More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_2062 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_2062  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
109 aa  222  1e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000372125  normal  0.225776 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2294  50S ribosomal protein L23  78.9 
 
 
109 aa  183  7e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0336822  normal  0.0105282 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0182  50S ribosomal protein L23  73.53 
 
 
103 aa  167  4e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000184382  normal  0.668364 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2421  50S ribosomal protein L23  76.47 
 
 
103 aa  164  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2227  50S ribosomal protein L23  73.53 
 
 
103 aa  158  2e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000627291  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0291  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 
103 aa  144  5e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1849  50S ribosomal protein L23  62.75 
 
 
103 aa  133  9e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.310449  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0456  50S ribosomal protein L23  53.76 
 
 
99 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0420406  unclonable  0.000000164588 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0486  50S ribosomal protein L23  53.76 
 
 
99 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00438289  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0489  50S ribosomal protein L23  53.76 
 
 
99 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000019112  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4747  50S ribosomal protein L23  53.76 
 
 
99 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000334762  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0628  ribosomal protein L23  51.61 
 
 
99 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000267442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4546  50S ribosomal protein L23  51.61 
 
 
99 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215144  normal  0.061023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5077  50S ribosomal protein L23  51.61 
 
 
99 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053863  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06270  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 
99 aa  90.9  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0219554  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  52.17 
 
 
98 aa  89.4  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0839  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 
99 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3907  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 
99 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.104737  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08870  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 
99 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.679116  hitchhiker  0.00894178 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0471  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 
100 aa  86.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000395002  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  48.42 
 
 
101 aa  85.1  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000105028  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0604  Ribosomal protein L25/L23  42.86 
 
 
96 aa  84  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  51.11 
 
 
97 aa  83.6  8e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
98 aa  83.6  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3326  50S ribosomal protein L23  46.88 
 
 
94 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.23257e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0935  50S ribosomal protein L23  46.88 
 
 
94 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000134151  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  45.26 
 
 
96 aa  82  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0499  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173851  hitchhiker  0.00000000336824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0329  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
97 aa  81.6  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  46.74 
 
 
101 aa  81.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1069  50S ribosomal protein L23  46.74 
 
 
94 aa  80.9  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000947106  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29720  LSU ribosomal protein L23P  50.53 
 
 
101 aa  80.9  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.363975 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0629  Ribosomal protein L25/L23  50.52 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05725  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
96 aa  80.5  0.000000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.261745  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  48.89 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2370  ribosomal protein L23  48.86 
 
 
97 aa  80.1  0.000000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.408487  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
98 aa  80.1  0.000000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000402083  hitchhiker  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_002950  PG1936  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 
97 aa  80.1  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  41.24 
 
 
100 aa  79.7  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  50 
 
 
98 aa  79.3  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1617  Ribosomal protein L25/L23  43.16 
 
 
99 aa  79.7  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  48.39 
 
 
100 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3141  Ribosomal protein L25/L23  50 
 
 
103 aa  80.1  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.457141  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  48.39 
 
 
100 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0407  50S ribosomal protein L23P  44.57 
 
 
101 aa  79  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000028308  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0267  50S ribosomal protein L23  43.88 
 
 
99 aa  79  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000129072  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00447  50S ribosomal protein L23  55 
 
 
79 aa  79.3  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000740057  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  48.42 
 
 
101 aa  79.3  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
100 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0690  Ribosomal protein L25/L23  48.96 
 
 
103 aa  79  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23790  LSU ribosomal protein L23P  48.96 
 
 
100 aa  78.6  0.00000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  45.74 
 
 
94 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
100 aa  78.2  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0281  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
102 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000926616  hitchhiker  0.00000149946 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
100 aa  77.8  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  45.54 
 
 
99 aa  77.8  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1348  50S ribosomal protein L23  48.89 
 
 
94 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2772  50S ribosomal protein L23  42.39 
 
 
96 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0118683  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0589  Ribosomal protein L25/L23  51.55 
 
 
100 aa  77.4  0.00000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.185358  normal  0.768573 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1088  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 
100 aa  77.4  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
100 aa  77  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2322  50S ribosomal protein L23  50.57 
 
 
98 aa  77  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000334931  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  46.24 
 
 
95 aa  77  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  46.24 
 
 
101 aa  77  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3522  ribosomal protein L25/L23  46.07 
 
 
99 aa  77  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000457129  hitchhiker  0.00000622944 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0628  50S ribosomal protein L23  46.67 
 
 
94 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000116587  hitchhiker  0.000000000000956309 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0325  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 
100 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000118373  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0407  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 
100 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00180319  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1842  50S ribosomal protein L23  52.17 
 
 
97 aa  75.5  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00948056  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
97 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0285  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
100 aa  75.9  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000248684  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  48.51 
 
 
95 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
100 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  44.44 
 
 
98 aa  75.5  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2657  Ribosomal protein L25/L23  47.42 
 
 
100 aa  75.5  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3913  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
100 aa  75.9  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.78804e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0988  50S ribosomal protein L23  51.09 
 
 
97 aa  75.5  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137365  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  46.24 
 
 
100 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125205  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
97 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  53.49 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1572  Ribosomal protein L25/L23  49.5 
 
 
97 aa  75.9  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000483803  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0586  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
100 aa  75.9  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108369  normal  0.186609 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2709  Ribosomal protein L25/L23  44.33 
 
 
95 aa  75.1  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000605336  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000001282  unclonable  0.00000000000566696 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000251497  unclonable  0.00000770372 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000463544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
97 aa  75.1  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  45.26 
 
 
97 aa  75.1  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  45.26 
 
 
97 aa  75.1  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  47.83 
 
 
98 aa  75.1  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0322  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
100 aa  74.7  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00637694  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0395  50S ribosomal protein L23  39.13 
 
 
96 aa  74.7  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4542  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
100 aa  74.7  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000172317  hitchhiker  0.00176531 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0195  50S ribosomal protein L23  46.67 
 
 
95 aa  74.7  0.0000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.323191 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  45.74 
 
 
98 aa  74.3  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129787 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>