More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5435 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5435  Alpha-methylacyl-CoA racemase  100 
 
 
370 aa  742    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512968  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.9 
 
 
362 aa  530  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.55 
 
 
360 aa  526  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200809  normal  0.754262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3088  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.13 
 
 
376 aa  447  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.135357 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1242  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.27 
 
 
376 aa  443  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.508284  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0433  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  68.12 
 
 
384 aa  441  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.22 
 
 
375 aa  438  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497661  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0891  hypothetical protein  60.33 
 
 
388 aa  423  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.566516  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.34 
 
 
371 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2045  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.2 
 
 
355 aa  420  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5150  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.72 
 
 
371 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3441  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.26 
 
 
364 aa  410  1e-113  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0282  Alpha-methylacyl-CoA racemase  61.71 
 
 
384 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0571  putative Alpha-methylacyl-CoA racemase (2-methylacyl-CoA racemase) (2-arylpropionyl-CoA epimerase)  56.51 
 
 
370 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552249  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1021  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.1 
 
 
371 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.624995 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1483  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.06 
 
 
363 aa  402  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.166224  normal  0.574161 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7892  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.64 
 
 
389 aa  401  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.93 
 
 
384 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000680398  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.98 
 
 
375 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.07 
 
 
377 aa  401  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2731  Alpha-methylacyl-CoA racemase  58.08 
 
 
389 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5019  Alpha-methylacyl-CoA racemase  57.61 
 
 
388 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.116039  normal  0.184714 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.43 
 
 
388 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7292  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.11 
 
 
388 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.581936 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.12 
 
 
340 aa  394  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.449136  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.18 
 
 
372 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5535  Alpha-methylacyl-CoA racemase  54.42 
 
 
373 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.31 
 
 
387 aa  389  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3181  fatty-acyl-CoA racemase  58.36 
 
 
393 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7120  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.06 
 
 
369 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7493  Alpha-methylacyl-CoA racemase  53.55 
 
 
384 aa  391  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5525  Alpha-methylacyl-CoA racemase  55.25 
 
 
378 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3898  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.59 
 
 
380 aa  390  1e-107  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5556  Alpha-methylacyl-CoA racemase  56.13 
 
 
369 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4578  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.17 
 
 
364 aa  388  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.176118 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23620  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  55.65 
 
 
358 aa  387  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.274717 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.2 
 
 
384 aa  386  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2372  Alpha-methylacyl-CoA racemase  54.32 
 
 
364 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.216792  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2266  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.83 
 
 
388 aa  383  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302931  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1606  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.36 
 
 
372 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5665  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.36 
 
 
373 aa  383  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3918  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.26 
 
 
393 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.83 
 
 
368 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11166  alpha-methylacyl-CoA racemase mcr  53.31 
 
 
395 aa  383  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.151416 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.61 
 
 
364 aa  378  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.012301 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4298  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.84 
 
 
363 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.84 
 
 
363 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3636  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.67 
 
 
367 aa  381  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.84 
 
 
363 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3775  Alpha-methylacyl-CoA racemase  52.69 
 
 
370 aa  376  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7158  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.97 
 
 
386 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2645  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.85 
 
 
388 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.86 
 
 
423 aa  376  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618886  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3539  Alpha-methylacyl-CoA racemase  55.96 
 
 
368 aa  378  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634398  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.01 
 
 
364 aa  376  1e-103  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.181463 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0399  putative fatty acid-CoA racemase  52.49 
 
 
372 aa  372  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.36 
 
 
388 aa  372  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469817  normal  0.0155235 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.16 
 
 
383 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.13 
 
 
369 aa  370  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166829  normal  0.79155 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2089  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.62 
 
 
363 aa  370  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7154  hypothetical protein  53.68 
 
 
377 aa  365  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  decreased coverage  0.00611319 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6850  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.3 
 
 
380 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441483  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3283  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.13 
 
 
378 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4521  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.35 
 
 
389 aa  364  1e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.461003  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3935  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.08 
 
 
366 aa  361  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.763325  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.04 
 
 
385 aa  358  7e-98  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4104  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.46 
 
 
353 aa  351  1e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2536  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.12 
 
 
373 aa  345  8e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.12317 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0075  CAIB/BAIF family protein  51.26 
 
 
377 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0288  alpha-methylacyl-CoA racemase  51.26 
 
 
377 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1821  amacr protein  51.26 
 
 
431 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.866292  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2731  alpha-methylacyl-CoA racemase  51.26 
 
 
377 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0064  alpha-methylacyl-CoA racemase  51.54 
 
 
377 aa  344  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3486  alpha-methylacyl-CoA racemase  51.26 
 
 
377 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0076  alpha-methylacyl-CoA racemase  51.26 
 
 
377 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.81 
 
 
385 aa  340  2e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3400  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.66 
 
 
393 aa  337  9.999999999999999e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0361519 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10872  fatty-acid-CoA racemase far  51.03 
 
 
359 aa  337  2.9999999999999997e-91  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0374561 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.23 
 
 
408 aa  336  3.9999999999999995e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0812  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51 
 
 
379 aa  331  1e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.79 
 
 
370 aa  330  2e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.773202  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0257  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.45 
 
 
392 aa  330  3e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.35 
 
 
376 aa  330  3e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.472994  normal  0.691516 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1974  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.46 
 
 
363 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.79 
 
 
370 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.924023 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4572  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.07 
 
 
379 aa  312  6.999999999999999e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.417277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.74 
 
 
374 aa  306  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2631  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.39 
 
 
349 aa  305  6e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3346  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.59 
 
 
352 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491307  normal  0.979605 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4838  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.15 
 
 
350 aa  299  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270191  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4767  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.26 
 
 
350 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.768046 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5384  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.82 
 
 
350 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.525694 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.97 
 
 
344 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0153  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.52 
 
 
350 aa  296  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0603  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.47 
 
 
373 aa  296  3e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.97 
 
 
350 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314744  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5356  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.97 
 
 
350 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1043  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.21 
 
 
386 aa  291  9e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.129255 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0520  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.93 
 
 
353 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933199  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_09522  isopenicillin N-CoA epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G03740)  50.16 
 
 
380 aa  290  2e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00143546  normal  0.0131697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>