803  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0589  Ribosomal protein L25/L23  42.39 
 
 
100 aa  59.3  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.185358  normal  0.768573 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0453  50S ribosomal protein L23  36.67 
 
 
94 aa  58.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00013155  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  39.78 
 
 
98 aa  58.5  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0710  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
95 aa  58.9  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.58529  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  39.78 
 
 
95 aa  58.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
101 aa  58.5  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0476  50S ribosomal protein L23  37.36 
 
 
94 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00880639  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1127  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
103 aa  58.2  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0289  50S ribosomal protein L23  43.96 
 
 
97 aa  57.8  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0312226  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  38.04 
 
 
99 aa  58.2  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_419  ribosomal protein L23  36.26 
 
 
94 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0245207  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20011  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
103 aa  58.2  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.822236  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3913  50S ribosomal protein L23  37.23 
 
 
100 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.78804e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0586  50S ribosomal protein L23  37.23 
 
 
100 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108369  normal  0.186609 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0194  Ribosomal protein L25/L23  41.3 
 
 
94 aa  57.8  0.00000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0285  50S ribosomal protein L23  37.23 
 
 
100 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000248684  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0407  50S ribosomal protein L23  37.23 
 
 
100 aa  57.4  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00180319  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  36.96 
 
 
101 aa  57.4  0.00000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000105028  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17631  50S ribosomal protein L23  42.22 
 
 
100 aa  57.8  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0629  Ribosomal protein L25/L23  42.39 
 
 
100 aa  57.4  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0955  ribosomal protein L25/L23  40.45 
 
 
101 aa  57.4  0.00000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000594054  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0769  50S ribosomal protein L23  40.66 
 
 
94 aa  57  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000223701  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1957  50S ribosomal protein L23  35.56 
 
 
100 aa  57  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17471  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
100 aa  57  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.576191  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1648  50S ribosomal protein L23  41.11 
 
 
100 aa  57  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0267  50S ribosomal protein L23  38.46 
 
 
99 aa  57  0.00000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000129072  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4542  50S ribosomal protein L23  37.23 
 
 
100 aa  56.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000172317  hitchhiker  0.00176531 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0325  50S ribosomal protein L23  37.23 
 
 
100 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000118373  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>