168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4518 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4518  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584937  normal  0.575813 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4060  MerR family transcriptional regulator  97.87 
 
 		 282 aa  531  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00710658  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3698  MerR family transcriptional regulator  91.84 
 
 		 282 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609999  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4670  MerR family transcriptional regulator  91.84 
 
 		 282 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  0.613988 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5630  MerR family transcriptional regulator  91.49 
 
 		 282 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122388  normal  0.561699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1153  MerR family transcriptional regulator  91.61 
 
 		 279 aa  502  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0304735  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4022  MerR family transcriptional regulator  88.3 
 
 		 279 aa  494  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.28056  normal  0.857059 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2529  MerR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 285 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0285  MerR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 285 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.184763  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0555  MerR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 285 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119185  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1351  MerR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 285 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0327248  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1273  MerR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 285 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1013  MerR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 285 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0106241  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1468  MerR family transcriptional regulator  80.52 
 
 		 285 aa  434  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1302  MerR family transcriptional regulator  84.74 
 
 		 268 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1788  MerR family transcriptional regulator  70.27 
 
 		 297 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000131469 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4881  transcriptional regulator, MerR family  72.11 
 
 		 288 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.458694  normal  0.771198 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3080  transcription regulator protein  61.67 
 
 		 256 aa  291  8e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.730873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3016  transcriptional regulator, MerR family  62.34 
 
 		 272 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3363  transcriptional regulator, MerR family  62.34 
 
 		 272 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.65953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3602  MerR family transcriptional regulator  55.43 
 
 		 293 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1798  hypothetical protein  43.2 
 
 		 269 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0462  transcriptional regulator, MerR family  41.02 
 
 		 264 aa  175  6e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.102966 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2333  MerR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 253 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3330  MerR family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 272 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0993383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0149  transcriptional regulator, MerR family  44.67 
 
 		 248 aa  167  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21070  MerR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 232 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.471821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0231  transcriptional regulator, MerR family  37.17 
 
 		 250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4902  MerR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 287 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.337456  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1518  MerR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545801 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0776  regulatory protein MerR  35.19 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4344  regulatory protein MerR  43.41 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4750  transcriptional regulator, MerR family  34.19 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.772196  normal  0.219423 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5121  transcriptional regulator, MerR family  33.62 
 
 		 242 aa  99.4  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3819  regulatory protein MerR  34.68 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.977775  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5802  transcriptional regulator, MerR family  35.64 
 
 		 284 aa  90.1  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3650  MerR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 259 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0795396  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3723  MerR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 259 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4271  transcriptional regulator, MerR family  28.74 
 
 		 262 aa  89.4  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.194258  normal  0.647019 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2531  MerR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 246 aa  88.6  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.410302  normal  0.827752 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4126  MerR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 261 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3663  MerR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 259 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.532115 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3512  transcriptional regulator, MerR family  55.22 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1157  transcriptional regulator, MerR family  35.29 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000376  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  40.28 
 
 		 128 aa  53.5  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1094  MerR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 159 aa  53.1  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4888  transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 92 aa  52.4  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.715098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2120  MerR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 147 aa  52  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00663209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38430  regulatory gene of gnyRDBHAL cluster, GnyR  40 
 
 		 134 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.187805 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05481  hypothetical protein  31.18 
 
 		 127 aa  51.2  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3653  MerR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 133 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0576381 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  40.58 
 
 		 151 aa  50.8  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  40.58 
 
 		 151 aa  50.8  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 132 aa  50.4  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001544  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  33.72 
 
 		 124 aa  50.1  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1805  MerR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 150 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.589257  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1363  MerR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 134 aa  49.3  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.381305 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3273  regulatory protein GnyR  40 
 
 		 134 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2034  MerR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 128 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327556  normal  0.554633 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1531  transcriptional regulator, MerR family  35.44 
 
 		 135 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.152534  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  35.44 
 
 		 134 aa  48.9  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2472  regulatory protein, MerR  35.23 
 
 		 130 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0886191 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3222  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 132 aa  48.5  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1430  transcriptional regulator, MerR family  29.19 
 
 		 210 aa  48.5  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.130007  normal  0.485128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49570  transcriptional regulatory protein, MerR family  37.97 
 
 		 133 aa  48.1  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0397848  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2435  MerR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 135 aa  48.1  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 135 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 134 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 134 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 134 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 135 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1720  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 134 aa  48.5  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 135 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2788  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 127 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0464  transcriptional regulator, MerR family  37.97 
 
 		 134 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4252  MerR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 134 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.285942  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  33.33 
 
 		 136 aa  47.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2071  MerR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 177 aa  47.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.776641  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0181  MerR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 144 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.911706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2569  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 133 aa  47.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2967  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 127 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1459  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 132 aa  47.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.425414 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 136 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3539  transcriptional regulator, putative  38.57 
 
 		 132 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1823  transcriptional regulator, MerR family  29.17 
 
 		 183 aa  47  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.8156  normal  0.10618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2743  transcriptional regulator, MerR family  35.23 
 
 		 130 aa  47  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785681  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2385  MerR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 132 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.857198 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  33.33 
 
 		 135 aa  47.4  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1415  transcriptional regulator, MerR family  34.78 
 
 		 143 aa  47.4  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599633  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2322  transcriptional regulator, MerR family  33.8 
 
 		 129 aa  47  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2235  MerR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 132 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0543  transcriptional regulator, MerR family  33.59 
 
 		 252 aa  47  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1944  MerR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 132 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0920422  hitchhiker  0.000346668 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35600  predicted transcriptional regulator  39.13 
 
 		 319 aa  46.6  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.172761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0238  MerR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 141 aa  46.6  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2122  MerR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 131 aa  46.2  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.392854  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4309  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 144 aa  46.2  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0802  MerR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 165 aa  46.2  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0285806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2733  MerR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 135 aa  45.8  0.0007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0004  MerR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 169 aa  45.8  0.0008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>