More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5525 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5525  Alpha-methylacyl-CoA racemase  100 
 
 
378 aa  768    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7158  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.26 
 
 
386 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7493  Alpha-methylacyl-CoA racemase  56.44 
 
 
384 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3283  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.94 
 
 
378 aa  417  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6850  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55 
 
 
380 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441483  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.01 
 
 
377 aa  409  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.93 
 
 
384 aa  409  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000680398  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.67 
 
 
375 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.3 
 
 
362 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3088  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.62 
 
 
376 aa  404  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.135357 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.75 
 
 
388 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2045  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.52 
 
 
355 aa  395  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.13 
 
 
375 aa  397  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497661  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5435  Alpha-methylacyl-CoA racemase  55.25 
 
 
370 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512968  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.5 
 
 
360 aa  392  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200809  normal  0.754262 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3775  Alpha-methylacyl-CoA racemase  55.97 
 
 
370 aa  394  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0571  putative Alpha-methylacyl-CoA racemase (2-methylacyl-CoA racemase) (2-arylpropionyl-CoA epimerase)  55.28 
 
 
370 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552249  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23620  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  58.7 
 
 
358 aa  390  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.274717 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.4 
 
 
371 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.22 
 
 
364 aa  389  1e-107  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.012301 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1483  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.2 
 
 
363 aa  389  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.166224  normal  0.574161 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0282  Alpha-methylacyl-CoA racemase  57.26 
 
 
384 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.69 
 
 
385 aa  389  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5019  Alpha-methylacyl-CoA racemase  55.24 
 
 
388 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.116039  normal  0.184714 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4578  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.85 
 
 
364 aa  390  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.176118 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5150  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.02 
 
 
371 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3441  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.49 
 
 
364 aa  385  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3898  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.12 
 
 
380 aa  387  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1242  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.87 
 
 
376 aa  387  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.508284  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7892  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.17 
 
 
389 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11166  alpha-methylacyl-CoA racemase mcr  54.29 
 
 
395 aa  384  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.151416 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0891  hypothetical protein  51.97 
 
 
388 aa  382  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.566516  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2731  Alpha-methylacyl-CoA racemase  53.68 
 
 
389 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.99 
 
 
384 aa  384  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4521  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.09 
 
 
389 aa  378  1e-104  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.461003  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7292  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.57 
 
 
388 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.581936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.21 
 
 
372 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.95 
 
 
423 aa  379  1e-104  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618886  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3636  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.72 
 
 
367 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0399  putative fatty acid-CoA racemase  53.68 
 
 
372 aa  374  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7154  hypothetical protein  50.13 
 
 
377 aa  373  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  decreased coverage  0.00611319 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.89 
 
 
363 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1021  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.52 
 
 
371 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.624995 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1606  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.57 
 
 
372 aa  372  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4298  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.89 
 
 
363 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.89 
 
 
363 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.04 
 
 
364 aa  369  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.181463 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0075  CAIB/BAIF family protein  52.25 
 
 
377 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0288  alpha-methylacyl-CoA racemase  52.25 
 
 
377 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0076  alpha-methylacyl-CoA racemase  52.25 
 
 
377 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3486  alpha-methylacyl-CoA racemase  52.25 
 
 
377 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.44 
 
 
369 aa  365  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166829  normal  0.79155 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2731  alpha-methylacyl-CoA racemase  52.25 
 
 
377 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1821  amacr protein  52.25 
 
 
431 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.866292  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5535  Alpha-methylacyl-CoA racemase  52.51 
 
 
373 aa  365  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0064  alpha-methylacyl-CoA racemase  52.27 
 
 
377 aa  362  4e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7120  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.04 
 
 
369 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2645  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.25 
 
 
388 aa  362  8e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3935  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.14 
 
 
366 aa  360  2e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.763325  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5556  Alpha-methylacyl-CoA racemase  52.07 
 
 
369 aa  360  3e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2089  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.53 
 
 
363 aa  357  9.999999999999999e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2372  Alpha-methylacyl-CoA racemase  50.87 
 
 
364 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.216792  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.73 
 
 
376 aa  358  9.999999999999999e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.472994  normal  0.691516 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.03 
 
 
383 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3539  Alpha-methylacyl-CoA racemase  52.96 
 
 
368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634398  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3181  fatty-acyl-CoA racemase  52.46 
 
 
393 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.04 
 
 
368 aa  353  4e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.32 
 
 
387 aa  352  7e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2266  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.95 
 
 
388 aa  351  1e-95  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302931  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3918  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.37 
 
 
393 aa  349  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.21 
 
 
388 aa  346  3e-94  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469817  normal  0.0155235 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5665  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.03 
 
 
373 aa  344  2e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.54 
 
 
385 aa  342  5e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0812  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.68 
 
 
379 aa  341  1e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0433  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.63 
 
 
384 aa  339  5e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10872  fatty-acid-CoA racemase far  49.43 
 
 
359 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0374561 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.33 
 
 
340 aa  337  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.449136  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4104  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.41 
 
 
353 aa  337  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2536  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.47 
 
 
373 aa  333  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.12317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3400  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.38 
 
 
393 aa  330  3e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0361519 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0257  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.56 
 
 
392 aa  330  3e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.68 
 
 
408 aa  328  7e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.53 
 
 
370 aa  319  6e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.924023 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.24 
 
 
370 aa  317  3e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.773202  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2527  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.49 
 
 
373 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.6 
 
 
374 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2631  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.85 
 
 
349 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3346  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.48 
 
 
352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491307  normal  0.979605 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.71 
 
 
344 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1974  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.86 
 
 
363 aa  296  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4572  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.75 
 
 
379 aa  295  6e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.417277 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4838  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.49 
 
 
350 aa  292  6e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270191  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1043  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.02 
 
 
386 aa  292  8e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.129255 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5384  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.49 
 
 
350 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.525694 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4767  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.49 
 
 
350 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.768046 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5356  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.2 
 
 
350 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.2 
 
 
350 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0153  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.31 
 
 
350 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0603  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.53 
 
 
373 aa  280  4e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0520  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.43 
 
 
353 aa  278  8e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>