More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5384 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4767  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  91.43 
 
 
350 aa  634    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.768046 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  91.14 
 
 
350 aa  634    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5384  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
350 aa  689    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.525694 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5356  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  91.14 
 
 
350 aa  634    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4838  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  97.71 
 
 
350 aa  674    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270191  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0153  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  90 
 
 
350 aa  627  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3291  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  86.53 
 
 
349 aa  610  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0409861 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  67.16 
 
 
344 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2631  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.31 
 
 
349 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3346  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.39 
 
 
352 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491307  normal  0.979605 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0520  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.14 
 
 
353 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933199  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0748  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  63.04 
 
 
356 aa  368  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.666913 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0064  alpha-methylacyl-CoA racemase  55.75 
 
 
377 aa  332  5e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0076  alpha-methylacyl-CoA racemase  55.16 
 
 
377 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3486  alpha-methylacyl-CoA racemase  55.16 
 
 
377 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1821  amacr protein  55.16 
 
 
431 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.866292  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2731  alpha-methylacyl-CoA racemase  55.16 
 
 
377 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0075  CAIB/BAIF family protein  54.87 
 
 
377 aa  325  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0288  alpha-methylacyl-CoA racemase  54.87 
 
 
377 aa  325  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2536  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.35 
 
 
373 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.12317 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.17 
 
 
370 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.924023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.27 
 
 
383 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3088  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.9 
 
 
376 aa  298  7e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.135357 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.58 
 
 
370 aa  297  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.773202  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5435  Alpha-methylacyl-CoA racemase  48.82 
 
 
370 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512968  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.03 
 
 
374 aa  296  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3283  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.97 
 
 
378 aa  294  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5556  Alpha-methylacyl-CoA racemase  48.97 
 
 
369 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.44 
 
 
362 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2372  Alpha-methylacyl-CoA racemase  47.79 
 
 
364 aa  290  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.216792  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
388 aa  287  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3775  Alpha-methylacyl-CoA racemase  47.35 
 
 
370 aa  287  2e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5525  Alpha-methylacyl-CoA racemase  46.82 
 
 
378 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23620  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  48.08 
 
 
358 aa  283  5.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.274717 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1483  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.15 
 
 
363 aa  282  6.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.166224  normal  0.574161 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6850  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.97 
 
 
380 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441483  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.61 
 
 
371 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7292  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.4 
 
 
388 aa  279  6e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.581936 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0891  hypothetical protein  47.94 
 
 
388 aa  278  7e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.566516  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0257  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.88 
 
 
392 aa  278  8e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5150  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.9 
 
 
371 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.51 
 
 
364 aa  277  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.012301 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5019  Alpha-methylacyl-CoA racemase  47.65 
 
 
388 aa  276  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.116039  normal  0.184714 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.87 
 
 
375 aa  276  6e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497661  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.08 
 
 
360 aa  275  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200809  normal  0.754262 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.19 
 
 
384 aa  275  8e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000680398  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0571  putative Alpha-methylacyl-CoA racemase (2-methylacyl-CoA racemase) (2-arylpropionyl-CoA epimerase)  46.9 
 
 
370 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552249  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3539  Alpha-methylacyl-CoA racemase  47.49 
 
 
368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634398  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0282  Alpha-methylacyl-CoA racemase  49.42 
 
 
384 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2045  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.33 
 
 
355 aa  273  4.0000000000000004e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.11 
 
 
377 aa  272  5.000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2731  Alpha-methylacyl-CoA racemase  48.08 
 
 
389 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.99 
 
 
385 aa  270  2e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1242  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.59 
 
 
376 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.508284  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.59 
 
 
375 aa  270  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.33 
 
 
369 aa  270  4e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166829  normal  0.79155 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1021  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.9 
 
 
371 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.624995 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3441  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.1 
 
 
364 aa  269  5.9999999999999995e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7154  hypothetical protein  44.06 
 
 
377 aa  265  8e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  decreased coverage  0.00611319 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.79 
 
 
387 aa  264  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.64 
 
 
340 aa  265  1e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.449136  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2089  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.53 
 
 
363 aa  263  2e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4578  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.12 
 
 
364 aa  263  3e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.176118 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11166  alpha-methylacyl-CoA racemase mcr  43.36 
 
 
395 aa  263  3e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.151416 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7120  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.58 
 
 
369 aa  263  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5535  Alpha-methylacyl-CoA racemase  44.25 
 
 
373 aa  262  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2266  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.14 
 
 
388 aa  263  4.999999999999999e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302931  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.72 
 
 
423 aa  262  6e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618886  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7493  Alpha-methylacyl-CoA racemase  44.96 
 
 
384 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4521  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.51 
 
 
389 aa  259  3e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.461003  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7158  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.22 
 
 
386 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3636  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.49 
 
 
367 aa  259  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1043  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.51 
 
 
386 aa  258  9e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.129255 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1606  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.9 
 
 
372 aa  258  9e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0399  putative fatty acid-CoA racemase  44.25 
 
 
372 aa  258  1e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.49 
 
 
372 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4298  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.77 
 
 
363 aa  256  5e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2645  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.36 
 
 
388 aa  256  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.77 
 
 
363 aa  256  5e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.77 
 
 
363 aa  256  5e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3400  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.48 
 
 
393 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0361519 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.35 
 
 
364 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.181463 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.21 
 
 
385 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.81 
 
 
368 aa  253  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7892  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.23 
 
 
389 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4104  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.76 
 
 
353 aa  252  6e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3898  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.75 
 
 
380 aa  252  6e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.84 
 
 
384 aa  252  8.000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.91 
 
 
376 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.472994  normal  0.691516 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.99 
 
 
388 aa  251  2e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469817  normal  0.0155235 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10872  fatty-acid-CoA racemase far  42.9 
 
 
359 aa  248  8e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0374561 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3181  fatty-acyl-CoA racemase  45.43 
 
 
393 aa  248  8e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3935  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.02 
 
 
366 aa  246  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.763325  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3918  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.13 
 
 
393 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2527  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.67 
 
 
373 aa  238  8e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0433  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.2 
 
 
384 aa  237  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0812  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.88 
 
 
379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5665  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.65 
 
 
373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.34 
 
 
408 aa  226  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1974  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.77 
 
 
363 aa  219  7e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>