More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0479 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0479  Ribosomal protein L25/L23  100 
 
 
102 aa  209  9e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4024  50S ribosomal protein L23  51.09 
 
 
94 aa  87.4  6e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.707217  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  51.61 
 
 
94 aa  85.5  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3907  50S ribosomal protein L23  47.73 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.104737  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1183  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
94 aa  83.6  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0628  ribosomal protein L23  46.59 
 
 
99 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000267442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4546  50S ribosomal protein L23  46.59 
 
 
99 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215144  normal  0.061023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5077  50S ribosomal protein L23  46.59 
 
 
99 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053863  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1709  50S ribosomal protein L23  47.78 
 
 
98 aa  82  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.182173  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  46.74 
 
 
95 aa  82  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  51.09 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0456  50S ribosomal protein L23  47.73 
 
 
99 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0420406  unclonable  0.000000164588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0489  50S ribosomal protein L23  47.73 
 
 
99 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000019112  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0486  50S ribosomal protein L23  47.73 
 
 
99 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00438289  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4747  50S ribosomal protein L23  47.73 
 
 
99 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000334762  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  47.78 
 
 
98 aa  79  0.00000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16220  LSU ribosomal protein L23P  48.86 
 
 
95 aa  79  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.491689  decreased coverage  0.0000000109599 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0935  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
94 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000134151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3326  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
94 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.23257e-16 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  47.73 
 
 
96 aa  77.4  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
94 aa  77.4  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0869  50S ribosomal protein L23  49.46 
 
 
97 aa  77  0.00000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000185087  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0291  50S ribosomal protein L23  45.56 
 
 
103 aa  77  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1069  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
94 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000947106  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  48.91 
 
 
94 aa  75.5  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1228  50S ribosomal protein L23  45.98 
 
 
98 aa  75.9  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195733  unclonable  0.00000945894 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2421  50S ribosomal protein L23  46.67 
 
 
103 aa  75.5  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2644  50S ribosomal protein L23  46.24 
 
 
96 aa  75.1  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.302905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0628  50S ribosomal protein L23  44.94 
 
 
94 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000116587  hitchhiker  0.000000000000956309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0839  50S ribosomal protein L23  45.45 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1342  Ribosomal protein L25/L23  41.3 
 
 
98 aa  75.1  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  47.73 
 
 
98 aa  75.1  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000402083  hitchhiker  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08870  50S ribosomal protein L23  45.45 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.679116  hitchhiker  0.00894178 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  49.43 
 
 
100 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3522  ribosomal protein L25/L23  48.28 
 
 
99 aa  75.5  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000457129  hitchhiker  0.00000622944 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10000  LSU ribosomal protein L23P  45.45 
 
 
95 aa  74.7  0.0000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00605072  hitchhiker  0.00000000356611 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0682  50S ribosomal protein L23  45.65 
 
 
94 aa  74.7  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.633867  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  47.25 
 
 
101 aa  73.9  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1088  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
100 aa  73.6  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2227  50S ribosomal protein L23  42.22 
 
 
103 aa  73.9  0.0000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000627291  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0182  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
103 aa  73.6  0.0000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000184382  normal  0.668364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  51.25 
 
 
97 aa  73.6  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1572  Ribosomal protein L25/L23  48.35 
 
 
97 aa  73.2  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000483803  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0717  Ribosomal protein L25/L23  44.33 
 
 
99 aa  72.8  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0227  ribosomal protein L25/L23  48.89 
 
 
95 aa  73.2  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
97 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
97 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1392  50S ribosomal protein L23  51.28 
 
 
100 aa  72.8  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000409295  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2458  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
96 aa  72.4  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0767433 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1294  50S ribosomal protein L23  51.28 
 
 
100 aa  72.8  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000021109  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3705  50S ribosomal protein L23  47.73 
 
 
110 aa  72.4  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2294  50S ribosomal protein L23  40 
 
 
109 aa  72  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0336822  normal  0.0105282 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0288  Ribosomal protein L25/L23  46.74 
 
 
94 aa  72.4  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0208072  normal  0.0234601 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0761  50S ribosomal protein L23  51.14 
 
 
98 aa  72.4  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0679128  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3921  ribosomal protein L25/L23  43.01 
 
 
100 aa  72  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0589  Ribosomal protein L25/L23  52.56 
 
 
100 aa  72  0.000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.185358  normal  0.768573 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  50 
 
 
96 aa  71.2  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0250  50S ribosomal protein L23  47.73 
 
 
100 aa  71.2  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  48.86 
 
 
95 aa  71.2  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06270  50S ribosomal protein L23  45.45 
 
 
99 aa  71.6  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0219554  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0196  LSU ribosomal protein L23P  45.45 
 
 
93 aa  71.2  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00208833  normal  0.0650448 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0247  50S ribosomal protein L23  47.73 
 
 
100 aa  71.2  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.925224  normal  0.80387 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6047  50S ribosomal protein L23  41.49 
 
 
98 aa  71.2  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0160  50S ribosomal protein L23  45.98 
 
 
99 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  decreased coverage  0.0000412321 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0964  Ribosomal protein L25/L23  44.32 
 
 
93 aa  70.9  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000679303  hitchhiker  0.000000000153425 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0289  50S ribosomal protein L23  43.68 
 
 
97 aa  70.9  0.000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0312226  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5047  50S ribosomal protein L23  47.62 
 
 
100 aa  70.9  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.185864  normal  0.262037 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  51.16 
 
 
98 aa  70.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0584  50S ribosomal protein L23  42.55 
 
 
98 aa  70.5  0.000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.746591  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  43.01 
 
 
99 aa  70.5  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0329  50S ribosomal protein L23  43.18 
 
 
97 aa  70.5  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  46.07 
 
 
98 aa  70.5  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0499  50S ribosomal protein L23  43.18 
 
 
97 aa  70.5  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173851  hitchhiker  0.00000000336824 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0662  50S ribosomal protein L23  43.62 
 
 
96 aa  70.1  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000319643  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  45.88 
 
 
98 aa  69.7  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0321  50S ribosomal protein L23  45.98 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.11411e-18  hitchhiker  0.000000647477 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3433  Ribosomal protein L25/L23  47.62 
 
 
103 aa  70.1  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  46.07 
 
 
98 aa  69.7  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  47.13 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1294  50S ribosomal protein L23  45.98 
 
 
105 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000921122  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  51.16 
 
 
98 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  48.28 
 
 
101 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  48.28 
 
 
101 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  41.94 
 
 
100 aa  69.7  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  42.39 
 
 
99 aa  69.7  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1307  50S ribosomal protein L23  47.62 
 
 
100 aa  70.1  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.433832  normal  0.153426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  45.98 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1935  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
97 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0788  ribosomal protein L25/L23  46.99 
 
 
98 aa  69.3  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
98 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1944  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
97 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0710  50S ribosomal protein L23  41.57 
 
 
95 aa  68.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.58529  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4313  ribosomal protein L25/L23  41.94 
 
 
100 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.689927  hitchhiker  0.00977905 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1042  50S ribosomal protein L23  46.43 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
98 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  47.13 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125205  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  45.98 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  48.28 
 
 
101 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1032  50S ribosomal protein L23  46.43 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0983  Ribosomal protein L25/L23  45.05 
 
 
95 aa  68.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.285455  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>