More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5019 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5019  Alpha-methylacyl-CoA racemase  100 
 
 
388 aa  772    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.116039  normal  0.184714 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2731  Alpha-methylacyl-CoA racemase  80.15 
 
 
389 aa  609  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3088  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.85 
 
 
376 aa  441  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.135357 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7158  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.37 
 
 
386 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7493  Alpha-methylacyl-CoA racemase  55.86 
 
 
384 aa  421  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0891  hypothetical protein  57.7 
 
 
388 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.566516  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5435  Alpha-methylacyl-CoA racemase  57.61 
 
 
370 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512968  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.83 
 
 
362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.42 
 
 
384 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000680398  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5525  Alpha-methylacyl-CoA racemase  55.24 
 
 
378 aa  403  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.76 
 
 
375 aa  404  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497661  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3898  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.59 
 
 
380 aa  400  9.999999999999999e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.59 
 
 
377 aa  398  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1242  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.89 
 
 
376 aa  397  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.508284  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3775  Alpha-methylacyl-CoA racemase  56.48 
 
 
370 aa  392  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.12 
 
 
360 aa  393  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200809  normal  0.754262 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.89 
 
 
388 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23620  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  57.94 
 
 
358 aa  391  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.274717 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.02 
 
 
375 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5535  Alpha-methylacyl-CoA racemase  52.19 
 
 
373 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.43 
 
 
388 aa  384  1e-105  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469817  normal  0.0155235 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2266  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.64 
 
 
388 aa  382  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302931  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2045  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.62 
 
 
355 aa  382  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7154  hypothetical protein  53.16 
 
 
377 aa  382  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  decreased coverage  0.00611319 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0282  Alpha-methylacyl-CoA racemase  53.83 
 
 
384 aa  382  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3441  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.46 
 
 
364 aa  384  1e-105  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0399  putative fatty acid-CoA racemase  52.43 
 
 
372 aa  380  1e-104  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4521  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.79 
 
 
389 aa  379  1e-104  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.461003  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2089  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.84 
 
 
363 aa  375  1e-103  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4578  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.19 
 
 
364 aa  374  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.176118 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.82 
 
 
369 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166829  normal  0.79155 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5665  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.05 
 
 
373 aa  372  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.1 
 
 
340 aa  373  1e-102  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.449136  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.99 
 
 
364 aa  375  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.012301 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7892  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.41 
 
 
389 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.58 
 
 
387 aa  368  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.19 
 
 
371 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11166  alpha-methylacyl-CoA racemase mcr  52.6 
 
 
395 aa  369  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.151416 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6850  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.33 
 
 
380 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441483  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3283  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.96 
 
 
378 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.87 
 
 
384 aa  365  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.63 
 
 
363 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0571  putative Alpha-methylacyl-CoA racemase (2-methylacyl-CoA racemase) (2-arylpropionyl-CoA epimerase)  52.72 
 
 
370 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552249  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.2 
 
 
368 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2372  Alpha-methylacyl-CoA racemase  53.62 
 
 
364 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.216792  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4298  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.63 
 
 
363 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.63 
 
 
363 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5150  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
371 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7292  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.92 
 
 
388 aa  364  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.581936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3935  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.26 
 
 
366 aa  364  2e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.763325  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3539  Alpha-methylacyl-CoA racemase  54.52 
 
 
368 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634398  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3181  fatty-acyl-CoA racemase  53.39 
 
 
393 aa  362  4e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.91 
 
 
383 aa  362  6e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.86 
 
 
364 aa  359  4e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.181463 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1483  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.82 
 
 
363 aa  358  6e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.166224  normal  0.574161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3636  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.69 
 
 
367 aa  358  9e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1021  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.33 
 
 
371 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.624995 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3918  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.85 
 
 
393 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.13 
 
 
423 aa  357  1.9999999999999998e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618886  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1606  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.21 
 
 
372 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5556  Alpha-methylacyl-CoA racemase  50.14 
 
 
369 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7120  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.41 
 
 
369 aa  352  5e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3486  alpha-methylacyl-CoA racemase  49.48 
 
 
377 aa  350  3e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0288  alpha-methylacyl-CoA racemase  49.48 
 
 
377 aa  350  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0075  CAIB/BAIF family protein  49.48 
 
 
377 aa  350  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0076  alpha-methylacyl-CoA racemase  49.48 
 
 
377 aa  350  3e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2731  alpha-methylacyl-CoA racemase  49.48 
 
 
377 aa  350  3e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1821  amacr protein  49.48 
 
 
431 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.866292  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0064  alpha-methylacyl-CoA racemase  50 
 
 
377 aa  348  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.29 
 
 
372 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2645  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.48 
 
 
388 aa  347  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.63 
 
 
385 aa  344  2e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0433  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.36 
 
 
384 aa  338  8e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0257  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.74 
 
 
392 aa  338  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10872  fatty-acid-CoA racemase far  50.87 
 
 
359 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0374561 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3400  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.28 
 
 
393 aa  333  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0361519 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4104  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.29 
 
 
353 aa  333  4e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.64 
 
 
408 aa  332  5e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.86 
 
 
385 aa  330  3e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0812  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.09 
 
 
379 aa  315  8e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.12 
 
 
376 aa  312  4.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.472994  normal  0.691516 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2536  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.83 
 
 
373 aa  312  5.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.12317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1974  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.66 
 
 
363 aa  309  5e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4572  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.68 
 
 
379 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.417277 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2631  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.38 
 
 
349 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_09522  isopenicillin N-CoA epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G03740)  49.36 
 
 
380 aa  298  1e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00143546  normal  0.0131697 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.42 
 
 
370 aa  298  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.924023 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.13 
 
 
370 aa  296  3e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.773202  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2527  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.37 
 
 
373 aa  296  4e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.14 
 
 
344 aa  290  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5384  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.65 
 
 
350 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.525694 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4838  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.09 
 
 
350 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270191  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4767  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.51 
 
 
350 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.768046 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3346  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.32 
 
 
352 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491307  normal  0.979605 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0603  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.85 
 
 
373 aa  282  8.000000000000001e-75  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0520  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.77 
 
 
353 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933199  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.21 
 
 
350 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5356  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.21 
 
 
350 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1043  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.94 
 
 
386 aa  276  3e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.129255 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.66 
 
 
374 aa  276  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>